1- Xây dựng trình Chính phủ chiến lược, quy hoạch, kế hoạch tổng thể và khu vực về phát triển nguồn nước; về xây dựng quản lý, khai thác, bảo vệ công trình thuỷ lợi và phòng chống lụt bão, bảo vệ đê điều theo yêu cầu phát triển kinh tế, xã hội và chỉ đạo, kiểm tra thực hiện;

2- Xây dựng trình Chính phủ ban hành, hoặc ban hành theo thẩm quyền các văn bản pháp quy, các chính sách, chế độ, quy trình, quy phạm, tiêu chuẩn, định mức kinh tế, kỹ thuật về quản lý, khai thác, sử dụng và bảo vệ các nguồn nước, các công trình thuỷ lợi và phòng, chống lụt bão, bảo vệ đê điều;

3- Trình Chính phủ xét duyệt hoặc xét duyệt theo thẩm quyền luận chứng kinh tế - kỹ thuật các dự án đầu tư xây dựng công trình thuỷ lợi, đồ án thiết kế, thi công và nghiệm thu các công trình thuỷ lợi theo quy định hiện hành của Chính phủ về quản lý xây dựng cơ bản;

4- Tổ chức việc cấp hoặc thu hồi các loại giấy phép xây dựng, khai thác, sử dụng nước có liên quan đến nguồn nước, môi trường nước và an toàn công trình thuỷ lợi;

5- Thực hiện nhiệm vụ thường trực của Ban Chỉ đạo phòng, chống lụt bão Trung ương và trực tiếp chỉ đạo, điều hành công tác phòng, chống lụt bão trong cả nước;

6- Chỉ đạo việc vận hành điều tiết các công trình thuỷ lợi lớn, sử dụng tổng hợp, công trình liên tỉnh;

7- Thực hiện nhiệm vụ Thường trực Uỷ ban Quốc gia Mê Công của Việt Nam và chỉ đạo thực hiện các chương trình, dự án liên quan đến việc quản lý, khai thác sông Mê Công;

8- Kiểm tra, thanh tra việc thực hiện luật pháp, chính sách, chế độ về quản lý, khai thác, bảo vệ nguồn nước, công trình thuỷ lợi và công tác phòng, chống lụt bão, bảo vệ đê điều trong cả nước.

1- Vụ Kế hoạch.

2- Vụ Khoa học - kỹ thuật.

3- Vụ Tài chính - Kế toán và Thống kê.

4- Vụ Tổ chức - Cán bộ.

5- Thanh tra.

6- Vụ Hợp tác Quốc tế.

7- Vụ Quản lý xây dựng công trình thuỷ lợi.

8- Văn phòng Bộ.

9- Cục Quản lý nước và khai thác công trình thuỷ lợi.

10- Cục Phòng, chống lụt bão và quản lý đê điều.

b) Các tổ chức sự nghiệp:

1- Viện Quy hoạch thuỷ lợi.

2- Viện Nghiên cứu khoa học và kinh tế thuỷ lợi.

3- Viện Nghiên cứu khoa học thuỷ lợi Nam Bộ.

4- Trường Đại học Thuỷ lợi.

5- Trường Bồi dưỡng cán bộ quản lý.

6- Trung tâm Thông tin thuỷ lợi (kể cả tạp chí Thuỷ lợi).

Các đơn vị sự nghiệp khác do Bộ trưởng Bộ Thuỷ lợi cùng Bộ trưởng, Trưởng ban Ban Tổ chức - Cán bộ Chính phủ và các Bộ có liên quan nghiên cứu, sắp xếp và quyết định.

Bộ trưởng Bộ Thuỷ lợi căn cứ Nghị định này quy định cụ thể nhiệm vụ, quyền hạn của các tổ chức trực thuộc Bộ nói trên.