Tổng cục Thuế nhận được công văn số 28247/CT-KT2 ngày 01/11/2012 của Cục Thuế thành phố Hà Nội kiến nghị hướng dẫn vướng mắc phát sinh trong quá trình kiểm tra trước hoàn thuế tại Công ty cổ phần kinh doanh khí hóa lỏng miền Bắc - PVgas MB (hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) của các dự án đầu tư), thời kỳ kiểm tra từ tháng 6/2007 đến tháng 7/2012.

Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại điểm 3.3 mục II Phần B Thông tư 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế quy định: "3.3. Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư mới phát sinh thuế đầu vào nhưng chưa phát sinh thuế đầu ra thì người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư".

Tại điểm 3 Phần C Thông tư số 129/2008/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật thuế GTGT quy định: "Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động (trừ các doanh nghiệp hạch toán toàn ngành) thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này."

Tại khoản 3(c) Điều 10 Thông tư số 28/2011/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế quy định: "… Trường hợp người nộp thuế có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương. Ban Quản lý dự án có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế phụ thuộc thì Ban quản lý dự án được lập hồ sơ khai thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế."

Khoản 3 Điều 18 Thông tư số 06/2012/TT-BTC hướng dẫn về thuế GTGT quy định:

"3. … Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này. Trường hợp có ban quản lý dự án thì ban quản lý dự án thực hiện đăng ký, kê khai lập hồ sơ hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế (trừ ban quản lý dự án cùng địa bàn tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính do doanh nghiệp trụ sở chính lập hồ sơ hoàn thuế GTGT). Khi dự án đầu tư thành lập doanh nghiệp mới đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp."

Liên quan đến vấn đề về kê khai, khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào phát sinh tại Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng (Ban Quản lý dự án) thuộc Công ty cổ phần kinh doanh khí hóa lỏng miền Bắc từ tháng 6/2007 đến 31/12/2008, Tổng cục Thuế đã có công văn số 3873/TCT-KK ngày 21/9/2009 hướng dẫn.

Căn cứ các quy định nêu trên, tiếp theo công văn số 3873/TCT-KK ngày 21/9/2009, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Về kê khai, khấu trừ, hoàn thuế GTGT:

- Giai đoạn từ 01/01/2009 đến tháng 7/2012: Trường hợp, số thuế GTGT đầu vào phát sinh tại Ban Quản lý dự án từ 01/01/2009 đến tháng 9/2009, Công ty cổ phần kinh doanh khí hóa lỏng miền Bắc (Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng) đã thực hiện khai thuế tại Cục Thuế thành phố Hải Phòng, Cục Thuế thành phố Hải Phòng đã có văn bản xác nhận số thuế đã kê khai, số thuế được hoàn của Ban QLDA chuyển Cục Thuế thành phố Hà Nội; từ tháng 10/2009 đến tháng 7/2012, PVgas MB (Ban QLDA) đã khai thuế tại Cục Thuế thành phố Hà Nội thì Cục Thuế thành phố Hà Nội căn cứ kết quả kiểm tra trước hoàn thuế để xem xét, giải quyết.

Công ty cổ phần kinh doanh khí hóa lỏng miền Bắc bị xử phạt đối với hành vi vi phạm quy định về thủ tục thuế.

Cục Thuế thành phố Hà Nội có trách nhiệm kiểm tra tính hợp pháp hồ sơ đề nghị hoàn thuế, số thuế đề nghị hoàn của Công ty cổ phần kinh doanh khí hóa lỏng miền Bắc để xem xét, giải quyết theo quy định.

- Đối với số thuế GTGT đầu vào phát sinh từ tháng 8/2012 của Công ty cổ phần kinh doanh khí hóa lỏng miền Bắc và Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng phải thực hiện kê khai thuế GTGT theo đúng quy định tại Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính.

2. Về hóa đơn đầu vào của Ban Quản lý dự án: Theo báo cáo của Cục Thuế thành phố Hà Nội tại công văn số 28247/CT-KT2 và tài liệu gửi kèm thì Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng được thành lập để quản lý các công trình xây dựng do Công ty cổ phần kinh doanh khí hóa lỏng miền Bắc là chủ đầu tư, Ban Quản lý dự án có mã số thuế, tài khoản và con dấu riêng để giao dịch. Do đó, nếu các hóa đơn GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho các Dự án do Ban QLDA thực hiện, mang tên và mã số thuế của Ban Quản lý dự án được kê khai trong thời gian 6 tháng là phù hợp với quy định.

Tổng cục Thuế hướng dẫn để Cục Thuế thành phố Hà Nội biết và hướng dẫn đơn vị thực hiện.