Nghị định số 05/2009/NĐ-CP được Chính phủ ban hành nhằm hướng dẫn chi tiết thi hành Pháp lệnh Thuế tài nguyên và Pháp lệnh sửa đổi, bổ sung Điều 6 Pháp lệnh Thuế tài nguyên. Văn bản này quy định toàn diện về đối tượng chịu thuế, người nộp thuế, căn cứ tính thuế, phương pháp xác định sản lượng và giá tính thuế, các trường hợp miễn, giảm thuế tài nguyên, cũng như thủ tục đăng ký, kê khai và nộp thuế đối với các tổ chức, cá nhân hoạt động khai thác tài nguyên thiên nhiên tại Việt Nam.

Phạm vi và đối tượng áp dụng thuế tài nguyên

Nghị định quy định rõ đối tượng nộp thuế và các loại tài nguyên thiên nhiên thuộc diện chịu thuế trong phạm vi chủ quyền quốc gia, cụ thể:

• Người nộp thuế: Là mọi tổ chức, cá nhân tiến hành hoạt động khai thác tài nguyên thiên nhiên dưới bất kỳ hình thức nào. Đối với các doanh nghiệp khai thác được thành lập trên cơ sở liên doanh hoặc hợp đồng hợp tác kinh doanh, thuế tài nguyên của doanh nghiệp liên doanh hoặc của bên nước ngoài được xác định trong hợp đồng và tính vào phần sản phẩm chia cho bên Việt Nam. Bên Việt Nam có trách nhiệm trực tiếp nộp khoản thuế này vào ngân sách nhà nước.
• Đối tượng chịu thuế: Bao gồm các loại tài nguyên thiên nhiên nằm trong phạm vi đất liền, hải đảo, nội thủy, lãnh hải, vùng đặc quyền kinh tế và thềm lục địa của Việt Nam, bao gồm: khoáng sản kim loại và phi kim loại (kể cả đất khai thác để san lấp, xây dựng, nước khoáng, nước nóng thiên nhiên); dầu thô; khí thiên nhiên; khí than; các sản phẩm từ rừng tự nhiên (thực vật, động vật, lâm sản khác); thủy sản tự nhiên (động vật, thực vật tại biển, sông, hồ); nước thiên nhiên (nước mặt, nước dưới đất, trừ nước khoáng và nước nóng) và các loại tài nguyên thiên nhiên khác theo quy định.

Căn cứ tính thuế tài nguyên

Căn cứ để tính thuế tài nguyên bao gồm ba yếu tố chủ chốt: sản lượng tài nguyên thương phẩm thực tế khai thác, giá tính thuế và thuế suất của từng loại tài nguyên.

• Sản lượng tài nguyên tính thuế: Là số lượng, trọng lượng hoặc khối lượng tài nguyên thương phẩm thực tế khai thác được trong kỳ nộp thuế, không phụ thuộc vào mục đích sử dụng sau khi khai thác (tiêu dùng nội bộ, chế biến sâu hay bán ra ngoài).
• Cơ chế tính thuế đối với dầu thô, khí thiên nhiên và khí than: Được xác định theo phương pháp lũy tiến từng phần của tổng sản lượng dầu, khí thực tế khai thác trong mỗi kỳ nộp thuế. Cách tính này dựa trên sản lượng khai thác bình quân mỗi ngày của hợp đồng dầu khí, thuế suất tương ứng và số ngày khai thác thực tế trong kỳ tính thuế.

Quy định chi tiết về giá tính thuế tài nguyên

Giá tính thuế tài nguyên được xác định dựa trên nguyên tắc sát với giá thị trường tại nơi khai thác và được phân chia cụ thể cho từng trường hợp:

• Nguyên tắc chung: Giá tính thuế là giá bán đơn vị sản phẩm tài nguyên tại nơi khai thác, không bao gồm thuế giá trị gia tăng (VAT). Trường hợp tài nguyên khai thác trong tháng có cùng phẩm cấp nhưng một phần bán tại nơi khai thác, một phần vận chuyển đi nơi khác hoặc đưa vào chế biến, sàng tuyển thì giá tính thuế của toàn bộ sản lượng là giá bán tại nơi khai thác. Nếu trong tháng phát sinh sản lượng khai thác nhưng không phát sinh doanh thu, giá tính thuế được áp dụng theo giá tính thuế của tháng trước liền kề.
• Phương pháp xác định khi chưa có giá bán đơn vị: Trường hợp chưa xác định được giá bán đơn vị sản phẩm, giá tính thuế sẽ được căn cứ vào: giá bán bình quân trên thị trường của tài nguyên cùng loại có giá trị tương đương; giá bán của sản phẩm nguyên chất và hàm lượng chất đó trong tài nguyên; hoặc tỷ lệ phần trăm trên giá bán của sản phẩm được chế biến từ tài nguyên đó.
• Giá tính thuế đối với một số tài nguyên đặc thù:
  • Nước thiên nhiên dùng sản xuất thủy điện: Giá tính thuế là giá bán điện thương phẩm bình quân.
  • Gỗ tự nhiên: Giá tính thuế là giá bán tại bãi giao (kho bãi sau khai thác).
  • Dầu thô: Là giá bình quân gia quyền của dầu thô được bán tại điểm giao nhận theo hợp đồng giao dịch sòng phẳng.
  • Khí thiên nhiên và khí than: Là giá bán theo hợp đồng giao dịch sòng phẳng tại điểm giao nhận. Trường hợp bán không theo hợp đồng sòng phẳng, Bộ Tài chính sẽ quy định mức giá cụ thể.
• Thẩm quyền quy định giá: Bộ Tài chính chịu trách nhiệm hướng dẫn phương pháp xác định giá tính thuế. Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quy định bảng giá tính thuế cụ thể đối với các loại tài nguyên chưa xác định được giá bán đơn vị tại địa phương (ngoại trừ dầu khí và nước dùng sản xuất thủy điện).

Biểu thuế suất và quản lý thu nộp thuế

Chính sách thuế suất và quy trình quản lý thuế được quy định chặt chẽ nhằm đảm bảo nguồn thu ngân sách và phù hợp với thực tế quản lý:

• Biểu thuế suất: Được ban hành kèm theo các Phụ lục của Nghị định. Bộ Tài chính có trách nhiệm chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành liên quan để trình Thủ tướng Chính phủ quyết định điều chỉnh mức thuế suất đối với từng loại tài nguyên trong từng thời kỳ, bảo đảm phù hợp với khung thuế suất quy định tại Pháp lệnh sửa đổi, bổ sung Điều 6 Pháp lệnh Thuế tài nguyên.
• Đăng ký, kê khai và nộp thuế: Người nộp thuế thực hiện các thủ tục đăng ký, kê khai, nộp thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
• Cơ chế nộp thuế đặc thù đối với dầu, khí: Thuế tài nguyên đối với dầu thô, khí thiên nhiên, khí than có thể được nộp bằng hiện vật (dầu, khí), bằng tiền hoặc kết hợp cả hai hình thức theo hướng dẫn của Bộ Tài chính. Cơ quan thuế phải thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế trước ít nhất 6 tháng về hình thức nộp thuế. Địa điểm giao nhận hiện vật nộp thuế là điểm giao nhận dầu khí; nếu thay đổi địa điểm theo yêu cầu của cơ quan thuế, người nộp thuế được khấu trừ chi phí vận tải và chi phí phát sinh trực tiếp vào số thuế phải nộp.

Các trường hợp miễn, giảm thuế tài nguyên

Nghị định quy định nhiều chính sách ưu đãi miễn, giảm thuế tài nguyên nhằm hỗ trợ doanh nghiệp, người dân và khuyến khích phát triển kinh tế - xã hội:

• Do thiên tai, tai nạn bất ngờ: Tổ chức, cá nhân khai thác gặp thiên tai, địch họa hoặc tai nạn bất ngờ gây tổn thất tài nguyên đã kê khai, nộp thuế sẽ được xét miễn thuế cho số tài nguyên bị tổn thất. Nếu đã nộp thuế thì được hoàn trả hoặc bù trừ vào kỳ sau.
• Khai thác thủy sản xa bờ: Tổ chức, cá nhân đánh bắt thủy sản vùng biển xa bờ bằng phương tiện công suất lớn được miễn thuế tài nguyên trong 5 năm đầu kể từ khi được cấp phép và giảm 50% trong 5 năm tiếp theo. Nếu sau thời gian này vẫn bị lỗ, họ tiếp tục được xét giảm thuế tương ứng với số lỗ nhưng không quá 5 năm liên tục tiếp theo.
• Phục vụ đời sống sinh hoạt và sản xuất nhỏ: Miễn thuế đối với sản phẩm rừng tự nhiên do cá nhân được phép khai thác phục vụ sinh hoạt hàng ngày (gỗ, củi, tre, nứa, lá tranh...). Miễn thuế đối với nước thiên nhiên dùng sản xuất thủy điện không hòa vào mạng lưới điện quốc gia.
• Khai thác đất không nhằm mục đích kinh doanh: Miễn thuế tài nguyên đối với đất khai thác để san lấp, xây dựng các công trình phục vụ an ninh, quốc phòng; công trình đê điều, thủy lợi phục vụ nông - lâm - ngư nghiệp; công trình nhân đạo, từ thiện, ưu đãi người có công; đất tự khai thác và sử dụng tại chỗ trên diện tích đất được giao, thuê; công trình hạ tầng miền núi phát triển kinh tế - xã hội; và các công trình trọng điểm quốc gia theo quyết định của Chính phủ. Việc miễn thuế này chỉ áp dụng đối với các đơn vị khai thác không nhằm mục đích kinh doanh.
• Đánh bắt hải sản và sản xuất muối: Tiếp tục thực hiện miễn thuế tài nguyên đối với hoạt động đánh bắt hải sản và sản xuất muối chưa qua chế biến đến hết năm 2010 theo Nghị quyết của Quốc hội.

Hiệu lực thi hành và quy định chuyển tiếp

Nghị định 05/2009/NĐ-CP có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký và chứa đựng các điều khoản chuyển tiếp quan trọng:

• Bãi bỏ văn bản cũ: Bãi bỏ hoàn toàn Nghị định số 68/1998/NĐ-CP, Nghị định số 147/2006/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Pháp lệnh Thuế tài nguyên và các Điều 44, 45, 46, 47 của Nghị định số 48/2000/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật Dầu khí.
• Quy định chuyển tiếp: Đối với các dự án đầu tư hoặc hợp đồng dầu khí đã ký kết trước ngày Nghị định này có hiệu lực mà trong Giấy phép đầu tư hoặc Hợp đồng đã có quy định cụ thể về việc nộp thuế tài nguyên thì tiếp tục thực hiện theo các văn bản đã ký kết đó. Đối với các hợp đồng dầu khí chưa ký nhưng đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt mức thuế tài nguyên cụ thể trước ngày Nghị định có hiệu lực thì thực hiện theo quyết định phê duyệt của Thủ tướng Chính phủ.
• Trách nhiệm thi hành: Bộ Tài chính chịu trách nhiệm hướng dẫn thi hành chi tiết Nghị định này. Các Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và các tổ chức, cá nhân có liên quan chịu trách nhiệm thi hành nghiêm túc các quy định tại Nghị định.