QUYẾT ĐỊNH

VỀ VIỆC BAN HÀNH SỔ TAY NGHIỆP VỤ KIỂM TRA NỘI BỘ NGÀNH THUẾ VỀ CÔNG TÁC HOÀN THUẾ GTGT

TỔNG CỤC TRƯỞNG TỔNG CỤC THUẾ

Căn cứ Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 ngày 29/11/2006;

Căn cứ Luật số 21/2012/QH13 ngày 20/11/2012 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế;

Căn cứ Luật số 71/2014/QH13 ngày 26/11/2014 sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế;

Căn cứ Quyết định số 115/2009/QĐ-TTg ngày 28/9/2009 của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thuế trực thuộc Bộ Tài chính;

Căn cứ Quyết định số 534/QĐ-TCT ngày 03/5/2012 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế về việc phê duyệt Đề án “Xây dựng Sổ tay nghiệp vụ kiểm tra nội bộ ngành thuế”;

Xét đề nghị của Vụ trưởng Vụ Kiểm tra nội bộ - Tổng cục Thuế,

QUYẾT ĐỊNH:

Điều 1. Ban hành kèm theo Quyết định này Sổ tay nghiệp vụ kiểm tra nội bộ ngành thuế về công tác Hoàn thuế GTGT.

Điều 2. Thủ trưởng cơ quan thuế các cấp, Trưởng các bộ phận kiểm tra nội bộ thuộc cơ quan thuế các cấp triển khai, phổ biến nội dung Sổ tay đến công chức làm công tác kiểm tra nội bộ trong toàn đơn vị.

Điều 3. Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký. Vụ trưởng Vụ Kiểm tra nội bộ, Chánh Văn phòng Tổng cục Thuế, Cục trưởng Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương chịu trách nhiệm thi hành Quyết định này./. 

SỔ TAY NGHIỆP VỤ

KIỂM TRA NỘI BỘ NGÀNH THUẾ VỀ CÔNG TÁC HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG (GTGT)
(Ban hành kèm theo Quyết định số 2147/QĐ-TCT ngày 04 tháng 11 năm 2015 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế)

LỜI NÓI ĐẦU

Công tác kiểm tra nội bộ ngành Thuế là hoạt động kiểm tra của cơ quan Thuế đối với các đơn vị, tổ chức, cá nhân thuộc cơ quan Thuế cùng cấp và cơ quan Thuế cấp dưới trong việc chấp hành nhiệm vụ, công vụ được giao nhằm phát hiện sơ hở trong cơ chế quản lý, chính sách pháp luật để kiến nghị với cơ quan nhà nước có thẩm quyền biện pháp khắc phục; phòng ngừa, phát hiện và xử lý kịp thời hành vi vi phạm pháp luật; giúp thủ trưởng, đơn vị, tổ chức, cá nhân thuộc cơ quan Thuế các cấp thực hiện đúng quy định của pháp luật; phát huy nhân tố tích cực, góp phần nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động quản lý thuế; quản lý nội bộ ngành; bảo vệ lợi ích của Nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của cơ quan, tổ chức, cá nhân.

Phương pháp kiểm tra chủ yếu được áp dụng trong hoạt động kiểm tra nội bộ ngành Thuế là phương pháp kiểm tra, đối chiếu. Cụ thể là kiểm tra, đối chiếu giữa thực tế thực hiện so với các quy định của pháp luật và của ngành xem có gì đúng, sai, đồng thời làm rõ nguyên nhân, hậu quả và trách nhiệm của đơn vị, tổ chức, cá nhân có liên quan đến các sai phạm đó (nếu có).

Tổng cục Thuế xây dựng: “Sổ tay nghiệp vụ kiểm tra nội bộ ngành Thuế về công tác hoàn thuế Giá trị gia tăng (GTGT)”, đây là tài liệu tham khảo trợ giúp công chức, viên chức làm công tác kiểm tra nội bộ trong quá trình thực hiện kiểm tra được thuận lợi, đảm bảo tính thống nhất, tính hiệu quả, đúng quy định của pháp luật và chỉ hỗ trợ người kiểm tra trong quá trình thực hiện tác nghiệp kiểm tra.

Kiểm tra việc chấp hành quy định của pháp luật trong lĩnh vực hoàn thuế GTGT nhằm tăng cường công tác quản lý hoàn thuế GTGT; phát hiện những tồn tại, sai phạm và xử lý các vi phạm trong việc chấp hành các quy định của pháp luật về hoàn thuế GTGT, các quy định của quy trình hoàn thuế; nắm bắt các vướng mắc, kiến nghị và đề xuất những nội dung cần bổ sung, sửa đổi chính sách pháp luật thuế, cơ chế quản lý, quy trình nghiệp vụ liên quan đến công tác hoàn thuế GTGT.

Trong quá trình kiểm tra nếu có sự thay đổi về chế độ, chính sách, quy trình về hoàn thuế GTGT các công chức chủ động cập nhật, áp dụng cho phù hợp.

Tổng cục Thuế rất mong các đơn vị, tổ chức, cá nhân tham gia, đóng góp ý kiến để tiếp tục bổ sung, hoàn thiện nhằm góp phần nâng cao hiệu quả hoạt động kiểm tra nội bộ ngành.

NỘI DUNG KIỂM TRA NỘI BỘ NGÀNH THUẾ VỀ CÔNG TÁC HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG (GTGT)

I. CÁC BƯỚC CHUẨN BỊ TRƯỚC KHI TIẾN HÀNH KIỂM TRA

1. Thu thập văn bản

Công chức thực hiện kiểm tra cần thu thập văn bản quy phạm pháp luật, các quy định của ngành Thuế và các văn bản khác có liên quan đến thời kỳ kiểm tra và nội dung kiểm tra về công tác hoàn thuế (lập danh mục văn bản. Lưu ý: tập hợp kể cả các văn bản quy phạm pháp luật sửa đổi, bổ sung).

2. Thu thập thông tin, số liệu

Để đánh giá chung về kết quả thực hiện nhiệm vụ chức năng quản lý công tác hoàn thuế tại cơ quan Thuế các cấp, đoàn kiểm tra nội bộ căn cứ số liệu tổng hợp, hệ thống dữ liệu của ngành, các báo cáo, tài liệu tại cơ quan Thuế để tổng hợp, phân tích. Những nội dung, số liệu chủ yếu cần thu thập:

- Số liệu về tổ chức bộ máy, nhân sự của đơn vị được kiểm tra, các bộ phận được giao thực hiện trong công tác hoàn thuế.

- Số lượng người nộp thuế đơn vị đang quản lý.

- Số các văn bản đơn vị đã ban hành để trả lời, hướng dẫn, xử lý nghiệp vụ về hoàn thuế GTGT.

- Số hồ sơ đề nghị hoàn thuế, số tiền đề nghị hoàn thuế trong thời kỳ kiểm tra; phân loại theo hồ sơ hoàn trước, kiểm tra sau.

- Số hồ sơ đã hoàn thuế, số tiền thuế đã hoàn thuế trong thời kỳ kiểm tra; số hồ sơ, số thuế hoàn bù trừ với số nợ thuế.

- Số hồ sơ còn tồn chưa giải quyết chuyển sang sau thời kỳ kiểm tra.

- Kết quả thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế GTGT đối với các hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau do các Cục Thuế, Chi cục Thuế thực hiện kiểm tra.

+ Số hồ sơ, số tiền hoàn trước kiểm sau đã hoàn thuế.

+ Số hồ sơ, số tiền hoàn trước kiểm sau chưa được thanh tra, kiểm tra sau hoàn trong năm.

+ Số thuế hoàn sai và đã ra quyết định thu hồi số thuế hoàn sai; nguyên nhân truy hoàn.

+ Số tiền hoàn sai đã nộp vào ngân sách.

- Số hồ sơ thuộc diện phải kiểm tra sau hoàn trong thời hạn tối đa không quá 01 năm:

+ Tổng số hồ sơ thuộc diện phải kiểm tra sau hoàn.

+ Số hồ sơ đã tiến hành kiểm tra sau hoàn.

+ Số hồ sơ còn tồn đọng, lý do.

- Số hồ sơ hoàn thuế theo ngành nghề đặc biệt lưu ý có rủi ro cao được hướng dẫn hàng năm của Bộ Tài chính hoặc Tổng cục Thuế (ví dụ: Hồ sơ hoàn thuế GTGT của các đơn vị kinh doanh xuất nhập khẩu nông, lâm, thủy, hải sản, phân bón, qua biên giới đất liền; hoàn thuế đối với dự án đầu tư, ODA;…).

3. Chọn hồ sơ để tiến hành kiểm tra

3.1. Lựa chọn hồ sơ

- Trên cơ sở các số liệu, báo cáo đã thu thập, thực hiện phân tích, đánh giá để thực hiện lựa chọn hồ sơ kiểm tra.

- Danh sách lựa chọn lấy từ báo cáo theo đề cương của cơ quan Thuế được kiểm tra.

Lưu ý: Số hồ sơ hoàn thuế của các trường hợp có rủi ro cao (theo danh sách đã thu thập) phải được ưu tiên kiểm tra toàn bộ.

3.2. Số lượng hồ sơ chọn

- Số lượng hồ sơ chọn: Cân đối về thời gian, nhân sự của đoàn kiểm tra nội bộ để tiến hành lựa chọn số lượng hồ sơ nhưng phải đảm bảo được yêu cầu, hiệu quả của cuộc kiểm tra theo đề cương đã được phê duyệt.

- Toàn bộ số lượng hồ sơ đã chọn thì cần được kiểm tra hết (không bỏ sót).

3.3. Yêu cầu cung cấp hồ sơ

Đoàn kiểm tra sau khi lựa chọn các hồ sơ kiểm tra lập Phiếu yêu cầu cơ quan Thuế được kiểm tra cung cấp các hồ sơ đã chọn theo mẫu quy định (quy định hiện hành mẫu số 17/KTNB) tại Quy trình kiểm tra nội bộ ngành Thuế.

3.4. Giao nhận hồ sơ

Khi nhận thông tin (báo cáo, hồ sơ, tài liệu...) do cơ quan Thuế được kiểm tra cung cấp, Đoàn kiểm tra phải kiểm đếm, bảo quản, khai thác, sử dụng tài liệu đúng mục đích, không để thất lạc; khi giao nhận báo cáo, hồ sơ, tài liệu phải lập biên bản giao nhận (quy định hiện hành mẫu số 18/KTNB kèm theo Quy trình KTNB) và khi giao trả cũng phải lập biên bản giao trả (quy định hiện hành mẫu số 19/KTNB kèm theo Quy trình KTNB).

II. NỘI DUNG KIỂM TRA

Kiểm tra công tác hoàn thuế tập trung chủ yếu vào các nội dung sau: Tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế; phân loại hồ sơ hoàn thuế; giải quyết hồ sơ hoàn thuế (theo hai trường hợp hoàn thuế trước kiểm tra sau và kiểm tra trước hoàn thuế sau); thẩm định pháp chế hồ sơ hoàn thuế, thẩm quyền ra quyết định hoàn thuế; thực hiện hoàn trả tiền thuế, hoàn trả tiền thuế kiêm bù trừ với khoản phải nộp NSNN; kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau và việc lập báo cáo, lưu trữ hồ sơ hoàn thuế.

Kiểm tra việc chấp hành quy định của pháp luật trong lĩnh vực hoàn thuế GTGT về hồ sơ, điều kiện, đối tượng, trường hợp hoàn thuế, căn cứ xác định số thuế GTGT được hoàn theo quy định tại Quy trình hoàn thuế hiện hành của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế và các quy định về quản lý hoàn thuế tại Luật Quản lý thuế, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều Luật Quản lý thuế, Luật thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn thi hành.

1. Kiểm tra việc tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế và thời gian giải quyết hồ sơ hoàn thuế

- Kiểm tra việc tiếp nhận hồ sơ theo quy định, cụ thể:

+ Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được nộp trực tiếp tại cơ quan Thuế: Kiểm tra việc đóng dấu ghi ngày nhận hồ sơ, nhập dữ liệu vào phần mềm, viết phiếu hẹn; thủ tục, thời hạn bàn giao hồ sơ cho bộ phận chức năng ...

+ Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được gửi qua đường bưu chính: Kiểm tra việc đóng dấu ghi ngày nhận hồ sơ và ghi vào sổ văn thư của cơ quan Thuế.

+ Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được nộp thông qua giao dịch điện tử: Kiểm tra việc tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ hoàn thuế do cơ quan Thuế thực hiện thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử.

+ Trường hợp hồ sơ hoàn thuế chưa đầy đủ: Kiểm tra thủ tục và thời hạn cơ quan Thuế yêu cầu người nộp thuế hoàn chỉnh hồ sơ đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế chưa đầy đủ (thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, cơ quan Thuế phải thông báo cho người nộp thuế để hoàn chỉnh hồ sơ).

- Kiểm tra việc chấp hành quy định về thời hạn giải quyết hoàn thuế (theo quy định hiện hành chậm nhất 06 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau và chậm nhất 40 ngày kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau):

+ Số hồ sơ giải quyết hoàn thuế đúng thời hạn.

+ Số hồ sơ giải quyết quá thời hạn so với quy định.

Nguyên nhân của việc chậm giải quyết; trách nhiệm của các bộ phận, cá nhân trong việc thực hiện quy trình giải quyết hoàn thuế.

2. Kiểm tra việc xác định kết quả hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT và giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT trong thời kỳ kiểm tra

2.1. Kiểm tra việc xác định kết quả hoàn thuế GTGT trong thời kỳ kiểm tra (số hồ sơ, số thuế đã hoàn...)

Căn cứ số liệu báo cáo của đơn vị, đối chiếu với số liệu quyết toán quỹ hoàn thuế GTGT có xác nhận của Kho bạc NN để xác định số liệu về tình hình tiếp nhận hồ sơ và số thuế GTGT đã giải quyết hoàn thuế trong thời kỳ kiểm tra; số hồ sơ, số thuế đã có lệnh hoàn trả nhưng chưa được hoàn trả trong kỳ (do quỹ hoàn thuế, do Kho bạc...).

2.2. Kiểm tra việc chấp hành quy định về phân loại hồ sơ hoàn thuế (các hồ sơ có phân loại theo quy định tại Khoản 2, Điều 58, Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính và tiết a, b Điểm 14 Điều 2 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính), cụ thể:

- Kiểm tra đối với việc phân loại hồ sơ thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau.

- Kiểm tra đối với việc phân loại hồ sơ kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

2.3. Kiểm tra việc xác định đối tượng và trường hợp được hoàn

- Kiểm tra việc xác định đối tượng hoàn thuế có đúng quy định không? {Theo quy định hiện hành các cơ sở kinh doanh, tổ chức thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT phải là cơ sở kinh doanh theo phương pháp khấu trừ, đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy phép đầu tư (giấy phép hành nghề) hoặc theo quyết định thành lập của cơ quan có thẩm quyền, có con dấu theo đúng quy định của pháp luật, lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh}.

2.3.1. Hoàn thuế GTGT đầu vào đối với dự án đầu tư

- Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ: Kiểm tra thời gian đầu tư của dự án; số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư.

- Cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư cùng địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi đóng trụ sở chính: Kiểm tra việc kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.

Cơ sở kinh doanh đang hoạt động có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư khác địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi đóng trụ sở chính: Kiểm tra việc kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này.

- Đối với hoàn thuế GTGT của các doanh nghiệp đang trong giai đoạn đầu tư: Kiểm tra, xác định tính hợp lệ của các chi phí đầu vào như vật tư, máy móc thiết bị và thanh quyết toán công trình xây lắp hoàn thành.

- Doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế có yếu tố đầu tư xây dựng nhà máy, cơ sở hạ tầng nhưng chưa được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt, cấp sổ đỏ đối với quyền sử dụng đất và thuê đất.

- Doanh nghiệp nhận chuyển nhượng dự án từ một chủ đầu tư khác nhưng giá trị tài sản các bên thanh toán không đúng với giá trị thực tế ghi trên hóa đơn; đề nghị hoàn thuế cả phần giá trị tài sản ngoài dự án chuyển nhượng đã được các cấp có thẩm quyền phê duyệt.

2.3.2. Đối với hoàn thuế GTGT có lũy kế số thuế đầu vào được khấu trừ lớn hơn số thuế đầu ra trong 3 tháng liên tục trở lên trước năm 2014 và 12 tháng liên tục hoặc 4 quý liên tục từ năm 2014 trở đi

- Đối chiếu số liệu tổng hợp về số thuế phát sinh đầu ra, số thuế đầu vào được khấu trừ, số thuế đề nghị hoàn trên các Tờ khai thuế GTGT của kỳ hoàn thuế với số liệu của người nộp thuế đề nghị xin hoàn thuế, phát hiện các trường hợp kê khai không chính xác, các hóa đơn có nghi vấn (hóa đơn không hợp pháp, hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn, hóa đơn không thuộc diện được hoàn).

- Kiểm tra xác định số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ có tương ứng với doanh thu chịu thuế GTGT, kê khai thuế GTGT đầu vào có phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp hay không; áp thuế suất có đúng quy định hay không; bán hàng không xuất hóa đơn hoặc xuất hóa đơn nhưng kê khai không đúng thời gian quy định làm giảm số thuế đầu ra, tăng số thuế được hoàn trong kỳ không đúng; xuất hóa đơn kê khai trễ hạn so với quy định về thời điểm xác định doanh thu; kiểm tra việc thanh toán công nợ qua ngân hàng có đúng với thời hạn thanh toán ghi trên hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng đã được ký kết giữa các bên.

2.3.3. Đối với hoàn thuế GTGT cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu

- Kiểm tra hồ sơ xuất khẩu có đủ điều kiện không.

- Việc thanh toán qua ngân hàng, hóa đơn hàng hóa xuất khẩu đúng quy định không? các hóa đơn đầu vào có nghi vấn (hóa đơn không hợp pháp, hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn, hóa đơn không thuộc diện được hoàn).

- Kiểm tra Biên bản thanh lý hợp đồng ủy thác xuất khẩu, Biên bản đối chiếu công nợ định kỳ giữa bên ủy thác xuất khẩu và bên nhận ủy thác; bảng kê các hồ sơ có chữ ký và đóng dấu của bên nhận ủy thác (tờ khai, hợp đồng xuất khẩu hoặc hợp đồng ủy thác xuất khẩu, hình thức thanh toán, chứng từ thanh toán tiền hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu).

2.3.4. Hoàn thuế cho dự án ODA

Kiểm tra thủ tục, hồ sơ theo quy định; việc xác định số thuế được hoàn theo quy định.

2.3.5. Hoàn thuế GTGT đối với các trường hợp khác

Kiểm tra thủ tục, hồ sơ theo quy định; việc xác định số thuế được hoàn theo quy định.

2.4. Kiểm tra việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT trong thời kỳ kiểm tra

2.4.1. Kiểm tra đối với việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau

- Kiểm tra việc phân tích, đối chiếu các số liệu liên quan đến số thuế GTGT đề nghị hoàn của hồ sơ đề nghị hoàn thuế với tờ khai thuế GTGT của kỳ hoàn thuế để xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn.

+ Trường hợp số thuế đã xác định đủ điều kiện được hoàn thuế: Có hay không lập Phiếu đề xuất hoàn thuế và thực hiện theo quy định.

+ Trường hợp số thuế chưa đủ điều kiện được hoàn thuế, còn thiếu thông tin cần giải trình, bổ sung tài liệu: Kiểm tra việc ra Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu có theo quy định không? thời hạn người nộp thuế nộp bản giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo quy định (thời hạn 10 ngày làm việc, kể từ ngày cơ quan Thuế phát hành Thông báo).

Lưu ý: Đối với trường hợp hết thời hạn theo Thông báo mà NNT không giải trình bổ sung theo yêu cầu (đối với lần 01) hoặc có giải trình, bổ sung (đối với Thông báo lần 02) nhưng không chứng minh được số thuế khai là đúng thì có thực hiện chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo quy định không? (chậm nhất không quá 06 ngày làm việc, kể từ ngày cơ quan Thuế nhận được đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế).

- Kiểm tra việc đối chiếu số nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt của người nộp thuế: Thời hạn, thủ tục theo quy định đối chiếu với bộ phận quản lý nợ thuế, với cơ quan Thuế khác, với cơ quan Hải quan.

- Kiểm tra việc đề xuất hoàn thuế: Quyết định hoàn thuế, Tờ trình, Phiếu thẩm định hồ sơ hoàn thuế.

2.4.2. Kiểm tra đối với việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau

- Kiểm tra việc tổng hợp các thông tin, tài liệu có liên quan đến hồ sơ đề nghị hoàn thuế.

- Kiểm tra việc ra quyết định kiểm tra trước hoàn và việc thực hiện kiểm tra tại trụ sở NNT.

- Kiểm tra đề xuất hoàn thuế: Biên bản kiểm tra, Quyết định xử lý kết quả kiểm tra, kết quả xác nhận nợ và các tài liệu có liên quan (nếu có), Phiếu đề xuất hoàn thuế.

Lưu ý: Trường hợp cơ quan Thuế đã có kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế đối với người nộp thuế mà trùng với kỳ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế nhưng chưa thực hiện thanh tra, kiểm tra tại trụ sở NNT thì cơ quan Thuế có thực hiện kiểm tra trước hoàn thuế sau theo quy định không?

2.4.3. Kiểm tra đối với việc giải quyết hồ sơ đề nghị xin hoàn nhưng không được xét hoàn

- Kiểm tra nội dung hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT.

- Kiểm tra việc xác định không xét hoàn có đúng quy định không? Lý do không xét hoàn.

2.4.4. Kiểm tra việc thẩm định hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT do Chi cục Thuế chuyển đến Cục Thuế

- Kiểm tra nội dung Phiếu đề nghị thẩm định kèm theo hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT, Tờ trình và các văn bản phát sinh trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế của Chi cục Thuế có đúng quy định hay không?

- Kiểm tra phát hiện vấn đề chưa rõ thì có hay không lập và gửi văn bản giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo quy định.

- Kiểm tra nội dung kết quả thẩm định hồ sơ hoàn thuế của Chi cục thuế chuyển đến có đúng quy định hay không? (bộ phận thẩm định hồ sơ hoàn thuế tổng hợp ý kiến và đề xuất hướng xử lý trình Thủ trưởng cơ quan Thuế xem xét quyết định).

- Kiểm tra việc có hay không bộ phận thẩm định sao chụp 01 bản toàn bộ hồ sơ liên quan đến quá trình thẩm định hồ sơ gửi Chi cục Thuế để Chi cục Thuế nhập thông tin hồ sơ vào hệ thống cơ sở dữ liệu ngành Thuế và lưu hồ sơ theo quy định.

3. Kiểm tra việc thẩm định pháp chế đối với hồ sơ hoàn thuế

- Kiểm tra việc thẩm định pháp chế đối với hồ sơ hoàn thuế có theo quy định không (nội dung thẩm định như: Thủ tục hồ sơ đề nghị hoàn thuế, căn cứ pháp lý xác định đối tượng và trường hợp hoàn thuế, thẩm quyền và trình tự ban hành quyết định hoàn thuế; thời hạn thẩm định).

- Kiểm tra việc có hay không việc tổng hợp ý kiến thẩm định pháp chế để trình người có thẩm quyền xem xét quyết định hoàn thuế.

4. Kiểm tra việc chấp hành quy định về thẩm quyền ra quyết định hoàn thuế GTGT

Kiểm tra việc chấp hành quy định về thẩm quyền ra quyết định hoàn thuế GTGT có đúng quy định hay không? (theo quy định hiện hành tại tiết đ khoản 3 Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính: Căn cứ vào số thuế người nộp thuế được hoàn, số thuế còn nợ, thủ trưởng cơ quan Thuế các cấp thực hiện.... Riêng trường hợp hoàn thuế GTGT của người nộp thuế do Chi cục Thuế quản lý trực tiếp thì Cục trưởng Cục Thuế quyết định hoàn thuế).

5. Kiểm tra việc thực hiện hoàn trả tiền thuế, hoàn trả tiền thuế kiêm bù trừ với khoản phải nộp NSNN

- Kiểm tra việc chấp hành quy định về lập, lưu hành Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN theo quy định.

- Kiểm tra việc chấp hành quy định về xử lý bù trừ tiền hoàn thuế đối với trường hợp đến thời điểm được xét hoàn thuế, người nộp thuế được hoàn thuế còn các khoản nợ thuế khác (bao gồm cả nợ thuế do cơ quan Hải quan quản lý).

6. Kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau

- Kiểm tra việc chấp hành quy định về thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau (quy định hiện hành thực hiện thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế tại Khoản 4(a) Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 và Khoản 14 Điều 2 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính và các hồ sơ hoàn thuế có dấu hiệu rủi ro nêu tại Điểm 5 Công văn số 10492/BTC-TCT ngày 30/7/2015 của Bộ Tài chính về việc tăng cường công tác quản lý hoàn thuế GTGT):

+ Kiểm tra việc chấp hành quy định về thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế: Cục Thuế, Chi cục Thuế thực hiện kiểm tra, thanh tra đảm bảo 100% số hồ sơ hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với trường hợp có rủi ro cao trong quá trình quản lý thuế, hoàn thuế GTGT theo quy định (quy định hiện hành là tại các văn bản nêu trên) trong thời hạn 01 (một) năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.

+ Kiểm tra việc chấp hành quy định về kiểm tra sau hoàn thuế đối với trường hợp được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn 10 (mười) năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.

- Kiểm tra việc chấp hành quy định về quy trình, thủ tục kiểm tra sau hoàn thuế tại trụ sở NNT có đúng quy định hay không?

- Kiểm tra kết quả kiểm tra sau hoàn: Trên cơ sở các biên bản kiểm tra sau hoàn thuế, các quyết định xử lý vi phạm hành chính về thuế đối với NNT, các quyết định xử lý sai phạm đối với cơ quan Thuế, công chức thuế;... có đúng quy định hay không.

7. Kiểm tra việc lập báo cáo và lưu trữ hồ sơ hoàn thuế

- Kiểm tra việc chấp hành quy định về chế độ báo cáo: Kiểm tra các loại báo cáo đã lập, chưa lập, tính chính xác của số liệu tại báo cáo, thời hạn lập và gửi báo cáo có theo quy định hay không.

- Kiểm tra việc chấp hành quy định về lưu trữ hồ sơ hoàn thuế.

III. MỘT SỐ TRƯỜNG HỢP CỤ THỂ VỀ QUẢN LÝ RỦI RO ĐỐI VỚI HOÀN THUẾ GTGT

1. Trên một số địa bàn và các tỉnh có chung biên giới đất liền xảy ra tình trạng mua bán hóa đơn để hợp thức hóa đầu vào cho hàng hóa xuất khẩu, xuất khẩu khống hàng hóa nhằm chiếm đoạt tiền thuế GTGT của Nhà nước, chủ yếu tập trung vào các mặt hàng nông sản (cà phê), bách hóa tổng hợp, công nghệ phẩm.

Do đó, trong quá trình tiến hành kiểm tra các Đoàn kiểm tra lưu ý kiểm tra các hồ sơ hoàn thuế của các doanh nghiệp hoàn thuế GTGT có rủi ro trong lĩnh vực kinh doanh này để kiểm tra.

Đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT của các đơn vị kinh doanh xuất nhập khẩu nông, lâm, thủy, hải sản cần kiểm tra việc triển khai thực hiện các biện pháp phòng, chống các hành vi vi phạm pháp luật thuế của cơ quan Thuế theo hướng dẫn tại các công văn của Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế (danh sách các công văn hướng dẫn và chấn chỉnh hiện hành theo phụ lục tham khảo đính kèm).

Một số lưu ý cụ thể như sau:

- Doanh nghiệp kinh doanh hàng nông, lâm, thủy hải sản, bách hóa tổng hợp, công nghệ phẩm...

- Doanh nghiệp xuất khẩu tiểu ngạch qua biên giới đất liền.

- Doanh nghiệp xuất khẩu thanh toán qua tài khoản vãng lai mở tại ngân hàng thương mại ở Việt Nam:

+ Kiểm tra việc phối hợp với tổ chức tín dụng nơi người mua phía nước ngoài mở tài khoản để đảm bảo việc thanh toán, chuyển tiền thực hiện đúng mục đích và phù hợp với quy định của pháp luật.

+ Với nguồn tiền nộp vào tài khoản vãng lai là tiền mặt thì ngoài các nội dung phải kiểm tra theo quy định của pháp luật, cơ quan Thuế có phối hợp với cơ quan hải quan kiểm tra tờ khai nhập cảnh, xuất cảnh và bảng kê chi tiết tiền mặt của người nhập cảnh có liên quan.

+ Chọn một số hồ sơ có rủi ro cao phối hợp với tổ chức tín dụng nơi người mua phía nước ngoài mở tài khoản để đảm bảo việc thanh toán, chuyển tiền thực hiện đúng mục đích và phù hợp với quy định của pháp luật.

+ Với nguồn tiền nộp vào tài khoản vãng lai là tiền mặt thì ngoài các nội dung phải kiểm tra theo quy định của pháp luật, cần phối hợp với cơ quan hải quan kiểm tra tờ khai nhập cảnh, xuất cảnh và bảng kê chi tiết tiền mặt của người nhập cảnh có liên quan.

- Doanh nghiệp mới đi vào hoạt động 01 đến 02 năm gần đây với lượng vốn đăng ký kinh doanh thấp hơn nhiều lần so với giá trị xuất khẩu hàng tháng, với số tiền hoàn thuế hàng năm vượt quá lượng vốn đăng ký của doanh nghiệp.

- Doanh nghiệp hoàn thuế trường hợp trong ba tháng liên tục có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết, phát sinh hoàn thuế GTGT lớn.

2. Đối với hoàn thuế GTGT cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, cần kiểm tra điều kiện khấu trừ và hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, cụ thể như

- Có hợp đồng bán, gia công hàng hóa xuất khẩu; hợp đồng ủy thác xuất khẩu; Biên bản thanh lý hợp đồng ủy thác xuất khẩu, Biên bản đối chiếu công nợ định kỳ giữa bên ủy thác xuất khẩu và bên nhận ủy thác; bảng kê các hồ sơ có chữ ký và đóng dấu của bên nhận ủy thác (tờ khai, hợp đồng xuất khẩu hoặc hợp đồng ủy thác xuất khẩu, hình thức thanh toán, chứng từ thanh toán tiền hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu); có chứng từ thanh toán tiền hàng hóa, xuất khẩu qua ngân hàng và các chứng từ khác theo quy định của pháp luật; trường hợp thanh toán trả chậm, đến thời hạn thanh toán đã có đủ chứng từ thanh toán qua ngân hàng hay không; có tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu đã làm xong thủ tục hải quan theo quy định hay không.

- Trường hợp cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) vừa có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hóa, dịch vụ bán trong nước, cần kiểm tra việc xác định số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết phân bổ cho hàng xuất khẩu có đúng quy định hay không.

Khi kiểm tra hồ sơ hoàn thuế GTGT cho hàng hóa xuất khẩu phải kiểm tra các chỉ tiêu ghi trong Tờ khai Hải quan, trường hợp cần thiết phải xác minh tại các cơ quan Hải quan.

3. Khi kiểm tra hồ sơ hoàn thuế GTGT cần kiểm tra: Tính hợp lý của doanh thu, chi phí hàng hóa, dịch vụ mua vào bán ra; chi phí vận chuyển, chi phí quản lý ... trên tờ khai thuế GTGT và bảng kê hàng hóa mua vào bán ra liên quan đến hồ sơ hoàn thuế.

4. Trong quá trình kiểm tra hồ sơ hoàn thuế GTGT tại Cục Thuế nếu phát hiện có vướng mắc về kê khai, hoàn thuế thuế GTGT của người nộp thuế hoặc kê khai thuế GTGT không đúng, có biểu hiện gian lận về thuế GTGT, phải tiến hành kiểm tra, xác minh làm rõ những nội dung liên quan đến số tiền thuế được hoàn để xử lý theo đúng chế độ. Cụ thể: Khi phát hiện người nộp thuế kê khai không đúng, có biểu hiện gian lận thuế GTGT, Đoàn kiểm tra đề nghị cơ quan Thuế mời người nộp thuế có liên quan đến trụ sở cơ quan Thuế để làm việc với Đoàn kiểm tra về số liệu kê khai, khấu trừ, hoàn thuế. Khi làm việc với người nộp thuế, Đoàn kiểm tra phải lập biên bản theo quy định tại Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính.

5. Hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau theo quy định của Luật Quản lý thuế nhưng thuộc loại có rủi ro cao thì cơ quan Thuế phải thực hiện kiểm tra kỹ hồ sơ, khi phát hiện có dấu hiệu nghi vấn, cơ quan Thuế phải có văn bản đề nghị người nộp thuế giải trình; hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan Thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế, hoặc có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng, hoặc có dấu hiệu gian lận hoàn thuế thì phải chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, khi đó phải căn cứ kết quả thanh tra, kiểm tra để thực hiện hoàn thuế và Cục trưởng Cục Thuế phải chịu trách nhiệm về quyết định hoàn thuế; áp dụng chủ yếu đối với các trường hợp sau:

- Doanh nghiệp kinh doanh thương mại xuất khẩu có doanh thu lớn hơn nhiều lần so với số vốn điều lệ hoặc vốn chủ sở hữu (từ 03 lần trở lên); không có cơ sở vật chất (như: kho hàng, phương tiện vận tải, hệ thống các cửa hàng,...) tương ứng quy mô doanh thu.

- Doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu không qua cửa khẩu quốc tế, cửa khẩu chính.

- Doanh nghiệp kinh doanh thương mại mà số thuế GTGT đề nghị hoàn nhỏ hơn hoặc bằng số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa tồn kho.

- Doanh nghiệp có cùng mức thuế suất thuế GTGT đầu vào và đầu ra đề nghị hoàn “trong 12 tháng liên tục trở lên có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết”.

- Doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư, doanh nghiệp đang hoạt động có dự án đầu tư nhưng chưa được cấp quyền sử dụng đất, chưa được cấp giấy phép xây dựng... liên quan đến dự án; dự án đầu tư trong đó có hạng mục đầu tư không sản xuất hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT, hạng mục đầu tư không trực tiếp sản xuất kinh doanh (trụ sở văn phòng, trường học, nhà trẻ, bệnh viện, công viên, vườn hoa...); dự án đầu tư xây dựng khu hỗn hợp (bao gồm trung tâm thương mại, thuê văn phòng, căn hộ chung cư để bán...).

- Doanh nghiệp thuộc danh sách rủi ro cao của cơ quan Hải quan.

- Doanh nghiệp có giao dịch thanh toán liên quan đến tổ chức, cá nhân có giao dịch đáng ngờ theo danh sách cảnh báo của cơ quan thanh tra, giám sát Ngân hàng và thanh tra Ngân hàng Nhà nước.

- Doanh nghiệp mới thành lập trong thời gian 24 tháng trở lại tính đến ngày cơ quan Thuế nhận được hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế, trừ doanh nghiệp trực tiếp sản xuất hàng hóa xuất khẩu.

- Doanh nghiệp bên mua và bên bán có quan hệ nhân thân (bố, mẹ, vợ chồng, anh em...), có cùng chủ sở hữu, quan hệ liên kết có dấu hiệu bất thường.

- Lập doanh nghiệp ở địa phương này nhưng kinh doanh mua, bán sản phẩm, hàng hóa sản xuất ở địa phương khác có dấu hiệu bất thường.

- Doanh nghiệp có số thuế hoàn tăng đột biến (trên 20% so với cùng kỳ năm trước).

DANH MỤC VĂN BẢN THAM KHẢO

1. Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 ngày 29/11/2006 và các văn bản hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế.

2. Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13 ngày 20/11/2012.

3. Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế số 71/2014/QH13 ngày 26/11/2014.

4. Nghị định số 92/2013/NĐ-CP ngày 13/8/2013 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều có hiệu lực từ ngày 01/7/2013 của Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật thuế TNDN và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT.

5. Nghị định số 209/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn một số điều của Luật thuế GTGT.

6. Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ.

7. Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 hướng dẫn thi hành Luật thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế GTGT.

8. Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013, Thông tư số 111/2013/TT-BTC ngày 15/8/2013, Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013, Thông tư số 08/2013/TT-BTC ngày 10/01/2013, Thông tư số 85/2011/TT-BTC ngày 17/6/2011, Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 và Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính để cải cách, đơn giản các thủ tục hành chính về thuế.

9. Thông tư số 26/TT-BTC ngày 27/2/2015 Hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng và quản lý thuế tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12 tháng 2 năm 2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các Nghị định về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ

10. Quy trình hoàn thuế của Tổng cục Thuế.

11. Công văn số 7526/BTC-TCT ngày 12/6/2013 của Bộ Tài chính về việc tăng cường quản lý thuế đối với các doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế.

12. Công văn số 7527/BTC-TCT ngày 12/6/2013 của Bộ Tài chính về việc tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra thuế đối với các doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro cao về thuế.

13. Công văn số 9345/BTC-TCT ngày 19/7/2013 của Bộ Tài chính về việc bổ sung công văn số 7527/BTC-TCT .

14. Công văn số 9976/BTC-TCT ngày 31/7/2013 của Bộ Tài chính về việc kiểm tra hoàn thuế GTGT.

15. Công văn số 13706/BTC-TCT ngày 15/10/2013 của Bộ Tài chính về việc hướng dẫn sửa đổi, bổ sung nội dung công văn số 7527/BTC-TCT .

16. Công văn số 4218/TCT-TTr ngày 5/12/2013 của Tổng cục Thuế về việc triển khai thực hiện kịp thời, trách nhiệm nội dung hướng dẫn của Công văn số 13706/BTC-TCT ngày 15/10/2013 của Bộ Tài chính.

17. Công văn số 1752/BTC-TCT ngày 10/02/2014 của Bộ Tài chính về việc tăng cường quản lý thuế đối với các doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế.

18. Công văn số 10492/BTC-TCT ngày 30/7/2015 về việc tăng cường công tác quản lý hoàn thuế GTGT.

Mục lục

SỔ TAY NGHIỆP VỤ

Kiểm tra nội bộ ngành Thuế về công tác Hoàn thuế GTGT

LỜI NÓI ĐẦU

NỘI DUNG

I. CÁC BƯỚC CHUẨN BỊ TRƯỚC KHI TIẾN HÀNH KIỂM TRA

1. Thu thập văn bản

2. Thu thập thông tin, số liệu

3. Chọn hồ sơ để tiến hành kiểm tra

II. NỘI DUNG KIỂM TRA

1. Kiểm tra việc tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế và thời gian giải quyết hồ sơ hoàn thuế

2. Kiểm tra việc xác định kết quả hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT và giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT trong thời kỳ kiểm tra

3. Kiểm tra việc thẩm định pháp chế đối với hồ sơ hoàn thuế

4. Kiểm tra việc chấp hành quy định về thẩm quyền ra quyết định hoàn thuế GTGT

5. Kiểm tra việc thực hiện hoàn trả tiền thuế, hoàn trả tiền thuế kiêm bù trừ với khoản phải nộp NSNN

6. Kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau

7. Kiểm tra việc lập báo cáo và lưu trữ hồ sơ hoàn thuế

III. MỘT SỐ TRƯỜNG HỢP CỤ THỂ VỀ QUẢN LÝ RỦI RO ĐỐI VỚI HOÀN THUẾ GTGT

DANH MỤC VĂN BẢN THAM KHẢO

Mục lục