a) Phối hợp với Phòng Tổng hợp tham mưu giúp Kiểm toán trưởng xây dựng kế hoạch kiểm toán hàng năm, trung hạn và dài hạn của đơn vị; tổ chức thực hiện kế hoạch về kiểm toán hoạt động theo sự phân công của Kiểm toán trưởng;

b) Khảo sát, thu thập thông tin tài liệu cần thiết phục vụ cho công tác lập kế hoạch kiểm toán của cuộc kiểm toán hoạt động; phối hợp với Phòng Tổng hợp cập nhật và thiết lập cơ sở dữ liệu lập kế hoạch kiểm toán hoạt động;

c) Tổ chức kiểm tra, theo dõi tình hình thực hiện các kiến nghị kiểm toán hoạt động đối với các cuộc kiểm toán do đơn vị thực hiện theo sự phân công của Kiểm toán trưởng; đề xuất các giải pháp đảm bảo cho các kiến nghị kiểm toán hoạt động được thực thi có hiệu quả;

d) Phối hợp với Phòng Tổng hợp tham mưu giúp Kiểm toán trưởng nghiên cứu, xây dựng, góp ý các chuẩn mực, quy trình, sổ tay kiểm toán, mẫu biểu, hồ sơ về kiểm toán hoạt động;

đ) Phối hợp với Phòng Tổng hợp tham mưu giúp Kiểm toán trưởng tổ chức bồi dưỡng, tập huấn, trao đổi kinh nghiệm về chuyên môn nghiệp vụ kiểm toán hoạt động trong đơn vị;

e) Giữ bí mật tài liệu, số liệu kế toán và thông tin về hoạt động của đơn vị được kiểm toán theo quy định của pháp luật và của Tổng Kiểm toán nhà nước;

g) Thực hiện các nhiệm vụ khác khi được Kiểm toán trưởng giao hoặc ủy quyền.

Kiểm toán trưởng Kiểm toán nhà nước chuyên ngành II có trách nhiệm quy định chức năng, nhiệm vụ chi tiết của Phòng Kiểm toán hoạt động sau khi có ý kiến phê duyệt của Tổng Kiểm toán nhà nước.