Kính gửi: Công ty Cổ phần Vận tải đường sắt Sài Gòn
(địa chỉ: 136 Hàm Nghi, Phường Bến Nghé, thành phố Hồ Chí Minh)

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 12370/CT-KT3 ngày 16/12/2016, công văn số 5083/CT-KK&KTT ngày 24/11/2016 của Cục Thuế thành phố Đà Nẵng, công văn số 71972/CT-KTT3 ngày 21/11/2016 của Cục Thuế thành phố Hà Nội, công văn số 6503/CT-KTT1 ngày 21/11/2016 của Cục Thuế tỉnh Bình Thuận, công văn số 7303/CT-Ktra1 ngày 5/11/2016 báo cáo vướng mắc nêu tại công văn số 1591/VTSG-TCKT ngày 24/10/2016 và công văn số 1153/VTSG-TCKT ngày 29/9/2016 của Công ty cổ phần vận tải Đường sắt Sài Gòn về hướng dẫn chính sách thuế. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại Điều 11, Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ quy định:

“Điều 11. Khai thuế giá trị gia tăng

1. Trách nhiệm nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế

a) Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

b) Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cùng nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng chung cho cả đơn vị trực thuộc.

...

c) Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị trực thuộc; nếu đơn vị trực thuộc không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính của người nộp thuế.”

Theo trình bày của Công ty cổ phần vận tải Đường sắt Sài Gòn thì Công ty có thành lập các Chi nhánh trực thuộc hạch toán phụ thuộc Công ty tại các tỉnh, thành phố để kinh doanh hoạt động vận tải và hoạt động hỗ trợ vận tải đường sắt. Theo đó, đối với hoạt động vận tải: phần lớn doanh thu phát sinh tại Chi nhánh trong khi chi phí chủ yếu phát sinh tại Công ty, toàn bộ doanh thu và chi phí của hoạt động vận tải hạch toán tập trung tại Công ty. Đối với hoạt động hỗ trợ vận tải: doanh thu và chi phí chủ yếu phát sinh tại Chi nhánh.

Căn cứ quy định trên và để phù hợp với đặc thù của hoạt động vận tải đường sắt, hoạt động kinh doanh dịch vụ vận tải đường sắt, Tổng cục Thuế hướng dẫn Công ty thực hiện khai, nộp thuế GTGT như sau:

- Công ty Cổ phần vận tải đường sắt Sài Gòn thực hiện kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ đối với hoạt động kinh doanh vận tải tại trụ sở chính.

- Chi nhánh Công ty Cổ phần vận tải đường sắt Sài Gòn thực hiện kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ đối với hoạt động kinh doanh dịch vụ hỗ trợ vận tải tại cơ quan thuế địa phương.

Việc xác định số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ đối với hoạt động kinh doanh vận tải và dịch vụ hỗ trợ vận tải của Công ty như sau:

Trường hợp Công ty và các Chi nhánh trực thuộc tách riêng được chi phí mua hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động kinh doanh vận tải và hoạt động hỗ trợ vận tải thì thuế GTGT đầu vào được khai riêng theo từng hoạt động. Hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động kinh doanh vận tải được kê khai tập trung tại trụ sở chính Công ty (bao gồm cả hóa đơn do Chi nhánh mua hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động vận tải); Hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho dịch vụ hỗ trợ vận tải được kê khai, khấu trừ tại Chi nhánh (bao gồm cả hóa đơn do Công ty mua hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động hỗ trợ vận tải phát sinh tại Chi nhánh nếu có).

Trường hợp phát sinh chi phí mua hàng hóa dịch vụ sử dụng cho hai hoạt động vận tải và hỗ trợ vận tải không tách riêng được thì hàng tháng Chi nhánh lập Bảng phân bổ thuế GTGT đầu vào của Chi nhánh theo hai hoạt động căn cứ theo tỷ lệ chi phí của hai hoạt động kinh doanh (lấy theo tỷ lệ chi phí năm trước liền kề theo kết quả kinh doanh đã gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp). Căn cứ bảng phân bổ, Chi nhánh xác định số thuế GTGT đầu vào đối với hoạt động kinh doanh vận tải chuyển về Công ty để Công ty kê khai khấu trừ tại trụ sở chính và xác định thuế GTGT đầu vào đối với hoạt động kinh doanh dịch vụ hỗ trợ vận tải để Chi nhánh kê khai khấu trừ tại cơ quan thuế địa phương.

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty cổ phần vận tải Đường sắt Sài Gòn được biết và thực hiện./.