Kính gửi: Tập đoàn Công nghiệp Than - Khoáng sản Việt Nam.

Trả lời công văn số 6457/VINACOMIN-KT ngày 15/12/2011 của Tập đoàn Công nghiệp Than - Khoáng sản Việt Nam (Vinacomin) về việc hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) nộp thừa tại các Cục thuế địa phương, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại điểm 4 phần D Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/NĐ-CP ngày 11 tháng 12 năm 2008 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp quy định:

"Doanh nghiệp khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp tại nơi có trụ sở chính, số thuế thu nhập doanh nghiệp còn phải nộp được xác định bằng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp theo quyết toán trừ đi số đã tạm nộp tại nơi có trụ sở chính và tạm nộp tại nơi có các cơ sở sản xuất phụ thuộc. Số thuế thu nhập doanh nghiệp còn phải nộp hoặc hoàn khi quyết toán cũng được phân bổ theo đúng tỷ lệ tại nơi có trụ sở chính và tại nơi có các cơ sở sản xuất phụ thuộc".

Tại khoản 2 Điều 28 phần III Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 và Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010 của Chính phủ quy định:

"Trường hợp hoàn các khoản thuế (trừ thuế GTGT, thuế TNCN) mà người nộp thuế đăng ký thuế tại một địa phương nhưng nộp thuế tại nhiều địa phương khác thì người nộp thuế được kê khai quyết toán thuế và làm thủ tục hoàn thuế tại cơ quan thuế nơi đăng ký kê khai thuế.

…

Trường hợp hoàn các khoản thuế (trừ thuế GTGT, thuế TNCN) mà người nộp thuế đăng ký thuế tại một địa phương nhưng nộp thuế tại nhiều địa phương khác, người nộp thuế được kê khai quyết toán thuế và làm thủ tục hoàn thuế tại cơ quan thuế nơi đăng ký kê khai thuế thì cơ quan thuế lập Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN, trong đó tách riêng khoản phải hoàn trả của từng địa phương (mỗi địa phương phản ánh trên 1 dòng), gửi cho Kho bạc nhà nước đồng cấp trên địa bàn để thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế".

Căn cứ quy định trên, trường hợp năm 2009, năm 2010 Vinacomin có các đơn vị hạch toán phụ thuộc hoạt động tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với địa bàn nơi Vinacomin đóng trụ sở chính, Vinacomin đã thực hiện khai thuế TNDN tập trung tại trụ sở chính với Cục Thuế thành phố Hà Nội và tạm nộp thuế TNDN cho các địa phương nơi có đơn vị hạch toán phụ thuộc theo tỷ lệ chi phí của đơn vị hạch toán phụ thuộc với tổng chi phí của Vinacomin. Khi quyết toán thuế TNDN có phát sinh số thuế TNDN nộp thừa tại các địa phương nơi các đơn vị hạch toán phụ thuộc đóng trụ sở thì Vinacomin làm thủ tục hoàn thuế TNDN nộp thừa tại Cục Thuế thành phố Hà Nội. Khi lập lệnh hoàn trả số thu ngân sách nhà nước, số thuế TNDN được hoàn sẽ phân bổ cho các địa phương nơi các đơn vị phụ thuộc đóng trụ sở theo tỷ lệ chi phí của đơn vị sản xuất phụ thuộc với tổng chi phí của Vinacomin.

Đối với số thuế đã nộp tại tỉnh Lâm Đồng, nếu kiểm tra xác định Vinacomin nộp thừa và Cục Thuế tỉnh Lâm Đồng đã có Quyết định hoàn thuế số 2848/QĐ-CT ngày 07/12/2011 và Lệnh hoàn trả khoản thu vào ngân sách nhà nước ngày 07/12/2011 thì không điều chỉnh lại.

Tổng cục Thuế trả lời để Vinacomin được biết và liên hệ với Cục Thuế thành phố Hà Nội để được hướng dẫn cụ thể.