1- Xây dựng chương trình, kế hoạch kiểm toán hàng năm trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt và tổ chức thực hiện chương trình, kế hoạch đó. Định kỳ báo cáo thực hiện chương trình, kế hoạch kiểm toán lên Thủ tướng Chính phủ.

2- Cung cấp kết quả kiểm toán cho Chính phủ và cho các cơ quan Nhà nước khác theo quy định của Chính phủ.

3- Xác nhận, đánh giá và nhận định các tài liệu, số liệu kế toán, báo cáo quyết toán đã được kiểm toán và chịu trách nhiệm trước pháp luật về những nội dung đã đánh giá, nhận xét, xác nhận.

4- Thông qua hoạt động kiểm toán góp ý kiến với các đơn vị được kiểm toán sửa chữa những sai sót, vi phạm để chấn chỉnh công tác quản lý tài chính, kế toán của đơn vị; kiến nghị với cấp có thẩm quyền xử lý những vi phạm chế độ kế toán, tài chính của Nhà nước; đề xuất với Thủ tướng Chính phủ việc sửa đổi, cải tiến cơ chế quản lý tài chính, kế toán cần thiết.

5- Khi thực hiện nhiệm vụ, Kiểm toán Nhà nước chỉ tuân theo pháp luật và phương pháp chuyên môn, nghiệp vụ đã được Nhà nước quy định; được yêu cầu đơn vị được kiểm toán và các đơn vị có liên quan cung cấp thông tin, tài liệu cần thiết để thực hiện nhiệm vụ kiểm toán.

Trong trường hợp đoàn Kiểm toán hoặc Kiểm toán viên có ý kiến khác nhau thì Kiểm toán Nhà nước xem xét và có ý kiến kết luận cuối cùng.

6- Quản lý các hồ sơ, tài liệu đã được kiểm toán theo quy định của Nhà nước; giữ bí mất tài liệu, số liệu kế toán và sự hoạt động của đơn vị được kiểm toán.

7- Quản lý tổ chức bộ máy, cán bộ, cơ sở vật chất của hệ thống tổ chức Kiểm toán Nhà nước theo quy định của Chính phủ.

1- Kiểm toán ngân sách Nhà nước,

2- Kiểm toán đầu tư xây dựng cơ bản và các chương trình, dự án vay, nợ, viện trợ Chính phủ,

3- Kiểm toán doanh nghiệp Nhà nước,

4- Kiểm toán chương trình đặc biệt (an ninh, quốc phòng, dự trữ quốc gia...),

5- Văn phòng.

Các đơn vị từ số 1 đến số 4 có Kiểm toán trưởng, Phó Kiểm toán trưởng; Văn phòng có Chánh và Phó Văn phòng. Tổng Kiểm toán Nhà nước quyết định bổ nhiệm, miễn nhiệm các chức danh nói trên.

Chức năng, nhiệm vụ cụ thể của các tổ chức nói trên do Tổng Kiểm toán Nhà nước quy định.