QUYẾT ĐỊNH

VỀ VIỆC BAN HÀNH CHẾ ĐỘ KIỂM TRA HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG THUỘC DIỆN HOÀN THUẾ TRƯỚC, KIỂM TRA SAU

BỘ TRƯỞNG BỘ TÀI CHÍNH

Căn cứ Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 ngày 29/11/2006, Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 85/2007/NĐ-CP và các văn bản hướng dẫn thực hiện;

Căn cứ Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 ngày 03/6/2008 và các văn bản quy định, hướng dẫn thực hiện;

Căn cứ Nghị định số 118/2008/NĐ-CP ngày 27/11/2008 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tài chính;

Theo đề nghị của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế;

QUYẾT ĐỊNH

Điều 1. Ban hành kèm theo Quyết định này Chế độ kiểm tra hoàn thuế giá trị gia tăng thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau.

Điều 2. Quyết định này có hiệu lực thi hành sau 45 ngày kể từ ngày ký.

Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế, Tổng cục Hải quan; Cục trưởng Cục Thuế, Cục Hải quan các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và các đơn vị có liên quan chịu trách nhiệm thi hành Quyết định này./.

CHẾ ĐỘ

KIỂM TRA HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG THUỘC DIỆN HOÀN THUẾ TRƯỚC, KIỂM TRA SAU
(Ban hành kèm theo Quyết định số 2404 /QĐ-BTC ngày 27 tháng 9 năm 2012 của Bộ trưởng Bộ Tài chính)

Phần I

QUY ĐỊNH CHUNG

1. Quy định rõ trách nhiệm của cơ quan quản lý thuế trong quá trình kiểm tra hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) theo quy định của Luật Thuế GTGT và Luật Quản lý thuế.

2. Chế độ này áp dụng trong việc giải quyết hoàn thuế tại trụ sở cơ quan quản lý thuế và việc kiểm tra sau hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế đối với các trường hợp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT của người nộp thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau.

Phần II

KIỂM TRA HOÀN THUẾ

I. GIẢI QUYẾT HOÀN THUẾ TẠI TRỤ SỞ CƠ QUAN THUẾ

1. Cơ quan Thuế các cấp thực hiện giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau theo quy định của Luật Quản lý thuế, Luật Thuế GTGT, các Nghị định của Chính phủ, Thông tư hướng dẫn của Bộ Tài chính có liên quan và Quy trình hoàn thuế của Tổng cục Thuế.

2. Cơ quan Thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế có trách nhiệm đối chiếu số nợ tiền thuế, tiền phạt (bao gồm cả số nợ tiền thuế, tiền phạt thuộc phạm vi quản lý của cơ quan Hải quan) của người nộp thuế tại thời điểm hoàn thuế trên ứng dụng (có sử dụng chữ ký số) theo dõi thông tin nợ tiền thuế, tiền phạt liên kết với Tổng cục Hải quan và phải bù trừ số tiền thuế, tiền phạt còn nợ (nếu có) với số tiền thuế được hoàn khi ra quyết định hoàn thuế theo quy định.

Việc bù trừ số tiền thuế, tiền phạt còn nợ thuộc phạm vi quản lý của cơ quan Hải quan thực hiện như sau:

+ Giai đoạn trước mắt khi chưa có ứng dụng website có sử dụng chữ ký số để tra cứu số nợ tiền thuế, tiền phạt thuộc phạm vi quản lý của cơ quan Hải quan mà Tổng cục Hải quan đang quản lý thì cơ quan Thuế căn cứ số liệu nợ của người nộp thuế có liên quan trên trang điện tử www.customs.gov.vn của Tổng cục Hải quan làm căn cứ lập, gửi thông báo tạm dừng hoàn thuế đến người nộp thuế và thực hiện bù trừ các khoản hoàn trả với các khoản phải thu theo hướng dẫn tại Điểm 6.4.1 Mục I Phần B Thông tư số 128/2008/TT-BTC ngày 24/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thu và quản lý các khoản thu ngân sách nhà nước qua Kho bạc Nhà nước.

+ Giai đoạn tiếp theo khi Tổng cục Thuế và Tổng cục Hải quan thiết lập được ứng dụng website có sử dụng chữ ký số và thông tin nợ thuế được cập nhật nhanh hơn thì cơ quan Thuế tra cứu thông tin trên website để đảm bảo rút ngắn thời gian.

Việc bù trừ số tiền thuế được hoàn với số nợ tiền thuế, tiền phạt thuộc phạm vi quản lý của cơ quan Hải quan nêu trên cũng được áp dụng đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

3. Trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế, trường hợp cơ quan Thuế xác định có số thuế chưa đủ điều kiện hoàn, còn thiếu thông tin cần giải trình, bổ sung thì cơ quan Thuế phải có ngay văn bản đề nghị người nộp thuế giải trình, bổ sung theo quy định làm căn cứ xét hoàn thuế. Trường hợp hết thời hạn theo thông báo mà người nộp thuế không giải trình bổ sung theo yêu cầu hoặc đã giải trình (lần hai) nhưng không chứng minh được số thuế khai là đúng thì cơ quan Thuế chuyển ngay hồ sơ sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo quy định. Đối với số thuế đủ điều kiện được hoàn thì cơ quan Thuế giải quyết tạm hoàn số thuế đã đủ điều kiện hoàn, không chờ kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ mới thực hiện hoàn thuế.

II. KIỂM TRA SAU HOÀN THUẾ TẠI TRỤ SỞ NGƯỜI NỘP THUẾ

1. Cơ quan Thuế các cấp thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế đối với các hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn có liên quan (không bao gồm trường hợp hoàn thuế GTGT đối với người nộp thuế thuộc đối tượng ưu đãi miễn trừ ngoại giao).

Cục Thuế chỉ đạo việc kiểm tra sau hoàn thuế đối với từng Phòng, Chi cục Thuế. Số hồ sơ hoàn thuế trước, kiểm tra sau đã kiểm tra sau hoàn thuế có quy mô, có độ phức tạp, xử lý đúng quy định... được tổng hợp vào chỉ tiêu kiểm tra, thanh tra thuế chung của toàn Cục Thuế.

Việc thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế thực hiện theo quy định của Luật Quản lý thuế, Luật Thuế GTGT, các Nghị định của Chính phủ, Thông tư hướng dẫn của Bộ Tài chính có liên quan và Quy trình kiểm tra thuế, Quy trình hoàn thuế của Tổng cục Thuế.

Biên bản kiểm tra sau hoàn thuế thể hiện rõ: Văn bản giải quyết hoàn thuế; Thời kỳ được hoàn thuế (từ kỳ đến kỳ); Số tiền thuế đã hoàn; Trường hợp được hoàn, số tiền thuế đủ điều kiện hoàn, số tiền thuế không đủ điều kiện hoàn phát hiện qua kiểm tra sau hoàn đề nghị thu hồi hoàn (nếu có; số hoá đơn, chứng từ có liên quan đến thu hồi hoàn); Xác định rõ hành vi vi phạm pháp luật về thuế, kiến nghị xử lý vi phạm và số tiền phải nộp qua kiểm tra (nếu có).

2. Cơ quan Thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế trong thời hạn tối đa không quá một năm, kể từ ngày cơ quan Thuế ban hành quyết định giải quyết hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với các trường hợp:

a) Cơ sở kinh doanh kê khai lỗ luỹ kế từ hai năm liên tục trở lên hoặc có số lỗ vượt quá vốn điều lệ đăng ký tính đến thời điểm nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi cơ quan Thuế;

b) Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế từ hoạt động kinh doanh bất động sản; kinh doanh thương mại, dịch vụ;

c) Cơ sở kinh doanh thay đổi địa điểm kinh doanh trong vòng mười hai tháng tính từ thời điểm có Quyết định hoàn thuế trở về trước;

d) Cơ sở kinh doanh có sự thay đổi bất thường giữa doanh thu tính thuế và số thuế được hoàn trong giai đoạn 12 tháng.

Đối với các quyết định giải quyết hoàn thuế trước, kiểm tra sau còn lại, cơ quan Thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế theo nguyên tắc rủi ro (hồ sơ có quy mô, có độ phức tạp, số thuế đã giải quyết hoàn lớn... thì ưu tiên thực hiện trước) trong thời hạn tối đa không quá mười năm, kể từ ngày cơ quan Thuế ban hành quyết định hoàn thuế.

3. Trường hợp qua kiểm tra sau hoàn thuế, cơ quan Thuế phát hiện người nộp thuế có hành vi vi phạm pháp luật về thuế thì thực hiện xử phạt theo quy định tại Nghị định số 98/2007/NĐ-CP ngày 07/6/2007 của Chính phủ quy định về xử lý vi phạm pháp luật về thuế và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế và các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính.

4. Báo cáo kết quả kiểm tra sau hoàn thuế:

a) Định kỳ hàng tháng, năm, Cục Thuế và Chi cục Thuế thực hiện báo cáo kết quả kiểm tra sau hoàn thuế GTGT của tháng trước về cơ quan Thuế cấp trên theo nội dung, mẫu biểu và thời hạn báo cáo quy định tại Quy trình hoàn thuế của Tổng cục Thuế.

b) Tổng cục Thuế tổng hợp kết quả kiểm tra sau hoàn thuế của các Cục Thuế để báo cáo Bộ Tài chính.

Phần III

TỔ CHỨC THỰC HIỆN

1. Tổng cục Thuế có trách nhiệm chỉ đạo, hướng dẫn các Cục Thuế thực hiện đúng Chế độ này; theo dõi, kiểm tra giám sát công tác kiểm tra hoàn thuế theo pháp luật và đúng Chế độ.

Chỉ đạo Cục Thuế theo dõi, kiểm tra giám sát việc thực hiện hoàn thuế tại Cục Thuế, Chi cục Thuế theo pháp luật và đúng Chế độ. Định kỳ 06 tháng và hàng năm thực hiện báo cáo sơ kết, tổng kết tình hình kiểm tra hoàn thuế cùng với việc sơ kết, tổng kết công tác chung của đơn vị. Cục Thuế gửi báo cáo sơ kết, tổng kết kiểm tra hoàn thuế nêu trên về Tổng cục Thuế chậm nhất 05 (năm) ngày kể từ ngày sơ kết, tổng kết của đơn vị.

Tổng cục Thuế, Cục Thuế thực hiện kiểm tra việc thực hiện quy trình hoàn thuế đối với cơ quan Thuế cấp dưới theo chế độ quy định và kiểm tra đột xuất đối với cơ quan Thuế cấp dưới phát sinh số hoàn thuế lớn, tăng đột biến bất thường.

Tổng cục Thuế có trách nhiệm chủ trì, phối hợp với Tổng cục Hải quan xây dựng ứng dụng quản lý thuế để trao đổi thông tin, nhận dữ liệu về số nợ tiền thuế, tìên phạt thuộc phạm vi quản lý của cơ quan Hải quan để phục vụ cho cơ quan Thuế trong việc phối hợp thu nợ cho cơ quan Hải quan khi giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế.

2. Tổng cục Hải quan có trách nhiệm:

- Phối hợp với Tổng cục Thuế trong việc xây dựng ứng dụng và chuyển thông tin, cơ sở dữ liệu điện tử về nợ thuế, tiền phạt thuộc phạm vi quản lý của cơ quan Hải quan cho Tổng cục Thuế.

- Chỉ đạo Cục Hải quan, Chi cục Hải quan phối hợp và xác nhận số nợ tiền thuế, tiền phạt kịp thời theo đề nghị của cơ quan Thuế.

- Chủ trì, phối hợp với Tổng cục Thuế xây dựng ứng dụng quản lý thuế để trao đổi thông tin, nhận dữ liệu về số nợ tiền thuế, tìên phạt thuộc phạm vi quản lý của cơ quan Thuế để phục vụ cho cơ quan Hải quan trong việc phối hợp thu nợ cho cơ quan Thuế khi giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế;

- Chỉ đạo cơ quan Hải quan các cấp thực hiện thủ tục bù trừ nợ tiền thuế, tiền phạt thuộc phạm vi quản lý của cơ quan Thuế trước khi hoàn thuế xuất nhập khẩu thực hiện tương tự nội dung quy định tại Điểm 2 Mục I Phần Hai Chế độ này.

3. Thủ trưởng cơ quan Thuế, cơ quan Hải quan có trách nhiệm tổ chức, bố trí phân công cán bộ thực hiện theo đúng quy định của Chế độ này. Tổng cục Thuế phối hợp với Tổng cục Hải quan và các đơn vị có liên quan xây dựng cơ chế, quy trình phối hợp trao đổi thông tin về nợ tiền thuế, tiền phạt trong việc giải quyết hoàn thuế và bù trự nợ thuế, tiền phạt.

Trong quá trình thực hiện, nếu có vướng mắc đề nghị các Cục Thuế và các tổ chức, cá nhân có liên quan kịp thời phản ánh về Bộ Tài chính (Tổng cục Thuế) để được hướng dẫn giải quyết./.