Trả lời công văn số 6051/CT-HCQTTVAC ngày 07/10/2011 của Cục Thuế tỉnh Thừa Thiên Huế, công văn số 5761/CT-TTHT ngày 03/11/2011 của Cục Thuế tỉnh Quảng Ninh về chứng từ khi thanh, quyết toán chi phí khám chữa bệnh bảo hiểm y tế, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại Điều 17 Nghị định số 57/2002/NĐ-CP ngày 03/6/2002 quy định chi tiết Pháp lệnh phí, lệ phí quy định:

"1. Phí, lệ phí thuộc ngân sách nhà nước theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều 11 Nghị định này, không phải chịu thuế.

2. Phí không thuộc ngân sách nhà nước do các tổ chức, cá nhân thu theo quy định tại khoản 1 Điều 11 Nghị định này phải chịu thuế theo quy định hiện hành của Nhà nước."

Tại điểm 1 mục IX Phần A Danh mục phí ban hành kèm theo Nghị định số 57/2002/NĐ-CP ngày 03/6/2002 của Chính phủ nêu trên quy định các loại phí thuộc lĩnh vực y tế có bao gồm "Viện phí và các loại phí khám chữa bệnh"

Tại điểm 1, điểm 2 mục A Phần IV Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện các quy định pháp luật về phí và lệ phí quy định: "Tổ chức, cá nhân thu phí, lệ phí phải lập và cấp chứng từ thu cho đối tượng nộp phí, lệ phí theo quy định của Bộ Tài chính về chế độ phát hành, quản lý, sử dụng chứng từ. Cụ thể như sau:

1. Đối với phí, lệ phí thuộc ngân sách nhà nước, tổ chức, cá nhân khi thu phí, lệ phí phải lập và cấp biên lai thu cho đối tượng nộp phí, lệ phí theo quy định hiện hành của Bộ Tài chính về phát hành, quản lý, sử dụng ấn chỉ thuế.

Trường hợp tổ chức, cá nhân thu phí, lệ phí có nhu cầu sử dụng chứng từ thu phí, lệ phí khác với mẫu chứng từ quy định chung thì phải có văn bản đề nghị cơ quan thuế có thẩm quyền giải quyết theo chế độ quy định.

2. Đối với phí không thuộc ngân sách nhà nước, tổ chức, cá nhân khi thu phí phải lập và giao hóa đơn cho đối tượng nộp phí theo quy định hiện hành của Bộ Tài chính về phát hành, quản lý, sử dụng hóa đơn bán hàng.

Tổ chức, cá nhân có nhu cầu sử dụng hóa đơn tự in phải có văn bản đề nghị cơ quan thuế có thẩm quyền giải quyết theo chế độ quy định."

Tại Điều 5 Thông tư số 128/2011/TT-BTC ngày 12/9/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập doanh nghiệp đối với cơ sở y tế công lập quy định:

"1. Đối với khoản thu từ khám bệnh chữa bệnh và các khoản thu từ lĩnh vực y tế dự phòng, kiểm nghiệm, kiểm định có thu phí, lệ phí theo quy định của Pháp lệnh phí, lệ phí thì cơ sở y tế công lập sử dụng biên lai thu phí do Bộ Tài chính in, phát hành (hoặc biên lai tự in theo quy định).

2. Đối với các khoản thu khác (ngoài khoản thu nêu tại khoản 1 Điều này) cơ sở y tế công lập sử dụng hóa đơn theo quy định tại Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 của Chính phủ và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Riêng đối với khoản thu từ dịch vụ khám bệnh chữa bệnh, cơ sở y tế công lập lựa chọn sử dụng biên lai hoặc hóa đơn phù hợp với đặc thù của cơ sở y tế công lập.

Trường hợp, bệnh nhân không yêu cầu lấy hóa đơn, cuối ngày cơ sở y tế công lập phải lập chung một hóa đơn cho tổng doanh thu bệnh nhân không lấy hóa đơn phát sinh trong ngày theo bảng kê. Hóa đơn ghi số tiền cung cấp dịch vụ trong ngày thể hiện trên dòng cộng của bảng kê, ký tên và giữ liên giao cho bệnh nhân tại cuống, các liên khác luân chuyển theo quy định. Tên bệnh nhân trong hóa đơn này được ghi là "bán lẻ không giao hóa đơn".

Căn cứ các quy định trên, trường hợp các Trung tâm Y tế cấp huyện trên địa bàn tỉnh Thừa Thiên Huế thanh, quyết toán chi phí khám chữa bệnh với các cơ quan bảo hiểm xã hội theo hợp đồng khám chữa bệnh đã ký thì khoản thu phí này thuộc ngân sách nhà nước; do đó, khi nhận tiền thanh toán từ các cơ quan bảo hiểm xã hội, các Trung tâm Y tế phải lập và cấp biên lai thu cho các cơ quan bảo hiểm xã hội theo quy định tại điểm 1 mục A Phần IV Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 của Bộ Tài chính.

Trường hợp các doanh nghiệp ký hợp đồng với các cơ quan bảo hiểm xã hội để khám chữa bệnh cho người lao động có thẻ bảo hiểm y tế thông qua các Trạm Y tế của doanh nghiệp (các Trạm Y tế này được Sở Y tế cấp phép thành lập) thì khoản tiền thanh, quyết toán từ cơ quan bảo hiểm xã hội này cũng là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước, do đó về nguyên tắc cũng phải sử dụng Biên lai thu phí, lệ phí. Tuy nhiên, chính sách hiện hành về chứng từ thu phí, lệ phí chưa quy định về trường hợp này. Tổng cục Thuế ghi nhận để trình cấp có thẩm quyền khi ban hành văn bản sửa đổi, bổ sung. Trong khi chưa có văn bản chính thức, đề nghị các Cục Thuế hướng dẫn doanh nghiệp nhận tiền thanh toán phí khám chữa bệnh cho người lao động có thẻ bảo hiểm y tế từ cơ quan bảo hiểm xã hội theo hợp đồng đã ký thì doanh nghiệp phải xuất hóa đơn hợp pháp, trên hóa đơn ghi rõ nội dung thanh toán tiền khám chữa bệnh cho người có thẻ bảo hiểm y tế, không ghi thuế giá trị gia tăng.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế tỉnh Thừa Thiên Huế, Cục Thuế tỉnh Quảng Ninh biết./.