Một số doanh nghiệp đề nghị Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể về việc xóa bỏ ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo cam kết WTO do doanh nghiệp đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu, về sử dụng nguyên liệu trong nước, nhưng doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện ưu đãi đầu tư khác cần tiếp tục được hưởng các ưu đãi này (ngoài các ưu đãi về tỷ lệ xuất khẩu và về sử dụng nguyên liệu trong nước). Căn cứ ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại công văn số 8951/VPCP-KTTH ngày 31/12/2008 của Văn phòng Chính phủ về ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp khi thực hiện cam kết với WTO. Sau khi trao đổi và có ý kiến của Bộ Kế hoạch Đầu tư (văn bản số 8365/BKH-TCTT ngày 14/11/2008); Bộ Công Thương (văn bản số 10838/BCT-TC ngày 12/11/2008), Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể một số nội dung về ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, như sau:

1. Đối với các doanh nghiệp bị chấm dứt ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện về sử dụng nguyên liệu trong nước, ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu của hoạt động dệt, may:

Căn cứ theo quy định tại Khoản 2 Điều 46 Nghị định số 24/2007/NĐ-CP ngày 14/2/2007 của Chính phủ; điểm 9 Phần H Thông tư số 134/2007/TT-BTC ngày 23/11/2007 của Bộ Tài chính thì:

Doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực dệt may, doanh nghiệp được hưởng ưu đãi do sử dụng nguyên liệu trong nước nếu đáp ứng các điều kiện ưu đãi khác về thuế thu nhập doanh nghiệp (ngoài điều kiện ưu đãi do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu, do sử dụng nguyên liệu trong nước) như: sản xuất trong Khu công nghiệp, Khu chế xuất; thực hiện tại địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn, đặc biệt khó khăn thuộc Danh mục địa bàn ưu đãi đầu tư; sử dụng nhiều lao động … thì tiếp tục hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp tương ứng với các điều kiện doanh nghiệp đã đáp ứng cho thời gian ưu đãi còn lại. Doanh nghiệp được phép lựa chọn phương án để tiếp tục được ưu đãi thuế và thông báo với cơ quan thuế theo một trong hai phương án sau:

Phương án 1: Được tiếp tục hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp tương ứng với các điều kiện doanh nghiệp đáp ứng (ngoài điều kiện ưu đãi do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu, do sử dụng nguyên liệu trong nước) cho thời gian ưu đãi còn lại theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp tại thời điểm được cấp Giấy phép thành lập.

Phương án 2: Được tiếp tục hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp tương ứng với các điều kiện doanh nghiệp đáp ứng (ngoài điều kiện ưu đãi do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu, do sử dụng nguyên liệu trong nước) cho thời gian ưu đãi còn lại theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp tại thời điểm điều chỉnh do cam kết WTO (ngày 11/1/2007).

Việc áp dụng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời gian còn lại nêu trên phải đảm bảo nguyên tắc doanh nghiệp đang trong thời gian được áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp ưu đãi, đang trong thời gian miễn thuế, giảm thuế theo hướng dẫn tại điểm 5, điểm 6 Phần H Thông tư số 134/2007/TT-BTC.

2. Đối với các doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu (trừ hoạt động dệt may) được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu đến hết năm 2011.

Từ năm 2012, doanh nghiệp đang hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu, nếu đáp ứng các điều kiện ưu đãi khác về thuế thu nhập doanh nghiệp (ngoài điều kiện ưu đãi do đáp ứng tỷ lệ xuất khẩu) thì được lựa chọn và thông báo với cơ quan thuế hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời gian còn lại tương ứng với các điều kiện thực tế doanh nghiệp đáp ứng ưu đãi đầu tư theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp tại thời điểm được cấp Giấy phép thành lập hoặc theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp tại thời điểm điều chỉnh do cam kết WTO (hết năm 2011).

Việc áp dụng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời gian còn lại nêu trên phải đảm bảo nguyên tắc doanh nghiệp đang trong thời gian được áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp ưu đãi, đang trong thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp.

3. Về thủ tục ưu đãi đầu tư: Theo quy định tại Khoản 1, Điều 38 của Luật Đầu tư, nhà đầu tư căn cứ vào các mức ưu đãi và điều kiện ưu đãi đầu tư theo quy định của pháp luật để tự xác định mức ưu đãi và làm thủ tục hưởng ưu đãi đầu tư tại cơ quan có thẩm quyền. Trong trường hợp nhà đầu tư có yêu cầu xác nhận ưu đãi đầu tư thì làm thủ tục đăng ký đầu tư để cơ quan Nhà nước quản lý đầu tư ghi ưu đãi đầu tư vào Giấy chứng nhận đầu tư, ngược lại nếu nhà đầu tư không có yêu cầu xác nhận ưu đãi đầu tư thì không cần phải làm thủ tục điều chỉnh Giấy phép đầu tư.

Bộ Tài chính thông báo để các Bộ, UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc TW biết và chỉ đạo các đơn vị thực hiện. Trong quá trình triển khai nếu có khó khăn vướng mắc đề nghị các đơn vị phản ánh về Bộ Tài chính để được giải quyết kịp thời.