Theo báo cáo của các Cục Thuế, nhiều vụ việc vi phạm pháp luật về hoàn thuế GTGT đã được phát hiện và kịp thời đấu tranh, ngăn chặn; một số vụ việc có dấu hiệu tội phạm đã được chuyển cơ quan chức năng để giải quyết theo đúng thẩm quyền và quy định pháp luật. Từ đó, góp phần nâng cao tính hiệu lực, hiệu quả trong công tác quản lý thuế, chống thất thoát ngân sách nhà nước cũng như tăng cường tính tuân thủ pháp luật của người nộp thuế. Bên cạnh những kết quả tích cực đã đạt được, qua tổng hợp báo cáo từ các Cục Thuế, Tổng cục Thuế nhận thấy việc triển khai thực hiện chỉ đạo, hướng dẫn của Tổng cục Thuế tại cơ quan thuế địa phương còn có những cách hiểu khác nhau làm phát sinh vướng mắc trong quá trình triển khai thực hiện.

Nhằm đảm bảo thực hiện thống nhất, đồng bộ theo đúng quy định pháp luật về quản lý thuế, tăng cường kỷ luật, kỷ cương thực thi công vụ cũng như giải quyết công việc theo đúng chức trách, nhiệm vụ của công chức, cơ quan thuế trong công tác thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT, Tổng cục Thuế đề nghị Cục Thuế các tỉnh, thành phố quán triệt và nghiêm túc thực hiện công tác thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT đúng quy định của Luật Quản lý thuế ngày 13/6/2019 và các văn bản hướng dẫn thi hành; chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Công điện số 470/CĐ-TTg ngày 26/5/2023; chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ Tài chính tại Công điện số 01/CĐ-BTC ngày 12/4/2023 và các công văn số 5427/BTC-VP ngày 26/5/2023, số 9280/BTC-VP ngày 31/8/2023 và số 11630/BTC-VP ngày 25/10/2023; chỉ đạo của Tổng cục Thuế tại Công điện số 07/CĐ-TCT ngày 09/8/2023 và các công văn số 2099/TCT-KK ngày 26/5/2023, số 2426/TCT-KK ngày 15/6/2023 và số 2489/TCT-VP ngày 19/6/2023; đồng thời chủ động, nghiêm túc triển khai thực hiện đồng bộ, hiệu quả các nội dung sau đây:

1. Nguyên tắc thực hiện

- Cục trưởng Cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quyết định việc hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế; chịu trách nhiệm toàn diện đối với công tác hoàn thuế GTGT thuộc phạm vi quản lý nhà nước được giao theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế ngày 13/6/2019 và các văn bản hướng dẫn thi hành. Quán triệt đến toàn thể cán bộ, công chức về kỷ cương, kỷ luật của ngành; quyền hạn, nghĩa vụ và trách nhiệm của cán bộ, công chức được giao nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT. Căn cứ đặc thù công tác quản lý thuế của từng địa bàn, Cục trưởng các Cục Thuế có biện pháp tăng cường quản lý, giám sát với cán bộ, công chức được giao nhiệm vụ liên quan đến tiến độ giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT.

- Áp dụng đầy đủ nguyên tắc quản lý rủi ro quy định tại Luật Quản lý thuế, các văn bản hướng dẫn thi hành và các quy trình nghiệp vụ và các bộ tiêu chí, chỉ số rủi ro có liên quan. Việc đánh giá, phân tích rủi ro về thuế và hóa đơn phải căn cứ vào từng hồ sơ cụ thể và thực tiễn công tác quản lý thuế trên địa bàn để triển khai thực hiện.

- Công tác thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế phải được thực hiện quyết liệt nhằm kiểm soát chặt chẽ việc hoàn thuế GTGT đảm bảo đúng chính sách, quy định của pháp luật. Cục Thuế phân công nhiệm vụ, giao nhiệm vụ kiểm tra sau hoàn thuế một cách cụ thể, rõ ràng đến từng bộ phận. Yêu cầu từng cán bộ, công chức nắm chắc địa bàn, lĩnh vực được phân công, trường hợp phát hiện bất thường trong khi thực thi công vụ cần khẩn trương báo cáo cấp có thẩm quyền xem xét, quyết định.

2. Về công tác thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT

- Đẩy mạnh rà soát tổng hợp thông tin hệ thống, ứng dụng công nghệ thông tin để kết nối thông tin cơ sở dữ liệu đánh giá rủi ro về quản lý thuế, quản lý hóa đơn... kịp thời thực hiện thanh tra, kiểm tra, giám sát việc hoàn thuế theo quy định của pháp luật. Cục Thuế tổ chức thực hiện thanh tra, kiểm tra hoàn thuế theo quy định tại Điều 77, Điều 110 Luật Quản lý thuế.

- Đối với các hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế, Cục Thuế tổ chức thực hiện phân công, triển khai việc kiểm tra hồ sơ hoàn thuế ngay khi tiếp nhận hồ sơ. Trong quá trình kiểm tra, nếu phát sinh lý do bất khả kháng, không thể tiếp tục thực hiện kiểm tra thì Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ban hành Quyết định kiểm tra để tạm dừng kiểm tra. Lý do bất khả kháng được thực hiện theo quy định tại khoản 27 Điều 3 Luật Quản lý thuế và khoản 1 Điều 3 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP. Lãnh đạo Cục Thuế, Lãnh đạo bộ phận thanh tra, kiểm tra thuế chịu trách nhiệm tổ chức giám sát từng đoàn kiểm tra đảm bảo thủ tục, trình tự theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế, quy trình kiểm tra thuế.

- Quá thời gian giải quyết hoàn thuế mà chưa có kết quả trả lời từ phía cơ quan chức năng, Cục Thuế có văn bản đôn đốc, đề nghị cơ quan chức năng có ý kiến về lý do của việc chưa cung cấp được thông tin; thực hiện kết thúc thanh tra, kiểm tra đúng thời hạn và giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại điểm đ khoản 1 Điều 34 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính.

- Trường hợp doanh nghiệp thuộc kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại trụ sở NNT đã được phê duyệt có hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn, Cục Thuế ưu tiên thực hiện công tác kiểm tra hồ sơ đề nghị hoàn thuế, bố trí sắp xếp nguồn lực triển khai kế hoạch phù hợp với quy định về thanh tra, kiểm tra thuế, quy định về giải quyết hoàn thuế tại Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

3. Về công tác xác minh

- Công tác xác minh phải căn cứ trên các dấu hiệu rủi ro cụ thể về thuế theo đúng chức năng, nhiệm vụ của cơ quan thuế. Đề xuất xác minh phải có phân tích, đánh giá cụ thể dựa trên các dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế và hóa đơn do cơ quan thuế thu thập hoặc tiếp nhận từ bên thứ ba. Phạm vi đề xuất xác minh cần căn cứ các quy định pháp luật về thuế, quản lý thuế và các quy định pháp luật khác có liên quan đến giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ để đánh giá đúng trách nhiệm của người nộp thuế trong việc quản lý và sử dụng hóa đơn cũng như kê khai, xác định các nghĩa vụ thuế có liên quan.

- Việc kiểm tra, xác minh phải được thực hiện theo đúng quy định để đảm bảo thời gian giải quyết đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế. Trường hợp việc xác minh, kiểm tra cho thấy dấu hiệu vi phạm của các đối tượng mua bán hàng hóa ở các khâu trước đó, Cục Thuế thực hiện xử lý theo đúng quy định pháp luật đối với người nộp thuế vi phạm.

- Cần chú trọng sử dụng hệ thống hóa đơn điện tử để rút ngắn thời gian và nhanh chóng xác định đúng đối tượng cần xác minh.

4. Về các văn bản chỉ đạo công tác kiểm tra, xác minh hoàn thuế GTGT:

Trước đây, trên cơ sở tổng hợp báo cáo, thông tin từ các Cục Thuế và các cơ quan chức năng có liên quan, Tổng cục Thuế đã ban hành các công văn hướng dẫn về nghiệp vụ thanh tra, kiểm tra và xác minh các nội dung có liên quan đến quá trình hoàn thuế GTGT tại các thời điểm khác nhau theo từng bối cảnh nhất định (danh sách tại phụ lục kèm theo).

Việc ban hành các công văn nêu trên là cần thiết trước bối cảnh các văn bản hướng dẫn Luật Quản lý thuế ngày 13/6/2019, các quy trình nghiệp vụ quản lý rủi ro chưa kịp ban hành và cơ quan thuế nhận được nhiều cảnh báo về vấn đề gian lận, vi phạm pháp luật về hoàn thuế giá trị gia tăng nhằm trục lợi ngân sách nhà nước. Qua đó đã góp phần cảnh báo, thông tin kịp thời đến cơ quan thuế các cấp về các dấu hiệu rủi ro trong công tác quản lý thuế nói chung và thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT nói riêng.

Đến nay, hệ thống văn bản quy phạm pháp luật về quản lý thuế đã được ban hành đầy đủ, các quy trình nghiệp vụ và các bộ tiêu chí, chỉ số đánh giá rủi ro trong công tác quản lý thuế cũng như các ứng dụng hỗ trợ đã và đang được khẩn trương xây dựng theo đúng thẩm quyền được giao, trong đó có Quyết định số 679/QĐ-TCT ngày 31/5/2023 của Tổng cục Thuế về việc ban hành Quy trình hoàn thuế, Quyết định số 970/QĐ-TCT ngày 14/7/2023 của Tổng cục Thuế về việc ban hành quy trình kiểm tra thuế, Quyết định số 1388/QĐ-TCT ngày 18/9/2023 của Tổng cục Thuế về việc áp dụng quản lý rủi ro trong phân loại hồ sơ hoàn thuế GTGT và lựa chọn người nộp thuế để xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế. Qua đó, cơ bản đáp ứng được các yêu cầu quản lý thuế hiện đại theo đúng nguyên tắc quản lý rủi ro của Luật Quản lý thuế.

Tổng cục Thuế yêu cầu cơ quan Thuế các cấp triển khai công tác quản lý rủi ro, thanh tra, kiểm tra và xác minh các nội dung về hoàn thuế GTGT theo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật, các quy trình nghiệp vụ và các bộ tiêu chí, chỉ số có liên quan và hướng dẫn, chỉ đạo tại công văn này.

Tổng cục Thuế thông báo để các Cục Thuế được biết và tổ chức thực hiện./.

PHỤ LỤC

DANH SÁCH CÁC CÔNG VĂN HƯỚNG DẪN VỀ THANH TRA, KIỂM TRA VÀ XÁC MINH LIÊN QUAN ĐẾN QUÁ TRÌNH HOÀN THUẾ GTGT
(Kèm theo công văn số 5004/TCT-TTKT ngày 09/11/2023)