Trong thời gian vừa qua, Bộ Tài chính nhận được công văn số 905/UBND-KTTH ngày 23/6/2014 của Ủy ban nhân dân tỉnh Hậu Giang và công văn của một số Cục Thuế và doanh nghiệp vướng mắc về chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo địa bàn. Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

1. Về việc xác định ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN):

- Tại điểm 2.1 phần H Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính quy định về thuế thu nhập doanh nghiệp quy định:

“2. Nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

2.1. Trong thời gian đang ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nếu doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm mức thuế suất ưu đãi hoặc miễn, giảm thuế).

Trường hợp trong kỳ tính thuế doanh nghiệp không hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế và thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế thì phần thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế xác định bằng (=) tổng thu nhập chịu thuế của hoạt động sản xuất kinh doanh (không bao gồm thu nhập khác) nhân (x) với tỷ lệ phần trăm (%) của doanh thu hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế so với tổng doanh thu của doanh nghiệp trong kỳ tính thuế.”.

- Tại khoản 2 và khoản 4 Điều 18 Thông tư số 123/2012/TT-BTC ngày 27/7/2012 của Bộ Tài chính quy định về thuế thu nhập doanh nghiệp quy định:

“2. Nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

a) Trong thời gian đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nếu doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuê thu nhập doanh nghiệp (bao gồm mức thuế suất ưu đãi, mức miễn thuế, giảm thuế) và thu nhập từ hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế để kê khai nộp thuế riêng.

Trường hợp trong kỳ tính thuế, doanh nghiệp không hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế và thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế thì phần thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế xác định bằng (=) tổng thu nhập tính thuế (không bao gồm thu nhập khác) nhân (x) với tỷ lệ phần trăm (%) doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế so với tổng doanh thu hoặc tổng chi phí được trừ của doanh nghiệp trong kỳ tính thuế....

4. Trường hợp doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư tại địa bàn ưu đãi đầu tư được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo địa bàn ưu đãi đầu tư nếu có thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh tại địa bàn ưu đãi đầu tư và ngoài địa bàn ưu đãi đầu tư thì doanh nghiệp phải tính riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh tại địa bàn ưu đãi đầu tư để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp”.

Căn cứ quy định nêu trên:

Trường hợp doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư tại địa bàn ưu đãi đầu tư (địa bàn thành lập doanh nghiệp) nhưng có phát sinh hoạt động kinh doanh và thu nhập tại các địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khác nhau (địa bàn thành lập doanh nghiệp và ngoài địa bàn thành lập doanh nghiệp) thì phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động kinh doanh trên từng địa bàn được hưởng ưu đãi TNDN (bao gồm mức thuế suất ưu đãi và thời gian miễn, giảm thuế) và địa bàn không được hưởng ưu đãi thuế. Việc xác định ưu đãi thuế TNDN (nếu có) đối với thu nhập từ hoạt động kinh doanh ngoài địa bàn thành lập doanh nghiệp được xác định theo từng địa bàn căn cứ theo thời gian và mức ưu đãi thuế TNDN của doanh nghiệp tại địa bàn thành lập doanh nghiệp mà doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN.

Trường hợp trong kỳ tính thuế doanh nghiệp không hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế và thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế thì phần thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế xác định bằng (=) tổng thu nhập tính thuế (không bao gồm thu nhập khác) nhân (x) với tỷ lệ phần trăm (%) doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế so với tổng doanh thu hoặc tổng chi phí được trừ của doanh nghiệp trong kỳ tính thuế.

* Ví dụ 1:

Năm 2009, Công ty X là doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư tại địa bàn A (địa bàn có điều kiện KTXH đặc biệt khó khăn - địa bàn thành lập doanh nghiệp), Công ty hoạt động trong lĩnh vực xây dựng.

Theo quy định tại Nghị định 124/2008/NĐ-CP thì Công ty được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo mức thuế suất 10% trong 15 năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu; miễn thuế TNDN trong 4 năm và giảm 50% trong 9 năm tiếp theo kể từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế.

- Năm 2010, Công ty có hoạt động xây dựng tại địa bàn A và phát sinh doanh thu, thu nhập chịu thuế tại địa bàn A. Như vậy, Công ty được hưởng ưu đãi thuế TNDN năm 2010 đối với thu nhập tại địa bàn A như sau: thuế suất 10%, miễn thuế TNDN.

- Năm 2011, Công ty phát sinh hoạt động xây dựng và có thu nhập tại địa bàn B (địa bàn có điều kiện KTXH đặc biệt khó khăn), địa bàn C (địa bàn có điều kiện KTXH khó khăn), địa bàn D (không thuộc địa bàn ưu đãi đầu tư).

Việc xác định ưu đãi thuế TNDN năm 2011 đối với thu nhập từ hoạt động xây dựng tại địa bàn A (địa bàn thành lập doanh nghiệp) và các địa bàn khác (địa bàn B, C, D) như sau:

+ Đối với thu nhập tại địa bàn A (địa bàn có điều kiện KTXH đặc biệt khó khăn): thuế suất 10%, miễn thuế TNDN.

+ Đối với thu nhập tại địa bàn B (địa bàn có điều kiện KTXH đặc biệt khó khăn): áp dụng theo mức ưu đãi thuế TNDN và thời gian ưu đãi thuế còn lại của Công ty tại địa bàn A (do đều thuộc địa bàn có điều kiện KTXH đặc biệt khó khăn) như sau: thuế suất 10%, miễn thuế TNDN.

+ Đối với thu nhập tại địa bàn C (địa bàn có điều kiện KTXH khó khăn):

Theo quy định tại Nghị định 124/2008/NĐ-CP thì doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư tại địa bàn khó khăn thì được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo mức: thuế suất 20% trong 10 năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu; miễn thuế TNDN trong 2 năm và giảm 50% trong 4 năm tiếp theo kể từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế.

Theo đó, ưu đãi thuế TNDN năm 2011 đối với thu nhập tại địa bàn C căn cứ theo điều kiện địa bàn khó khăn để xác định mức ưu đãi và thời gian ưu đãi thuế TNDN, cụ thể như sau: thuế suất 20%, miễn thuế TNDN.

+ Đối với thu nhập tại địa bàn D (không thuộc địa bàn ưu đãi đầu tư): Công ty không được hưởng ưu đãi thuế TNDN do địa bàn D không thuộc địa bàn ưu đãi đầu tư.

- Năm 2014, Công ty tiếp tục phát sinh hoạt động xây dựng và có thu nhập tại địa bàn B (địa bàn có điều kiện KTXH đặc biệt khó khăn), địa bàn C (địa bàn có điều kiện KTXH khó khăn) thì xác định ưu đãi thuế TNDN năm 2014 đối với thu nhập tại địa bàn B và C như sau:

+ Đối với thu nhập tại địa bàn B (địa bàn có điều kiện KTXH đặc biệt khó khăn): áp dụng ưu đãi thuế TNDN căn cứ theo mức và thời gian ưu đãi thuế còn lại của Công ty tại địa bàn A (do đều thuộc địa bàn có điều kiện KTXH đặc biệt khó khăn) như sau: thuế suất 10%, được giảm 50% thuế TNDN (hết thời gian miễn thuế).

+ Đối với thu nhập tại địa bàn C (địa bàn có điều kiện KTXH khó khăn): áp dụng ưu đãi thuế TNDN căn cứ theo thời gian ưu đãi thuế TNDN còn lại tại địa bàn A và ưu đãi thuế TNDN tại địa bàn C như sau: thuế suất 20%, được giảm 50% thuế TNDN (hết thời gian miễn thuế).

* Ví dụ 2:

Năm 2009, Công ty Y là doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư tại địa bàn A (địa bàn có điều kiện KTXH khó khăn - địa bàn thành lập doanh nghiệp), Công ty hoạt động trong lĩnh vực thương mại.

Theo quy định tại Nghị định 124/2008/NĐ-CP thì Công ty được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo mức: thuế suất 20% trong 10 năm kể từ năm đầu tiên có doanh thu; miễn thuế TNDN trong 2 năm và giảm 50% trong 4 năm tiếp theo kể từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế.

- Năm 2010, Công ty có hoạt động thương mại tại địa bàn A và phát sinh doanh thu, thu nhập chịu thuế tại địa bàn A. Như vậy, Công ty được hưởng ưu đãi thuế TNDN năm 2010 đối với thu nhập tại địa bàn A như sau: thuế suất 20%, miễn thuế TNDN.

- Năm 2011, Công ty phát sinh hoạt động thương mại và có thu nhập tại địa bàn B (địa bàn có điều kiện KTXH đặc biệt khó khăn), địa bàn C (địa bàn có điều kiện KTXH khó khăn), địa bàn D (không thuộc địa bàn ưu đãi đầu tư).

Việc xác định ưu đãi thuế TNDN năm 2011 đối với thu nhập từ hoạt động thương mại tại địa bàn A (địa bàn thành lập doanh nghiệp) và các địa bàn khác (địa bàn B, C, D) như sau:

+ Đối với thu nhập tại địa bàn A (địa bàn có điều kiện KTXH khó khăn): thuế suất 20%, miễn thuế TNDN.

+ Đối với thu nhập tại địa bàn B (địa bàn có điều kiện KTXH đặc biệt khó khăn): áp dụng ưu đãi thuế TNDN căn cứ theo mức và thời gian ưu đãi thuế còn lại của Công ty tại địa bàn A như sau: thuế suất 20%, miễn thuế TNDN.

+ Đối với thu nhập tại địa bàn C (địa bàn có điều kiện KTXH khó khăn): áp dụng ưu đãi thuế TNDN căn cứ theo mức và thời gian ưu đãi thuế còn lại của DN tại địa bàn A (do cùng địa bàn có điều kiện KTXH khó khăn) như sau: thuế suất 20%, miễn thuế TNDN.

+ Đối với thu nhập tại địa bàn D (không thuộc địa bàn ưu đãi đầu tư): Công ty không được hưởng ưu đãi thuế TNDN do địa bàn D không thuộc địa bàn ưu đãi đầu tư.

- Năm 2014, Công ty tiếp tục phát sinh hoạt động thương mại và có thu nhập tại địa bàn B (địa bàn có điều kiện KTXH đặc biệt khó khăn), địa bàn C (địa bàn có điều kiện KTXH khó khăn) thì xác định ưu đãi thuế TNDN năm 2014 đối với thu nhập tại địa bàn B và C như sau:

+ Đối với thu nhập tại địa bàn B (địa bàn có điều kiện KTXH đặc biệt khó khăn) áp dụng ưu đãi thuế TNDN căn cứ theo mức và thời gian ưu đãi thuế còn lại của Công ty tại địa bàn A như sau: thuế suất 20%, giảm 50% thuế TNDN (hết thời gian miễn thuế).

+ Đối với thu nhập tại địa bàn C (địa bàn có điều kiện KTXH khó khăn): áp dụng ưu đãi thuế TNDN căn cứ theo mức và thời gian ưu đãi thuế còn lại của DN tại địa bàn A (do cùng địa bàn có điều kiện KTXH khó khăn) như sau: thuế suất 20%, giảm 50% thuế TNDN (hết thời gian miễn thuế).

* Ví dụ 3:

Năm 2009, Công ty Z là doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư tại địa bàn D (không thuộc địa bàn ưu đãi đầu tư). Công ty hoạt động trong lĩnh vực xây dựng.

Theo quy định tại Nghị định 124/2008/NĐ-CP thì Công ty Z là doanh nghiệp thành lập mới nhưng không đáp ứng điều kiện lĩnh vực, địa bàn ưu đãi đầu tư nên không được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo diện doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư tại địa bàn ưu đãi đầu tư.

- Năm 2010, Công ty phát sinh doanh thu, thu nhập chịu thuế tại địa bàn D thì Công ty thực hiện kê khai, nộp thuế TNDN theo mức thuế suất thuế TNDN phổ thông và không được hưởng ưu đãi thuế TNDN.

- Năm 2011, Công ty có phát sinh hoạt động xây dựng và thu nhập tại địa bàn B (địa bàn có điều kiện KTXH đặc biệt khó khăn), địa bàn C (địa bàn có điều kiện KTXH khó khăn) thì Công ty cũng không được hưởng ưu đãi thuế TNDN đối với thu nhập từ hoạt động xây dựng tại địa bàn B và địa bàn C theo diện doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư tại địa bàn ưu đãi đầu tư.

2. Về một số trường hợp đã kê khai ưu đãi thuế TNDN:

- Tại Khoản 1 Điều 34 Luật quản lý thuế quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế như sau:

“Điều 34. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế

1. Trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp có sai sót gây ảnh hưởng đến số thuế phải nộp thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế.”.

- Tại Điểm a Khoản 5 Điều 10 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính về quản lý thuế quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế như sau:

“5. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế

a) Sau khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

…

Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế; nếu cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh:

- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót nhưng không liên quan đến thời kỳ, phạm vi đã kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và phải nộp tiền chậm nộp theo quy định.

- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót liên quan đến thời kỳ đã kiểm tra, thanh tra nhưng không thuộc phạm vi đã kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và phải nộp tiền chậm nộp theo quy định.

- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót liên quan đến thời kỳ, phạm vi đã kiểm tra, thanh tra dẫn đến phát sinh tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế đã được hoàn, giảm số thuế được khấu trừ, giảm số thuế đã nộp thừa thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và bị xử lý theo quy định như đối với trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện.

…”.

Căn cứ quy định nêu trên:

- Trường hợp doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư tại địa bàn ưu đãi đầu tư (địa bàn thành lập doanh nghiệp) nhưng có phát sinh hoạt động kinh doanh và thu nhập ở nhiều địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khác nhau mà đã kê khai, nộp thuế TNDN chưa phù hợp với hướng dẫn nêu trên thì được kê khai điều chỉnh, bổ sung theo quy định tại Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành về quản lý thuế. Nếu việc kê khai điều chỉnh, bổ sung theo hướng dẫn nêu trên dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp thì doanh nghiệp phải nộp đủ số tiền thuế thiếu vào NSNN và không phải nộp tiền chậm nộp tiền thuế (nếu có).

- Trường hợp doanh nghiệp đã được cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra có nội dung liên quan đến vấn đề ưu đãi thuế TNDN nêu trên nhưng xử lý chưa phù hợp với hướng dẫn nêu trên thì sẽ điều chỉnh lại theo hướng dẫn nêu trên. Nếu sau khi điều chỉnh lại, doanh nghiệp có số tiền thuế đã nộp lớn hơn số tiền thuế phải nộp thì được bù trừ với số tiền thuế phải nộp của kỳ thuế tiếp theo. Nếu sau khi điều chỉnh lại dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp thì doanh nghiệp phải nộp đủ số tiền thuế thiếu vào NSNN và không phải nộp tiền chậm nộp tiền thuế (nếu có).

Đề nghị Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc TW căn cứ văn bản quy phạm pháp luật và hướng dẫn nêu trên để hướng dẫn cụ thể cho các doanh nghiệp áp dụng thực hiện theo đúng quy định.

Bộ Tài chính trả lời để Ủy ban nhân dân tỉnh Hậu Giang và Cục Thuế các tỉnh, thành phố biết và thực hiện. Trong quá trình triển khai thực hiện, nếu có khó khăn vướng mắc, đề nghị các đơn vị phản ánh về Bộ Tài chính để được giải quyết kịp thời./.