1. Giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh: là số tiền phải trả cho mỗi dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh.

2. Khung giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh: là khung giá một phần viện phí do Liên Bộ Y tế - Tài chính - Lao động - Thương binh và Xã hội ban hành hoặc Khung giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh do Bộ Tài chính và Bộ Y tế ban hành theo quy định của Luật Khám bệnh, chữa bệnh.

Cơ sở y tế công lập phải hạch toán riêng khoản thu từ khám chữa bệnh theo Khung giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh nằm trong Danh mục chi tiết phí lệ phí ban hành kèm theo Nghị định 24/2006/NĐ-CP ngày 06/3/2006 của Chính phủ sửa đổi bổ sung một số điều của Nghị định số 57/2002/NĐ-CP ngày 3/6/2002 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Pháp lệnh Phí và lệ phí; khoản thu từ khám chữa bệnh khác và các khoản thu từ các hoạt động sản xuất, kinh doanh khác theo quy định của pháp luật ngoài hoạt động khám bệnh, chữa bệnh.

1. Đối tượng chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT:

1.1. Đối tượng chịu thuế GTGT là hàng hóa, dịch vụ được quy định tại điểm 1, Mục I, Phần A, Thông tư 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính.

1.2. Đối tượng không chịu thuế GTGT là dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh và các hàng hóa, dịch vụ khác quy định tại Mục II, Phần A, Thông tư 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính.

Thuốc chữa bệnh quy định tại điểm 2.11 Mục II Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC thuộc diện áp dụng thuế suất thuế GTGT là 5%. Trường hợp, thuốc chữa bệnh là một phần thuộc gói dịch vụ chữa bệnh (theo quy định của Bộ Y tế) thì toàn bộ khoản thu từ hoạt động chữa bệnh bao gồm cả sử dụng thuốc thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Các dịch vụ trong lĩnh vực y tế dự phòng, kiểm nghiệm, kiểm định có thu phí, lệ phí theo quy định của Pháp lệnh phí, lệ phí thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

2. Căn cứ và phương pháp tính thuế:

2.1. Căn cứ tính thuế:

Căn cứ tính thuế GTGT là giá tính thuế và thuế suất thuế GTGT.

Giá tính thuế và thuế suất thuế GTGT thực hiện theo quy định tại Mục I, Mục II Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính.

2.2. Phương pháp tính thuế:

2.2.1. Trường hợp cơ sở y tế công lập thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định và đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế thì thuế GTGT phải nộp được xác định như sau:

Trong đó:

Số thuế giá trị gia tăng đầu ra bằng tổng số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng.

Thuế GTGT đầu vào bằng (=) tổng số thuế GTGT ghi trên hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT.

Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ được xác định theo quy định chi tiết 1.2c điểm 1 Mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính.

2.2.2. Trường hợp cơ sở y tế công lập có hoạt động kinh doanh, dịch vụ có đầy đủ hóa đơn của hàng hóa, dịch vụ bán ra theo chế độ quy định hoặc có đủ điều kiện xác định được đúng doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ như hợp đồng và chứng từ thanh toán nhưng không có đủ hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ đầu vào thì đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp trên GTGT, thuế GTGT được xác định bằng doanh thu nhân (x) với tỷ lệ (%) GTGT tính trên doanh thu nhân (x) Thuế suất thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ bán ra.

Cơ sở y tế công lập được áp dụng một phương pháp tính thuế: phương pháp khấu trừ thuế hoặc phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng. Để chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT từ phương pháp khấu trừ thuế sang phương pháp tính trực tiếp trên GTGT và ngược lại, cơ sở y tế công lập gửi văn bản đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp chấp thuận chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT. Trong thời hạn mười ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT của cơ sở y tế công lập, cơ quan thuế có trách nhiệm kiểm tra và trả lời văn bản về việc đồng ý hay không đồng ý đề nghị chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT của cơ sở y tế công lập. Thời gian tối thiểu đối với phương pháp tính thuế GTGT mà cơ sở y tế lựa chọn là 01 năm.

3. Kê khai thuế giá trị gia tăng:

3.1. Hồ sơ khai thuế:

Hồ sơ khai thuế tháng bao gồm các mẫu biểu ban hành kèm theo Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 của Bộ Tài chính:

3.1.1. Cơ sở y tế công lập đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, hồ sơ khai thuế gồm:

1. Thu nhập được miễn thuế và thu nhập chịu thuế:

1.1. Thu nhập được miễn thuế:

Thu nhập từ khám bệnh chữa bệnh theo Khung giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh thuộc viện phí do Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành đối với cơ sở y tế công lập trực thuộc Bộ Y tế hoặc do Chủ tịch UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương ban hành đối với cơ sở y tế công lập do địa phương quản lý; Thu nhập từ dịch vụ ăn uống dinh dưỡng lâm sàng theo chế độ bệnh tật: qua ống tiêu hóa, qua đường tĩnh mạch; Thu nhập từ dịch vụ trong lĩnh vực y tế dự phòng, kiểm nghiệm, kiểm định có thu phí, lệ phí theo quy định của Pháp lệnh phí, lệ phí; và các khoản thu nhập được miễn thuế TNDN theo quy định tại Mục VI Phần C Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính.

1.2. Thu nhập chịu thuế:

Thu nhập từ dịch vụ khám chữa bệnh (ngoài thu nhập quy định tại khoản 1.1 điều này) và các khoản thu nhập khác theo quy định.

2. Phương pháp tính thuế:

2.1. Trường hợp cơ sở y tế công lập hạch toán riêng được đầy đủ doanh thu, chi phí của hoạt động chịu thuế TNDN thì số thuế TNDN phải nộp trong kỳ tính thuế được xác định như sau:

Việc xác định thu nhập tính thuế và thuế suất thuế TNDN thưc hiện theo quy định tại Phần C Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính, Thông tư số 18/2011/TT-BTC ngày 10/2/2011 của Bộ Tài chính.

Riêng đối với các chi phí tiền lương, tiền công cho người lao động theo quy định của Luật Lao động từ hoạt động dịch vụ mà thu nhập của hoạt động này thuộc diện chịu thuế TNDN thì được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập tính thuế.

2.2. Trường hợp cơ sở y tế công lập hạch toán được doanh thu nhưng không hạch toán và xác định được chi phí, thu nhập của từng hoạt động chịu thuế TNDN thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ. Cụ thể như sau:

3. Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Điều kiện, nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với cơ sở y tế công lập thực hiện theo quy định tại Mục I Phần H Thông tư số 130/2008/TT-BTC và điểm a, b khoản 7 Điều 1 Thông tư số 18/2011/TT-BTC. Ngoài ra, các cơ sở y tế công lập phải đáp ứng thêm 2 điều kiện như sau:

4. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp:

4.1. Hồ sơ khai thuế thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 của Bộ Tài chính:

1. Đối với khoản thu từ khám bệnh chữa bệnh và các khoản thu từ lĩnh vực y tế dự phòng, kiểm nghiệm, kiểm định có thu phí, lệ phí theo quy định của Pháp lệnh phí, lệ phí thì cơ sở y tế công lập sử dụng biên lai thu phí do Bộ Tài chính in, phát hành (hoặc biên lai tự in theo quy định).

2. Đối với các khoản thu khác (ngoài khoản thu nêu tại khoản 1 Điều này) cơ sở y tế công lập sử dụng hóa đơn theo quy định tại Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 của Chính phủ và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Riêng đối với khoản thu từ dịch vụ khám bệnh chữa bệnh, cơ sở y tế công lập lựa chọn sử dụng biên lai hoặc hóa đơn phù hợp với đặc thù của cơ sở y tế công lập.

Trường hợp, bệnh nhân không yêu cầu lấy hóa đơn, cuối ngày cơ sở y tế công lập phải lập chung một hóa đơn cho tổng doanh thu bệnh nhân không lấy hóa đơn phát sinh trong ngày theo bảng kê. Hóa đơn ghi số tiền cung cấp dịch vụ trong ngày thể hiện trên dòng cộng của bảng kê, ký tên và giữ liên giao cho bệnh nhân tại cuống, các liên khác luân chuyển theo quy định. Tên bệnh nhân trong hóa đơn này được ghi là “bán lẻ không giao hóa đơn”.

1. Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 01/01/2012.

2. Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc, đề nghị các tổ chức, cá nhân phản ảnh kịp thời về Bộ Tài chính để nghiên cứu, hướng dẫn bổ sung.