1. Chương trình xoá đói giảm nghèo (bao gồm cả công tác định canh, định cư và hỗ trợ đồng bào dân tộc đặc biệt khó khăn) do Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội quản lý, trong đó:

- Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn là thành viên Ban chủ nhiệm Chương trình, phục trách công tác định canh, định cư;

- Uỷ ban Dân tộc và Miền núi là thành viên Ban chủ nhiệm Chương trình, phụ trách công tác hỗ trợ đồng bào dân tộc đặc biệt khó khăn.

2. Chương trình Dân số - Kế hoạch hoá gia đình do Uỷ ban Quốc gia Dân số và Kế hoạch hoá gia đình quản lý.

3. Chương trình thanh toán một số bệnh xã hội và bệnh dịch nguy hiểm do Bộ Y tế quản lý.

4. Chương trình phòng, chống HIV/AIDS do Uỷ ban Quốc gia về phòng, chống HIV/AIDS quản lý.

5. Chương trình Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý.

6. Chương trình Xây dựng lực lượng vận động viên tài năng quốc gia và xây dựng các Trung tâm thể thao trọng điểm do Uỷ ban Thể dục - Thể thao quản lý.

7. Chương trình Giải quyết việc làm do Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội quản lý.

1. Việc xây dựng, thẩm định và phê duyệt các Chương trình mục tiêu quốc gia, cơ chế kế hoạch và cấp phát kinh phí cho các Chương trình mục tiêu quốc gia thực hiện theo Quyết định 531/TTg ngày 08 tháng 8 năm 1996 của Thủ tướng Chính phủ và Thông tư Liên bộ số 06-TT/LB-KH-TC ngày 29 tháng 4 năm 1997 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư và Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Quyết định này.

2. Phân cấp điều hành giữa Trung ương và địa phương trong việc quản lý các Chương trình mục tiêu quốc gia.

a. Cơ quan quản lý Chương trình mục tiêu quốc gia và các cơ quan giúp Thủ tướng Chính phủ điều hành thực hiện Chương trình chịu trách nhiệm về:

- Các mục tiêu, nhiệm vụ của Chương trình mục tiêu quốc gia; trong đó, nội dung chỉ tiêu giao kế hoạch hàng năm đo Bộ Kế hoạch và Đầu tư thống nhất với cơ quan quản lý Chương trình mục tiêu quốc gia.

- Hình thành và tổng hợp các dự án chung của Chương trình mục tiêu quốc gia.

- Tổng kinh phí của Chương trình mục tiêu quốc gia, bao gồm: kinh phí xây dựng cơ bản, kinh phí sự nghiệp (trong đó có kinh phí quản lý)...

- Điều hành thống nhất các hoạt động của Chương trình mục tiêu quốc gia.

b. Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm quản lý thống nhất nguồn lực, điều hành để tổ chức thực hiện các nhiệm vụ của Chương trình mục tiêu quốc gia tại địa phương, bao gồm các nội dung:

- Căn cứ vào hướng dẫn của cơ quan quản lý Chương trình mục tiêu quốc gia, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính, thông qua Sở Kế hoạch và Đầu tư làm đầu mối có sự phối hợp của các Sở chức năng tiến hành xây dựng kế hoạch thực hiện các mục tiêu, nhiệm vụ và đề xuất nguồn lực cân đối cho các Chương trình mục tiêu quốc gia thực hiện trên địa bàn, gửi về cơ quan quản lý chương trình, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính để tổng hợp chung vào kế hoạch của Chương trình mục tiêu quốc gia.

- Chủ trì, phối hợp với cơ quan quản lý Chương trình mục tiêu quốc gia tổ chức phê duyệt các dự án của các Chương trình mục tiêu quốc gia thực hiện trên địa bàn được giao.

- Giao các chỉ tiêu kế hoạch về nhiệm vụ và kinh phí của các Chương trình mục tiêu quốc gia thuộc quyền quản lý trên địa bàn cho các chủ dự án để thực hiện (các cơ quan quản lý Chương trình không giao kế hoạch cho các cơ quan ngành dọc ở địa phương mà chỉ làm nhiệm vụ hướng dẫn việc thực hiện các mục tiêu, nhiệm vụ và nguồn lực của các Chương trình đã được Chính phủ giao).

- Trong quá trình thực hiện Chương trình mục tiêu quốc gia, trên cơ sở tổng kinh phí và cơ cấu kinh phí của từng Chương trình đã được giao, có quyền đề nghị cơ quan quản lý Chương trình điều chỉnh kinh phí giữa các hoạt động trong từng Chương trình trên nguyên tắc giữ nguyên tổng kinh phí và mục tiêu của chương trình. Nếu quá 20 ngày mà không có trả lời của cơ quan quản lý Chương trình thì coi như đã được đồng ý (trừ việc tăng kinh phí cho công tác quản lý).

- Tổ chức lồng ghép các hoạt động có liên quan và phối hợp với nguồn lực của các Chương trình mục tiêu quốc gia với các mục tiêu nhiệm vụ của các Chương trình thuộc quyền quản lý trên địa bàn ngay từ khâu kế hoạch để tránh sự chồng chéo, giảm bớt đầu mối tiếp xúc của các đơn vị thực hiện và tập trung nguồn lực cho các đối tượng cần ưu tiên và các vùng trọng điểm.

- Ngoài nguồn kinh phí Trung ương đã giao, được quyền huy động theo luật định các nguồn lực của địa phương để bổ sung cho việc thực hiện Chương trình và phải thực hiện thanh quyết toán theo quy định tài chính hiện hành.

- Tổ chức kiểm tra, kiểm soát các hoạt động của các Chương trình mục tiêu quốc gia trên địa bàn. Có quyền tạm đình chỉ các hoạt động nếu thấy có sai phạm hoặc không hiệu quả, đồng thời báo cáo về cơ quan quản lý Chương trình, Bộ Kế hoạch và Đầu tư và Bộ tài chính để xử lý.

- Báo cáo với cơ quan quản lý Chương trình mục tiêu quốc gia, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính về tình hình và kết quả thực hiện các Chương trình mục tiêu quốc gia thuộc quyền quản lý trên địa bàn theo nội dung, biểu mẫu và thời gian quy định thống nhất của Thông tư Liên bộ số 06-TT/LB KH-TC ngày 29 tháng 4 năm 1997 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư và Bộ Tài chính.

- Căn cứ tình hình thực tế về quy mô, số lượng dự án của từng địa phương, có thể ra quyết định thành lập Ban chỉ đạo các Chương trình mục tiêu quốc gia của các quận, huyện để giúp Chủ tịch Uỷ ban nhân dân quận, huyện trong công tác xây dựng kế hoạch, quản lý, điều hành và tổ chức thực hiện các Chương trình mục tiêu quốc gia trên địa bàn quận, huyện.