Trên cơ sở ý kiến thống nhất tại cuộc họp liên ngành giữa Bộ Y tế - Bộ Tài chính - Bảo hiểm xã hội Việt Nam ngày 23/8/2012 bàn về việc giải quyết vướng mắc trong thanh, quyết toán 638,9 tỷ đồng chi phí khám, chữa bệnh vượt trần tuyến 2 năm 2011 theo Công văn số 3081/BHXH-CSYT ngày 03/8/2011 của Bảo hiểm xã hội Việt Nam; Công văn số 13332/BTC-HCSN ngày 02/10/2012 của Bộ Tài chính; Công văn số 3620/BHXH-CSYT ngày 07/9/2012 của Bảo hiểm xã hội Việt Nam, Bộ Y tế hướng dẫn thanh, quyết toán chi phí khám, chữa bệnh bảo hiểm y tế vượt trần tuyến 2 năm 2011 như sau:

1. Việc thanh toán chi phí khám, chữa bệnh bảo hiểm y tế cho các cơ sở y tế từ tuyến tỉnh trở lên (tuyến 2) đối với trường hợp chuyển tuyến điều trị hiện nay đang được thực hiện “có trần” theo quy định tại Khoản 6 Điều 16 Thông tư liên tịch số 09/2009/TTLT-BYT-BTC ngày 14/8/2009 của Bộ Y tế - Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện bảo hiểm y tế. Theo đó, quỹ BHYT không thanh toán đối với các trường hợp vượt trần tuyến 2.

Tuy nhiên, thực tế năm 2010 - 2011, do có sự biến động chung về tỷ giá, bổ sung các dịch vụ kỹ thuật, bổ sung thuốc mới theo Thông tư số 31/2011/TT-BYT ngày 11/7/2011, vì vậy, theo quyết toán năm 2011 đã có 50 tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có số vượt trần tuyến 2 chưa thanh toán là 638,9 tỷ đồng. Để giảm bớt khó khăn cũng như bảo đảm kinh phí phục vụ hoạt động chuyên môn cho các cơ sở y tế; bảo đảm quyền lợi của người bệnh có thẻ bảo hiểm y tế, liên Bộ thống nhất cần xem xét những nguyên nhân khách quan dẫn đến vượt trần khám, chữa bệnh, tuyến 2 của các cơ sở y tế, bao gồm:

- Áp dụng công nghệ khoa học mới như triển khai dịch vụ kỹ thuật mới, thực hiện Chương trình 1816 hoặc thay đổi quy trình trong chẩn đoán, điều trị bệnh;

- Thay đổi cơ cấu bệnh tật, dịch bệnh mới phát sinh;

- Bổ sung thuốc mới theo Thông tư số 31/2011/TT-BYT ngày 11/7/1011;

- Biến động giá cả thị trường, thuốc, vật tư y tế.

2. Căn cứ Nghị quyết của Hội đồng quản lý Bảo hiểm xã hội Việt Nam tại phiên họp ngày 30/8/2012, Bộ Y tế đề nghị Bảo hiểm xã hội Việt Nam chỉ đạo Bảo hiểm xã hội các tỉnh, thành phố phối hợp với cơ sở khám chữa bệnh khẩn trương rà soát, xác định nguyên nhân khách quan dẫn đến vượt trần tuyến 2 và thanh toán dứt điểm cho các cơ sở khám chữa bệnh trong tháng 10/2012 để bảo đảm kinh phí phục vụ hoạt động chuyên môn của cơ sở y tế cũng như quyền lợi của người bệnh có thẻ bảo hiểm y tế.