Ngày 26/8/2002 Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã có Quyết định số 519/2002/QĐ0BKH về việc kiểm tra tạm thời khung giá, định mức chi phí xây dựng quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội ngành, lãnh thổ. Trong quá trình thực hiện quyết định nêu trên, một số Bộ, ngành, tỉnh và thành phố trực thuộc Trung ương đề nghị hướng dẫn chi Tiết một số Điều trong dự toán kinh phí xây dựng quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội ngành, lãnh thổ.

Trong khi chưa ban hành chính thức khung giá, định mức chi phí cho việc xây dựng quy hoạch tổng thể trên phạm vi cả nước, Bộ Kế hoạch và Đầu tư hướng dẫn và giải thích cụ thể về một số Điều thực hiện Quyết định 519/2002/QĐ-BKH như sau:

   1. Trong cơ cấu định mức chi phí cho các công việc cụ thể của việc xây dựng và rà soát quy hoạch tổng thể phát triển ngành, lãnh thổ ở bảng 3 (trang 13) và bảng 4 (trang 14) của văn bản ban hành kèm theo Quyết định 519/2002/QĐ-BKH chưa có Khoản thuế nộp ngân sách. Nay bổ sung Khoản thuế này vào tổng dự toán theo cách tính như sau:

A = A₁ + 5% A₁

A là tổng dự toán của quy hoạch tổng thể ngành, lãnh thổ (bao gồm cả thuế nộp ngân sách).

A₁ là tổng dự toán của quy hoạch tổng thể ngành, lãnh thổ (theo khung giá tại Quyết định 519/2002/QĐ0-BKH).

Mức thuế suất 5% được áp dụng theo Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật thuế giá trị gia tăng ban hành ngày 17/6/2003 (Khoản 2, Điều 8, Mục n), Nghị định 158/2003/NĐ-CP ngày 10/12/2003 về Quy định chi Tiết thi hành Luật thuế giá trị gia tăng và Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật thuế giá trị gia tăng (Điều 7, Khoản 2, Mục n) và Thông tư số 120/203/TT-BTC ngày 12/12/2003 hướng dẫn thi hành Nghị định 158/2003/NĐ-CP ngày 10/12/2003 về Quy định chi Tiết thi hành Luật thuế giá trị gia tăng và Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật thuế giá trị gia tăng.

2. Trong Mục chi phí hội thảo, thẩm định, xét duyệt và chi khác ở bảng 3 và bảng 4 có Khoản chi phí quản lý 3%. Khoản chi phí này là chi phí quản lý của cơ quan chủ đầu tư dự án (bên A), không phải của cơ quan tư vấn lập dự án (bên B).

Khoản kinh phí ghi ở 3 tiểu Mục hội nghị, hội thảo, xin ý kiến, tư vấn chuyên gia, thẩm định, nghiệm thu (tổng cộng là 7%) là Khoản chi phí cho các công việc nêu trên trong quá trình nghiên cứu xây dựng dự án.

Bộ Kế hoạch và Đầu tư tiếp tục nghiên cứu để ban hành chính thức khung giá định mức chi phí cho việc lập quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội trên phạm vi cả nước.