Tổng cục Thuế nhận được công văn số 51CV/KT-CT ngày 23/5/2014 của Công ty TNHH xây dựng Thành Phát về chính sách thuế GTGT đối với dự án tín dụng ngành giao thông vận tải để cải tạo mạng lưới đường quốc gia - giai đoạn 1. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại điểm 2.2.2 Mục III Thông tư số 41/2002/TT-BTC ngày 3/5/2002 của Bộ Tài chính về chính sách thuế đối với dự án ODA quy định:

“2.2.2. Chủ dự án ODA vay ưu đãi được Ngân sách Nhà nước cấp phát toàn bộ, hoặc chủ dự án ODA được Ngân sách Nhà nước cấp phát một phần và một phần cho vay lại, được phê duyệt trước ngày 29/5/2001 (là ngày Nghị định số 17/2001/NĐ-CP có hiệu lực thi hành) được hoàn lại số thuế GTGT đã trả khi mua hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT để thực hiện dự án ODA như hướng dẫn tại điểm 3, Mục IV, Thông tư này.

Trường hợp chủ dự án ODA giao thầu cho các nhà thầu chính (không phân biệt nhà thầu chính là đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ hay phương pháp trực tiếp) thực hiện xây lắp công trình, cung cấp hàng hóa, dịch vụ cho dự án ODA theo giá không có thuế GTGT thì nhà thầu chính không tính thuế GTGT đầu ra khi lập hóa đơn thanh toán với chủ dự án nhưng được hoàn lại số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng để xây dựng công trình hoặc sản xuất hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế GTGT, cung cấp theo hợp đồng ký với chủ dự án ODA như hướng dẫn tại điểm 3, Mục IV, Thông tư này”.

Tại điểm 2.1 công văn số 7711/TC-TCT ngày 13/7/2004 của Bộ Tài chính về tăng cường quản lý thuế và quản lý tài chính đối với dự án sử dụng vốn ODA hướng dẫn:

“2.1. Đối với dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại và dự án ODA vay ưu đãi được NSNN cấp phát, chủ dự án phải xác định đúng đối tượng được hoàn thuế GTGT và đối tượng nộp thuế GTGT trên cơ sở hợp đồng đã được phê duyệt, cụ thể: nếu hợp đồng đã ký và được phê duyệt bao gồm số thuế GTGT và chủ dự án không được cấp vốn để trả thuế GTGT thì chủ dự án thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT, nhà thầu chính nộp thuế GTGT theo quy định hiện hành; nếu hợp đồng đã ký và phê duyệt không bao gồm thuế GTGT thì chủ dự án không phải trả thuế GTGT và nhà thầu chính thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT”.

Dự án tín dụng ngành GTVT để cải tạo mạng lưới đường quốc gia - giai đoạn 1 (dự án) được phê duyệt tại Quyết định số 2223/QĐ-BGTVT ngày 22/7/2004 của Bộ Giao thông vận tải, do Ban Quản lý dự án Biển Đông là Chủ đầu tư. Tại điểm 6 Quyết định số 2223/QĐ-BGTVT nêu trên và điểm 5 Quyết định số 42/QĐ-BGTVT ngày 8/1/2007 của Bộ Giao thông vận tải phê duyệt điều chỉnh dự án thì nguồn vốn thực hiện dự án là vốn vay JBIC và vốn đối ứng NSNN. Vốn đối ứng NSNN được dùng cho công tác giải phóng mặt bằng, rà phá bom mìn, khảo sát thanh thải, quản lý dự án..., không quy định về việc dùng vốn đối ứng NSNN để trả thuế GTGT của dự án.

Tại công văn số 5657/BGTVT-QLXD ngày 13/9/2011, Bộ GTVT xác nhận tất cả Hợp đồng xây dựng các gói thầu thuộc dự án tín dụng ngành GTVT để cải tạo mạng lưới đường quốc gia - giai đoạn 1 sử dụng nguồn vốn vay ODA do Cục Đường bộ Việt Nam (nay là Tổng cục Đường bộ Việt Nam) làm chủ đầu tư và Ban Quản lý dự án 6 làm đại diện chủ đầu tư, không được bố trí vốn đối ứng từ NSNN để thanh toán cho các nhà thầu theo giá có thuế GTGT, giá thanh toán theo kết quả trúng thầu không có thuế GTGT.

Theo nội dung công văn số 12444/BTC-QLN ngày 3/9/2009 của Bộ Tài chính về danh sách các dự án ODA thì dự án Tín dụng chuyên ngành GTVT để nâng cấp mạng lưới quốc lộ là dự án ODA sử dụng nguồn vốn vay của Nhật Bản theo Hiệp định số VNXI-7 ký ngày 31/3/2004. Dự án được NSNN cấp phát 100% và do Bộ GTVT là cơ quan chủ quản, cơ quan thực hiện là Ban Quản lý dự án 6 (số thứ tự 65 tại Bảng kê đính kèm công văn số 12444/BTC-QLN nêu trên).

Theo nội dung Hợp đồng giao nhận thầu xây lắp gói thầu số 07/HĐKT-BBĐ ký ngày 6/5/2008 giữa Ban Quản lý dự án biển Đông và Liên danh Tổng công ty xây dựng và phát triển hạ tầng (Licogi) và công ty TNHH xây dựng Thành Phát thì hạng mục thi công là cầu Cốc Ly (số thứ tự 139 tại Phụ lục 1 kèm theo Quyết định số 2223/QĐ-BGTVT nêu trên).

Căn cứ các nội dung nêu trên, trường hợp Công ty TNHH xây dựng Thành Phát (liên danh với Tổng công ty xây dựng và phát triển hạ tầng Licogi) ký Hợp đồng giao nhận thầu xây lắp gói thầu số 07/HĐKT-BBĐ ngày 6/5/2008 thuộc Dự án tín dụng ngành giao thông vận tải để cải tạo mạng lưới đường Quốc gia - giai đoạn 1 với chủ đầu tư là Ban Quản lý dự án Biển Đông (nay là Ban Quản lý dự án 6) theo giá không có thuế GTGT (riêng chi phí lập BVTC đã bao gồm thuế GTGT) và dự án không được NSNN bố trí vốn đối ứng để trả thuế GTGT thì Công ty TNHH xây dựng Thành Phát không tính thuế GTGT đầu ra khi lập hóa đơn thanh toán với Ban Quản lý dự án Biển Đông nhưng được hoàn lại số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào thực hiện dự án thuộc đối tượng chịu thuế GTGT, cung cấp theo hợp đồng ký với Ban Quản lý dự án Biển Đông.

Đề nghị Công ty TNHH Thành Phát cung cấp hồ sơ, tài liệu liên quan và liên hệ với Cục Thuế địa phương để được hướng dẫn thực hiện chính sách thuế theo quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty TNHH Thành Phát biết./.