THÔNG TƯ

HƯỚNG DẪN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG VÀ THUẾ THU NHẬP DOANH NGHIỆP ĐỐI VỚI CƠ SỞ Y TẾ CÔNG LẬP

Căn cứ Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 ngày 03 tháng 6 năm 2008; Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 ngày 03 tháng 6 năm 2008; Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 ngày 29 tháng 11 năm 2006 và các văn bản hướng dẫn thi hành;

Căn cứ Luật Khám bệnh chữa bệnh số 40/2009/QH12 ngày 23 tháng 11 năm 2009;

Căn cứ Pháp lệnh Phí và Lệ phí số 38/2001/PL-UBTVQH10 của Ủy ban thường vụ Quốc hội ngày 28/8/2001;

Căn cứ Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/4/2006 của Chính phủ quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập;

Căn cứ Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/05/2010 quy định về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ;

Căn cứ Nghị định số 118/2008/NĐ-CP ngày 27/11/2008 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tài chính;

Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với cơ sở y tế công lập như sau:

Điều 1. Phạm vi áp dụng

Thông tư này hướng dẫn về thuế GTGT và thuế TNDN áp dụng đối với các cơ sở y tế công lập được cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định thành lập có nghĩa vụ với ngân sách nhà nước theo quy định tại Điều 10 Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/4/2006 của Chính phủ.

Điều 2. Giải thích từ ngữ và những nguyên tắc chung:

Trong Thông tư này, các từ ngữ dưới đây được hiểu như sau:

1. Giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh: là số tiền phải trả cho mỗi dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh.

2. Khung giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh: là khung giá một phần viện phí do Liên Bộ Y tế - Tài chính - Lao động - Thương binh và Xã hội ban hành hoặc Khung giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh do Bộ Tài chính và Bộ Y tế ban hành theo quy định của Luật Khám bệnh, chữa bệnh.

Cơ sở y tế công lập phải hạch toán riêng khoản thu từ khám chữa bệnh theo Khung giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh nằm trong Danh mục chi tiết phí lệ phí ban hành kèm theo Nghị định 24/2006/NĐ-CP ngày 06/3/2006 của Chính phủ sửa đổi bổ sung một số điều của Nghị định số 57/2002/NĐ-CP ngày 3/6/2002 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Pháp lệnh Phí và lệ phí; khoản thu từ khám chữa bệnh khác và các khoản thu từ các hoạt động sản xuất, kinh doanh khác theo quy định của pháp luật ngoài hoạt động khám bệnh, chữa bệnh.

Điều 3. Thuế giá trị gia tăng:

1. Đối tượng chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT:

1.1. Đối tượng chịu thuế GTGT là hàng hóa, dịch vụ được quy định tại điểm 1, Mục I, Phần A, Thông tư 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính.

1.2. Đối tượng không chịu thuế GTGT là dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh và các hàng hóa, dịch vụ khác quy định tại Mục II, Phần A, Thông tư 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính.

Thuốc chữa bệnh quy định tại điểm 2.11 Mục II Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC thuộc diện áp dụng thuế suất thuế GTGT là 5%. Trường hợp, thuốc chữa bệnh là một phần thuộc gói dịch vụ chữa bệnh (theo quy định của Bộ Y tế) thì toàn bộ khoản thu từ hoạt động chữa bệnh bao gồm cả sử dụng thuốc thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Các dịch vụ trong lĩnh vực y tế dự phòng, kiểm nghiệm, kiểm định có thu phí, lệ phí theo quy định của Pháp lệnh phí, lệ phí thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

2. Căn cứ và phương pháp tính thuế:

2.1. Căn cứ tính thuế:

Căn cứ tính thuế GTGT là giá tính thuế và thuế suất thuế GTGT.

Giá tính thuế và thuế suất thuế GTGT thực hiện theo quy định tại Mục I, Mục II Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính.

2.2. Phương pháp tính thuế:

2.2.1. Trường hợp cơ sở y tế công lập thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định và đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế thì thuế GTGT phải nộp được xác định như sau:

Trong đó:

Số thuế giá trị gia tăng đầu ra bằng tổng số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng.

Thuế GTGT đầu vào bằng (=) tổng số thuế GTGT ghi trên hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT.

Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ được xác định theo quy định chi tiết 1.2c điểm 1 Mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính.

2.2.2. Trường hợp cơ sở y tế công lập có hoạt động kinh doanh, dịch vụ có đầy đủ hóa đơn của hàng hóa, dịch vụ bán ra theo chế độ quy định hoặc có đủ điều kiện xác định được đúng doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ như hợp đồng và chứng từ thanh toán nhưng không có đủ hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ đầu vào thì đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp trên GTGT, thuế GTGT được xác định bằng doanh thu nhân (x) với tỷ lệ (%) GTGT tính trên doanh thu nhân (x) Thuế suất thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ bán ra.

Cơ sở y tế công lập được áp dụng một phương pháp tính thuế: phương pháp khấu trừ thuế hoặc phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng. Để chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT từ phương pháp khấu trừ thuế sang phương pháp tính trực tiếp trên GTGT và ngược lại, cơ sở y tế công lập gửi văn bản đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp chấp thuận chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT. Trong thời hạn mười ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT của cơ sở y tế công lập, cơ quan thuế có trách nhiệm kiểm tra và trả lời văn bản về việc đồng ý hay không đồng ý đề nghị chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT của cơ sở y tế công lập. Thời gian tối thiểu đối với phương pháp tính thuế GTGT mà cơ sở y tế lựa chọn là 01 năm.

3. Kê khai thuế giá trị gia tăng:

3.1. Hồ sơ khai thuế:

Hồ sơ khai thuế tháng bao gồm các mẫu biểu ban hành kèm theo Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 của Bộ Tài chính:

3.1.1. Cơ sở y tế công lập đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, hồ sơ khai thuế gồm:

a) Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 01/GTGT.

b) Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ bán ra theo mẫu số 01-1/GTGT.

c) Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-2/GTGT.

3.1.2. Cơ sở y tế công lập đăng ký nộp thuế theo phương pháp trực tiếp hồ sơ khai thuế gồm:

a) Đối với phương pháp trực tiếp trên GTGT là tờ khai thuế GTGT mẫu số 03/GTGT.

b) Đối với phương pháp trực tiếp trên doanh thu là tờ khai thuế giá trị gia tăng mẫu số 04/GTGT.

3.2. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế:

Hàng tháng, cơ sở y tế công lập phải kê khai thuế GTGT, thời hạn chậm nhất là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế.

Điều 4. Thuế thu nhập doanh nghiệp:

1. Thu nhập được miễn thuế và thu nhập chịu thuế:

1.1. Thu nhập được miễn thuế:

Thu nhập từ khám bệnh chữa bệnh theo Khung giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh thuộc viện phí do Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành đối với cơ sở y tế công lập trực thuộc Bộ Y tế hoặc do Chủ tịch UBND tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương ban hành đối với cơ sở y tế công lập do địa phương quản lý; Thu nhập từ dịch vụ ăn uống dinh dưỡng lâm sàng theo chế độ bệnh tật: qua ống tiêu hóa, qua đường tĩnh mạch; Thu nhập từ dịch vụ trong lĩnh vực y tế dự phòng, kiểm nghiệm, kiểm định có thu phí, lệ phí theo quy định của Pháp lệnh phí, lệ phí; và các khoản thu nhập được miễn thuế TNDN theo quy định tại Mục VI Phần C Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính.

1.2. Thu nhập chịu thuế:

Thu nhập từ dịch vụ khám chữa bệnh (ngoài thu nhập quy định tại khoản 1.1 điều này) và các khoản thu nhập khác theo quy định.

2. Phương pháp tính thuế:

2.1. Trường hợp cơ sở y tế công lập hạch toán riêng được đầy đủ doanh thu, chi phí của hoạt động chịu thuế TNDN thì số thuế TNDN phải nộp trong kỳ tính thuế được xác định như sau:

Việc xác định thu nhập tính thuế và thuế suất thuế TNDN thưc hiện theo quy định tại Phần C Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính, Thông tư số 18/2011/TT-BTC ngày 10/2/2011 của Bộ Tài chính.

Riêng đối với các chi phí tiền lương, tiền công cho người lao động theo quy định của Luật Lao động từ hoạt động dịch vụ mà thu nhập của hoạt động này thuộc diện chịu thuế TNDN thì được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập tính thuế.

2.2. Trường hợp cơ sở y tế công lập hạch toán được doanh thu nhưng không hạch toán và xác định được chi phí, thu nhập của từng hoạt động chịu thuế TNDN thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ. Cụ thể như sau:

a) Đối với dịch vụ: 5%;

Bao gồm: dịch vụ thẩm mỹ, cho thuê địa điểm đặt máy ATM; đặt tổng đài liên lạc; bãi đỗ xe của các hãng taxi độc quyền; cho thuê mặt bằng trông giữ xe; cho thuê quầy bán hàng; cho thuê hội trường; nhà nghỉ cho người nhà bệnh nhân, thu từ hoạt động trông giữ xe, dịch vụ ăn uống (trừ ăn uống dinh dưỡng lâm sàng theo chế độ bệnh tật: qua ống tiêu hóa, qua đường tĩnh mạch); cho thuê sân tập thể thao, dịch vụ nhà ở cho học sinh, sinh viên trong khuôn viên của các cơ sở y tế công lập, cơ sở đào tạo cán bộ y, dược; dịch vụ giải trí; và các dịch vụ phục vụ khác.

b) Đối với kinh doanh hàng hóa: 1%

Bao gồm: bán hàng tiêu dùng, nhu yếu phẩm; bán sách báo tạp chí; bán y bạ; bán thuốc phòng bệnh, chữa bệnh và kinh doanh hàng hóa khác.

c) Đối với hoạt động khác: 2%

Bao gồm: các hoạt động dịch vụ đào tạo (trừ đào tạo nâng cao nghiệp vụ cho cán bộ trong ngành), khám bệnh chữa bệnh, chích ngừa, tiêm phòng, nghiên cứu sản xuất các bộ Kit sinh phẩm chẩn đoán, xét nghiệm bệnh phẩm, sản xuất chất chuẩn, phun tẩm hóa chất, diệt côn trùng, thu sản phẩm chăn nuôi động vật thí nghiệm, thử nghiệm hóa chất, khảo sát môi trường.

3. Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Điều kiện, nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với cơ sở y tế công lập thực hiện theo quy định tại Mục I Phần H Thông tư số 130/2008/TT-BTC và điểm a, b khoản 7 Điều 1 Thông tư số 18/2011/TT-BTC. Ngoài ra, các cơ sở y tế công lập phải đáp ứng thêm 2 điều kiện như sau:

a) Cơ sở y tế công lập thực hiện góp vốn, huy động vốn, liên doanh, liên kết theo quy định của pháp luật thành lập các cơ sở hạch toán độc lập hoặc doanh nghiệp hoạt động trong các lĩnh vực xã hội hóa theo quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền;

b) Có thu nhập từ hoạt động xã hội hóa thuộc danh mục loại hình và đáp ứng các tiêu chí quy mô, tiêu chuẩn ban hành kèm theo Quyết định số 1466/QĐ-TTg ngày 10/10/2008 của Thủ tướng Chính phủ và đăng ký với cơ quan thuế khi hoạt động.

3.1. Ưu đãi về thuế suất:

Cơ sở y tế công lập thực hiện góp vốn, huy động vốn, liên doanh, liên kết theo quy định của pháp luật thành lập các cơ sở hạch toán độc lập hoặc doanh nghiệp hoạt động trong các lĩnh vực xã hội hóa theo quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền; có thu nhập từ hoạt động xã hội hóa thuộc danh mục loại hình và đáp ứng các tiêu chí quy mô, tiêu chuẩn ban hành kèm theo Quyết định số 1466/QĐ-TTg ngày 10/10/2008 của Thủ tướng Chính phủ thì được áp dụng thuế suất thuế TNDN là 10% đối với thu nhập từ hoạt động xã hội hóa này. Trường hợp, trước ngày 1/1/2009 mà đang áp dụng mức thuế suất cao hơn mức 10% thì được chuyển sang áp dụng thuế suất 10% đối với phần thu nhập từ hoạt động này kể từ ngày 1/1/2009.

3.2. Ưu đãi về thời gian miễn thuế, giảm thuế:

Cơ sở y tế công lập thực hiện góp vốn, huy động vốn, liên doanh, liên kết theo quy định của pháp luật thành lập doanh nghiệp hoạt động trong các lĩnh vực xã hội hóa theo quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền; có thu nhập từ hoạt động xã hội hóa thuộc danh mục loại hình và đáp ứng các tiêu chí quy mô, tiêu chuẩn ban hành kèm theo Quyết định số 1466/QĐ-TTg ngày 10/10/2008 của Thủ tướng Chính phủ:

a) Nếu thực hiện tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn quy định tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ thì được miễn thuế 4 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo.

b) Nếu thực hiện tại địa bàn không thuộc Danh mục địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn quy định tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ thì được miễn thuế 4 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 5 năm tiếp theo.

Việc xác định cụ thể ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp được thực hiện theo hướng dẫn tại Phần H; Phần I Thông tư số 130/2008/TT-BTC, khoản 7 Điều 1 Thông tư số 18/2011/TT-BTC.

4. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp:

4.1. Hồ sơ khai thuế thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 của Bộ Tài chính:

a) Tờ khai thuế TNDN tạm tính mẫu số 01A/TNDN áp dụng cho trường hợp cơ sở y tế công lập hạch toán được doanh thu, chi phí, xác định được thu nhập thực tế phát sinh.

b) Tờ khai thuế TNDN tạm tính mẫu số 01B/TNDN áp dụng cho trường hợp cơ sở khám bệnh chữa bệnh khai theo tỷ lệ % trên doanh thu.

4.2. Hồ sơ khai quyết toán thuế TNDN gồm: Tờ khai quyết toán thuế TNDN mẫu số 03/TNDN và các phụ lục ban hành kèm theo Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 của Bộ Tài chính (nếu có).

Trường hợp cơ sở y tế công lập hạch toán được doanh thu nhưng không hạch toán và xác định được chi phí thì hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp là Tờ khai thuế TNDN tính theo tỷ lệ thu nhập trên doanh thu theo mẫu số 04/TNDN tờ khai thuế TNDN dùng cho đơn vị sự nghiệp.

4.3. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế:

Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế TNDN tạm tính quý chậm nhất là ngày thứ ba mươi của quý tiếp theo quý phát sinh nghĩa vụ thuế.

Thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN chậm nhất là ngày thứ 90 kể từ khi kết thúc năm tài chính.

Điều 5. Hóa đơn, chứng từ:

1. Đối với khoản thu từ khám bệnh chữa bệnh và các khoản thu từ lĩnh vực y tế dự phòng, kiểm nghiệm, kiểm định có thu phí, lệ phí theo quy định của Pháp lệnh phí, lệ phí thì cơ sở y tế công lập sử dụng biên lai thu phí do Bộ Tài chính in, phát hành (hoặc biên lai tự in theo quy định).

2. Đối với các khoản thu khác (ngoài khoản thu nêu tại khoản 1 Điều này) cơ sở y tế công lập sử dụng hóa đơn theo quy định tại Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 của Chính phủ và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Riêng đối với khoản thu từ dịch vụ khám bệnh chữa bệnh, cơ sở y tế công lập lựa chọn sử dụng biên lai hoặc hóa đơn phù hợp với đặc thù của cơ sở y tế công lập.

Trường hợp, bệnh nhân không yêu cầu lấy hóa đơn, cuối ngày cơ sở y tế công lập phải lập chung một hóa đơn cho tổng doanh thu bệnh nhân không lấy hóa đơn phát sinh trong ngày theo bảng kê. Hóa đơn ghi số tiền cung cấp dịch vụ trong ngày thể hiện trên dòng cộng của bảng kê, ký tên và giữ liên giao cho bệnh nhân tại cuống, các liên khác luân chuyển theo quy định. Tên bệnh nhân trong hóa đơn này được ghi là “bán lẻ không giao hóa đơn”.

Điều 6. Tổ chức thực hiện

1. Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 01/01/2012.

2. Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc, đề nghị các tổ chức, cá nhân phản ảnh kịp thời về Bộ Tài chính để nghiên cứu, hướng dẫn bổ sung.