Kính gửi: Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 1950/CT-TTHT ngày 12/4/2013 của Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh về ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp khoa học công nghệ. Về vấn đề này, sau khi lấy ý kiến các đơn vị thuộc Bộ Tài chính và báo cáo Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11/12/2008, Nghị định số 122/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp quy định thuế suất ưu đãi và thời gian miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư thuộc lĩnh vực công nghệ cao, nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ.

- Tại khoản 7 Điều 1 Luật số 32/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế TNDN có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2014 quy định Điều 13 được sửa đổi, bổ sung như sau: “Thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi quy định tại Điều này được tính từ năm đầu tiên dự án đầu tư mới của doanh nghiệp có doanh thu; đối với doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao được tính từ ngày được cấp giấy chứng nhận là doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao; đối với dự án ứng dụng công nghệ cao được tính từ ngày được cấp giấy chứng nhận dự án ứng dụng công nghệ cao.”.

- Tại Khoản 2 Điều 1 Thông tư liên tịch số 17/2012/TTLT-BKHCN-BTC-BNV ngày 10/9/2012 sửa đổi, bổ sung Thông tư liên tịch số 06/2008/TTLT-BKHCN-BTC-BNV ngày 18/6/2008 hướng dẫn thực hiện Nghị định số 80/2007/NĐ-CP ngày 19/5/2007 của Chính phủ về doanh nghiệp khoa học và công nghệ quy định:

“5. Điều kiện để được chứng nhận là doanh nghiệp KH&CN

Doanh nghiệp được chứng nhận là doanh nghiệp KH&CN khi đáp ứng các điều kiện sau:

5.1. Đối tượng thành lập doanh nghiệp KH&CN hoàn thành việc ươm tạo và làm chủ công nghệ từ kết quả KH&CN được sở hữu, sử dụng hợp pháp hoặc sở hữu hợp pháp công nghệ để trực tiếp sản xuất thuộc các lĩnh vực: công nghệ thông tin - truyền thông, đặc biệt công nghệ phần mềm tin học; công nghệ sinh học, đặc biệt công nghệ sinh học phục vụ nông nghiệp, thủy sản và y tế; công nghệ tự động hóa; công nghệ vật liệu mới, đặc biệt công nghệ nano; công nghệ bảo vệ môi trường; công nghệ năng lượng mới; công nghệ vũ trụ và một số công nghệ khác do Bộ Khoa học và Công nghệ quy định.

5.2. Chuyển giao công nghệ hoặc trực tiếp sản xuất trên cơ sở công nghệ đã ươm tạo và làm chủ hay sở hữu hợp pháp công nghệ quy định tại điểm 5.1, khoản 5, mục I trên đây”.

- Tại Khoản 8 Điều 1 Thông tư liên tịch số 17/2012/TTLT-BKHCN-BTC-BNV ngày 10/9/2012 nêu trên quy định:

“8. Sửa đổi bổ sung khổ thứ nhất điểm 1.1, khoản 1, mục III như sau:

Doanh nghiệp KH&CN được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo hướng dẫn tại điểm 1.2, khoản 1, mục III Thông tư liên tịch này nếu đáp ứng điều kiện: Doanh nghiệp KH&CN có tỷ lệ doanh thu từ việc sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hàng hóa hình thành từ kết quả KH&CN trên tổng doanh thu của doanh nghiệp (sau đây viết tắt là tỷ lệ doanh thu) trong năm thứ nhất đạt từ 30% trở lên, năm thứ hai đạt từ 50% trở lên và từ năm thứ ba trở đi đạt từ 70% trở lên. Năm thứ nhất được hiểu là năm đầu tiên doanh nghiệp KH&CN có thu nhập chịu thuế”.

- Tại Khoản 9 Điều 1 Thông tư liên tịch số 17/2012/TTLT-BKHCN-BTC-BNV ngày 10/9/2012 nêu trên quy định:

“9. Sửa đổi, bổ sung điểm 1.2, khoản 1, mục III như sau:

1.2. Mức ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Doanh nghiệp KH&CN được hưởng chế độ ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp như doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư thuộc lĩnh vực công nghệ cao, nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, cụ thể như sau:

a) Doanh nghiệp KH&CN được áp dụng mức thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp là 10% trong thời gian 15 năm từ năm đầu tiên doanh nghiệp KH&CN có doanh thu từ hoạt động KH&CN;

b) Doanh nghiệp KH&CN được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời gian 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo kể từ năm đầu tiên doanh nghiệp KH&CN có thu nhập chịu thuế.

Trong thời gian được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp, năm nào doanh nghiệp KH&CN có đủ điều kiện về tỷ lệ doanh thu nêu trên thì được miễn hoặc giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, năm nào không đạt điều kiện về tỷ lệ doanh thu thì không được miễn, giảm thuế và phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất hiện hành”.

- Tại Khoản 2 Điều 2 Thông tư liên tịch số 17/2012/TTLT-BKHCN-BTC-BNV ngày 10/9/2012 nêu trên quy định:

“Doanh nghiệp KH&CN được cấp giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN sau ngày 01 tháng 01 năm 2009 thì được hưởng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10% trong thời gian 15 năm từ năm đầu tiên doanh nghiệp KH&CN có doanh thu từ hoạt động KH&CN và tiếp tục được hưởng thời gian miễn thuế, giảm thuế cho các năm còn lại theo quy định.

Trong thời gian được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp, năm nào doanh nghiệp KH&CN không đạt điều kiện về tỷ lệ doanh thu thì không được miễn thuế, giảm thuế và phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất hiện hành”.

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp nếu Công ty chưa được hưởng ưu đãi theo điều kiện doanh nghiệp KH&CN trước khi được cấp giấy chứng nhận doanh nghiệp KH&CN thì đề nghị Cục Thuế kiểm tra tình hình thực tế của Công ty và điều kiện đáp ứng tỷ lệ doanh thu từ việc sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hàng hóa hình thành từ kết quả KH&CN trên tổng doanh thu của Công ty qua các năm để áp dụng ưu đãi thuế TNDN theo quy định.

- Thời điểm bắt đầu được hưởng ưu đãi về thuế suất thuế TNDN là năm đầu tiên doanh nghiệp KH&CN có doanh thu từ hoạt động KH&CN (tính từ thời điểm Công ty được công nhận là doanh nghiệp KH&CN).

- Thời điểm hưởng ưu đãi về thời gian miễn giảm thuế được xác định kể từ năm đầu tiên doanh nghiệp KH&CN có thu nhập chịu thuế (tính từ thời điểm Công ty được công nhận là doanh nghiệp KH&CN).

Trường hợp Công ty đã hoặc đang được hưởng ưu đãi theo các điều kiện ưu đãi khác ngoài điều kiện ưu đãi về doanh nghiệp KH&CN (nếu có) thì thời gian ưu đãi thuế TNDN theo điều kiện doanh nghiệp KH&CN phải trừ đi thời gian đã hoặc đang được hưởng theo điều kiện ưu đãi khác (bao gồm cả thời gian áp dụng thuế suất và thời gian miễn, giảm thuế).

Nếu năm nào Công ty không đạt điều kiện về tỷ lệ doanh thu thì không được miễn, giảm thuế và phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất phổ thông hiện hành đồng thời vẫn tính vào số năm ưu đãi thuế TNDN.

Để được hưởng ưu đãi thuế TNDN, Công ty phải thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật và nộp thuế theo kê khai. Công ty phải hạch toán riêng phần thu nhập từ hoạt động được ưu đãi thuế TNDN và thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh khác không được ưu đãi thuế TNDN.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế biết./.