Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Bắc Giang

Trả lời công văn số 3792/CT-KTT1 ngày 14/9/2015, công văn số ngày 05/08/2015 của Cục Thuế tỉnh Bắc Giang về việc hoàn thuế GTGT khi chuyển đổi thành doanh nghiệp chế xuất của Công ty TNHH Khoa học kỹ thuật năng lượng mặt trời BOVIET, sau khi báo cáo và được sự đồng ý của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ quy định tại công văn số 17924/BTC-TCT ngày 22/12/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn: "Trường hợp doanh nghiệp đang hoạt động kinh doanh hoặc đang trong quá trình đầu tư chưa phát sinh doanh thu thực hiện chuyển đổi loại hình thành doanh nghiệp chế xuất có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết đối với tài sản, hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả tiền thuê đất) của giai đoạn trước khi chuyển đổi và tài sản, hàng hóa, dịch vụ đó tiếp tục được sử dụng phục vụ hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp chế xuất thì doanh nghiệp được hoàn lại số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết. "

Tại điểm d.2 Khoản 4 Điều 49 Thông tư số 128/2013/TT-BTC ngày 10/9/2013 quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu hướng dẫn:

“Điều 49. Thủ tục hải quan đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất

1. Nguyên tắc chung

…

4. Báo cáo nhập - xuất - tồn nguyên liệu, vật tư của DNCX

d) Việc xử lý đối với tài sản, hàng hoá có nguồn gốc nhập khẩu khi doanh nghiệp chuyển đổi loại hình từ DNCX thành doanh nghiệp bình thường và ngược lại thực hiện như sau:

d.1) Trường hợp chuyển đổi loại hình từ DNCX thành doanh nghiệp không hưởng chế độ chế xuất:

d.1.1) Thanh lý tài sản, hàng hoá có nguồn gốc nhập khẩu;

d.1.2) Xác định tài sản, hàng hoá có nguồn gốc nhập khẩu còn tồn kho;

d.1.3) Thực hiện việc thu thuế theo quy định;

d.1.4) Thời điểm thanh lý và xác định tài sản, hàng hoá có nguồn gốc nhập khẩu thực hiện trước khi doanh nghiệp chuyển đổi.

d.2) Trường hợp chuyển đổi loại hình từ doanh nghiệp không hưởng chế độ chế xuất sang doanh nghiệp chế xuất:

d.2.1) Doanh nghiệp báo cáo số lượng nguyên liệu, vật tư còn tồn kho; cơ quan hải quan kiểm tra nguyên liệu, vật tư còn tồn kho và xử lý thuế theo quy định;

d.2.2) Trước khi chuyển đổi, doanh nghiệp có trách nhiệm nộp đầy đủ các khoản nợ thuế, nợ phạt còn tồn đọng cho cơ quan hải quan. Cơ quan hải quan chỉ áp dụng chính sách thuế, hải quan đối với loại hình doanh nghiệp chế xuất sau khi doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ về thuế, hải quan với cơ quan hải quan.”

Tại Khoản 8 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn:

"8. Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.

Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế. "

Trường hợp theo báo cáo của Cục Thuế tỉnh Bắc Giang tại công văn số 3066/CT-KTT1 và tài liệu gửi kèm theo: Ngày 18/09/2014 Công ty TNHH Khoa học kỹ thuật năng lượng mặt trời BOVIET theo Giấy chứng nhận đầu tư thay đổi lần thứ 2 được phép chuyển đổi thành doanh nghiệp chế xuất thì Công ty TNHH Khoa học kỹ thuật năng lượng mặt trời BOVIET sẽ không phải khai, nộp thuế GTGT. Tuy nhiên, trong quá trình chốt số tồn nguyên liệu giữa Công ty với cơ quan Hải quan cần có thời gian hoàn thiện. Đến ngày 04/12/2014 Công ty TNHH KHKT năng lượng mặt trời BOVIET có văn bản gửi cơ quan Hải quan đề nghị chốt số tồn nguyên liệu để chuyển sang doanh nghiệp chế xuất. Ngày 5/12/2014 cơ quan Hải quan có Biên bản kiểm tra tình trạng nhập, xuất tồn nguyên vật liệu nhập khẩu của Công ty TNHH BOVIET. Theo quy định tại điểm d.2.2 Khoản 4 Điều 49 Thông tư số 128/2013/TT-BTC ngày 10/9/2013 quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu thì cơ quan hải quan chỉ áp dụng chính sách thuế, hải quan đối với loại hình doanh nghiệp chế xuất sau khi doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ về thuế, hải quan với cơ quan hải quan.

Công ty TNHH BOVIET được cơ quan hải quan cho áp dụng chính sách thuế, hải quan đối với loại hình doanh nghiệp chế xuất từ sau ngày 5/12/2014 (ngày cơ quan Hải quan có Biên bản kiểm tra tình trạng nhập, xuất tồn nguyên vật liệu nhập khẩu của Công ty TNHH BOVIET). Theo đó từ ngày 18/9/2014 đến 31/11/2014 Công ty TNHH BOVIET đã kê khai số thuế GTGT đầu vào theo các hóa đơn mua hàng hóa, chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu.

Căn cứ quy định nêu trên: Tổng cục Thuế nhất trí với ý kiến đề xuất của Cục Thuế tỉnh Bắc Giang tại công văn số 3792/CT-KTT1 ngày 14/9/2015 là Cục Thuế xem xét, hoàn lại số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết phát sinh từ ngày 18/09/2014 đến ngày 30/11/2014 mà Công ty TNHH Khoa học kỹ thuật năng lượng mặt trời BOVIET chưa hạch toán vào chi phí (ngày cơ quan Hải quan quản lý các KCN tỉnh Bắc Giang chốt số tồn nguyên liệu nhập khẩu theo Biên bản kiểm tra ngày 05/12/2014).

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế tỉnh Bắc Giang được biết./.