1. Phòng Kiểm toán hoạt động có chức năng tham mưu, giúp Vụ trưởng quản lý hoạt động kiểm toán đối với lĩnh vực kiểm toán hoạt động, kiểm toán môi trường, kiểm toán công nghệ thông tin (sau đây gọi chung là lĩnh vực kiểm toán hoạt động); thực hiện kiểm toán hoạt động; phối hợp với Phòng Ngân sách trung ương chuẩn bị ý kiến của Kiểm toán nhà nước về dự toán ngân sách nhà nước, phương án phân bổ ngân sách trung ương và kiểm toán báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước.

2. Phòng Kiểm toán hoạt động có các nhiệm vụ sau:

a. Tham mưu giúp Vụ trưởng trong lĩnh vực kiểm toán hoạt động đối với: việc xác định mục tiêu, nội dung kiểm toán chủ yếu hàng năm; phối hợp với Phòng Kế hoạch - Tổng hợp tham mưu việc hướng dẫn, tổng hợp, lập kế hoạch kiểm toán năm, kế hoạch kiểm toán trung hạn; thẩm định, theo dõi, quản lý việc thực hiện kế hoạch kiểm toán năm, trung hạn của các đơn vị; căn cứ tiến độ thực hiện kế hoạch kiểm toán của các đơn vị, tham mưu giúp Vụ trưởng đề xuất phương án điều chỉnh việc thực hiện kế hoạch kiểm toán.

b. Tham mưu giúp Vụ trưởng thẩm định kế hoạch kiểm toán của từng cuộc kiểm toán thuộc lĩnh vực kiểm toán hoạt động trước khi Vụ trưởng trình Tổng Kiểm toán nhà nước ban hành quyết định kiểm toán.

c. Tham mưu giúp Vụ trưởng thẩm định báo cáo kiểm toán của các cuộc kiểm toán thuộc lĩnh vực kiểm toán hoạt động trước khi trình Tổng Kiểm toán nhà nước xét duyệt và ký công bố; báo cáo Vụ trưởng xem xét, đề nghị các đơn vị, cá nhân trong ngành cung cấp tài liệu cần thiết phục vụ cho công tác thẩm định báo cáo kiểm toán của các cuộc kiểm toán thuộc lĩnh vực kiểm toán hoạt động; đề xuất Vụ trưởng xem xét, đề nghị Tổng Kiểm toán nhà nước trưng cầu giám định chuyên môn đối với các báo cáo kiểm toán thuộc lĩnh vực kiểm toán hoạt động trong trường hợp cần thiết; thẩm định hồ sơ đính chính báo cáo kiểm toán thuộc lĩnh vực kiểm toán hoạt động do các đơn vị gửi đến, trình Tổng Kiểm toán nhà nước quyết định.

d. Tham mưu giúp Vụ trưởng trình Tổng Kiểm toán nhà nước việc thành lập Hội đồng kiểm toán để thực hiện nhiệm vụ theo quy định tại Luật Kiểm toán nhà nước đối với lĩnh vực kiểm toán hoạt động.

e. Tham mưu giúp Vụ trưởng tổng hợp kết quả kiểm toán, lập báo cáo kiểm toán năm đối với lĩnh vực kiểm toán hoạt động.

g. Phối hợp với Phòng Phòng, chống tham nhũng tham mưu cho Vụ trưởng trình Tổng Kiểm toán nhà nước xem xét, quyết định việc chuyển hồ sơ cho cơ quan điều tra và các cơ quan khác của Nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, xử lý những vụ việc, hành vi có dấu hiệu vi phạm pháp luật được phát hiện thông qua hoạt động kiểm toán trong lĩnh vực kiểm toán hoạt động.

h. Tham mưu giúp Vụ trưởng tham gia xây dựng và đề xuất ý kiến sửa đổi, bổ sung quy trình, chuẩn mực và phương pháp chuyên môn, nghiệp vụ kiểm toán đối với lĩnh vực kiểm toán hoạt động.

i. Phối hợp với Phòng Ngân sách trung ương thực hiện kiểm toán báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước; chuẩn bị ý kiến của Kiểm toán nhà nước về dự toán ngân sách nhà nước, phương án phân bổ ngân sách trung ương và báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước; tham gia với các cơ quan chuyên môn thuộc Uỷ ban Tài chính - Ngân sách và các cơ quan khác của Quốc hội, Bộ Tài chính trong việc xem xét, thẩm tra, giám sát các báo cáo về dự toán ngân sách nhà nước, phương án phân bổ ngân sách trung ương, báo cáo quyết toán ngân sách nhà nước.

k. Tham mưu giúp Vụ trưởng chuẩn bị ý kiến của Kiểm toán nhà nước theo chủ đề, nội dung yêu cầu của Quốc hội, Ủy ban Thường vụ Quốc hội, các cơ quan của Quốc hội thuộc lĩnh vực kiểm toán hoạt động.

l. Tham mưu giúp Vụ trưởng quản lý việc phát hành báo cáo kiểm toán và tham mưu việc tổ chức công bố công khai báo cáo kiểm toán thuộc lĩnh vực kiểm toán hoạt động theo quy định tại Luật Kiểm toán nhà nước.

m. Tham mưu giúp Vụ trưởng trong việc gửi báo cáo kiểm toán và cung cấp kết quả kiểm toán thuộc lĩnh vực kiểm toán hoạt động cho các cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo quy định tại Luật Kiểm toán nhà nước.

n. Tham mưu giúp Vụ trưởng trong việc trả lời khiếu nại của đơn vị được kiểm toán về những nội dung kết luận, kiến nghị trong các báo cáo kiểm toán thuộc lĩnh vực kiểm toán hoạt động.

o. Tham mưu giúp Vụ trưởng nhận xét, đánh giá kết quả hoạt động kiểm toán của các đơn vị trong ngành thuộc lĩnh vực kiểm toán hoạt động theo chức năng, nhiệm vụ của Vụ.

p. Tham mưu giúp Vụ trưởng tổ chức khảo sát thu thập thông tin, xây dựng kế hoạch kiểm toán; tổ chức thực hiện kiểm toán; lập báo cáo kiểm toán; kiểm soát chất lượng kiểm toán; kiểm tra, theo dõi các kiến nghị kiểm toán đối với các cuộc kiểm toán hoạt động được Tổng Kiểm toán nhà nước giao.

q. Phối hợp với các phòng khác thuộc Vụ khi thực hiện nhiệm vụ chung của Vụ và các nhiệm vụ khác có liên quan đến chức năng của Phòng.

r. Thực hiện các nhiệm vụ khác khi được Vụ trưởng giao hoặc ủy quyền.