Kính gửi: Cục thuế tỉnh Long An.

Trả lời công văn số 291/CT-TTr ngày 16/3/2010, 2958/CT-TTr ngày 31/8/2009 xin ý kiến xử lý các vướng mắc qua quá trình thanh tra, kiểm tra và công văn số 3115/CT-TTr ngày 14/9/2009 về việc hoàn trả lại tiền thuế của ông Quân và Bà Bình (Công ty TNHH Đạt Phong), Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Về nội dung nêu tại công văn số 2958/CT-TTr ngày 31/8/2009

Về việc lập hóa đơn và kê khai thuế GTGT đối với các khoản thu tiền của hoạt động kinh doanh bất động sản có thu tiền theo tiến độ

Điểm 2 Mục I Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 quy định thời điểm xác định thuế GTGT như sau: "Đối với hoạt động kinh doanh bất động sản, xây dựng cơ sở hạ tầng, xây dựng nhà để bán, chuyển nhượng hoặc cho thuê là thời điểm thu tiền theo tiến độ thực hiện dự án hoặc tiến độ thu tiền ghi trong hợp đồng. Căn cứ số tiền thu được, cơ sở kinh doanh thực hiện khai thuế GTGT đầu ra phát sinh trong kỳ."

Điểm 2.13 Mục IV Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 quy định: "Trường hợp cơ sở kinh doanh bất động sản, xây dựng cơ sở hạ tầng, xây dựng nhà để bán, chuyển nhượng có thực hiện thu tiền theo tiến độ thực hiện dự án hoặc tiến độ thu tiền ghi trong hợp đồng thì khi thu tiền, cơ sở kinh doanh phải lập hóa đơn GTGT. Trên hóa đơn ghi rõ số tiền thu, giá đất được giảm trừ trong doanh thu tính thuế GTGT, thuế suất thuế GTGT, số thuế GTGT. Giá đất được trừ tính theo tỷ lệ (%) của số tiền thu theo tiến độ thực hiện dự án hoặc tiến độ thu tiền ghi trong hợp đồng với giá đất được tính trừ tại thời điểm chuyển nhượng (thời điểm thu tiền lần đầu theo tiến độ) theo quy định."

Căn cứ các quy định trên: Trường hợp cơ sở kinh doanh bất động sản có thu tiền đặt cọc của khách hàng thì khi thu tiền cơ sở kinh doanh bất động sản phải lập hóa đơn và kê khai thuế GTGT.

Về miễn, giảm thuế TNDN đối với các khoản thu nhập từ hoạt động tài chính

+ Trường hợp Công ty có thu nhập từ lãi tiền gửi ngân hàng và hoạt động kinh doanh chính (cho thuê đất trong khu công nghiệp) có lãi

Tại Điều 7 Luật thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2003 quy định thu nhập chịu thuế gồm: thu nhập chịu thuế từ hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa dịch vụ và thu nhập chịu thuế khác.

Tại điểm 4 Mục II Phần E Thông tư số 134/2007/TT-BTC ngày 23/11/2007 của Bộ Tài chính hương dẫn Nghị định số 24/2007/NĐ-CP ngày 14/2/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế thu nhập doanh nghiệp hướng dẫn: "4. Trong thời gian đang thực hiện miễn thuế, giảm thuế, nếu cơ sở kinh doanh thực hiện nhiều hoạt động sản xuất kinh doanh thì phải theo dõi hạch toán riêng thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh miễn thuế, giảm thuế."

Tại điểm 2.6.a Mục I Phần H Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 quy định:

"Việc ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp không áp dụng đối với:

a) Các khoản thu nhập khác quy định tại Mục V Phần C Thông tư này."

Căn cứ các quy định trên, trường hợp trong kỳ tính thuế năm 2008, cơ sở kinh doanh đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN, ngoài thu nhập từ hoạt động kinh doanh chính còn có các khoản thu nhập khác thì xét ưu đãi thuế TNDN đối với các khoản thu nhập này như sau:

Đối với khoản thu nhập khác phát sinh liên quan trực tiếp đến quá trình thực hiện hoạt động của dự án được ưu đãi (trừ thu nhập từ chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất) thì được gộp chung vào thu nhập từ hoạt động kinh doanh chính được ưu đãi và được hưởng ưu đãi thuế TNDN.

Đối với các khoản thu nhập khác ngoài các khoản thu nhập nêu trên thì phải hạch toán riêng và không được hưởng ưu đãi thuế TNDN.

Từ ngày 01/01/2009, thực hiện theo Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 thì tất cả các khoản thu nhập khác đều không được hưởng ưu đãi thuế TNDN.

+ Trường hợp Công ty có thu nhập từ lãi tiền gửi ngân hàng và hoạt động kinh doanh chính (cho thuê lại đất trong khu công nghiệp) bị lỗ

Tại điểm 4 Mục II Phần E Thông tư số 134/2007/TT-BTC hướng dẫn:

"Trường hợp trong năm quyết toán thuế, cơ sở kinh doanh có các hoạt động sản xuất, kinh doanh vừa có hoạt động lãi, vừa có hoạt động lỗ (trừ hoạt động chuyển nhượng quyền sử dụng đất, chuyển nhượng quyền thuê đất, chuyển nhượng vốn, hoạt động đầu tư ở nước ngoài) thu nhập chịu thuế được xác định như sau:

- Nếu hoạt động kinh doanh miễn thuế, giảm thuế bị lỗ thì bù lỗ từ hoạt động kinh doanh có lãi.

Sau khi bù trừ, phần thu nhập còn lại áp dụng thuế suất thuế TNDN theo mức thuế suất của hoạt động kinh doanh có thu nhập."

Căn cứ hướng dẫn nêu trên, trường hợp doanh nghiệp kinh doanh phát triển hạ tầng khu công nghiệp, cụm công nghiệp được hưởng ưu đãi thuế TNDN đối với hoạt động cho thuê lại đất trong khu công nghiệp, cụm công nghiệp nhưng trong năm hoạt động kinh doanh chính (cho thuê đất trong khu công nghiệp, cụm công nghiệp) có kết quả kinh doanh lỗ, đồng thời doanh nghiệp có thu nhập từ lãi tiền gửi ngân hàng thì doanh nghiệp được lấy thu nhập từ lãi tiền gửi ngân hàng để bù lỗ, sau khi bù trừ mà vẫn còn thu nhập từ lãi tiền gửi ngân hàng thì phần thu nhập còn lại này nộp thuế TNDN theo quy định, không được áp dụng ưu đãi thuế TNDN.

2. Về nội dung nêu tại công văn số 3115/CT-TTr ngày 14/9/2009 của Cục thuế tỉnh Long An Việc Công ty TNHH Đạt Phong (ông Quân và Bà Bình) nhận số tiền 63.000USD khi bàn giao 1.800 m2 đất đã được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất từ ngày 10/3/2005 cho Công ty khai thác Hạnh phúc theo biên bản thoả thuận số 18/TT-THD ngày 30/1/2007 phải xác định là thu nhập hoạt động chuyển nhượng quyền sử dụng đất. Do đó, Công ty TNHH Đạt Phong phải thực hiện kê khai nộp thuế TNDN đối với khoản thu nhập từ chuyển quyền sử dụng đất với số tiền 63.000USD nêu trên (không phải nộp kê khai nộp thuế GTGT). Do Công ty TNHH Đạt Phong đã thực hiện kê khai nộp thuế GTGT và thuế TNDN theo hình thức khoán đối với số tiền 63.000 USD nêu trên nên Cục thuế thực hiện xác định lại số thuế thu nhập từ hoạt động chuyển quyền sử dụng đất của Công ty TNHH Đạt Phong để thục hiện truy thu nếu tổng số thuế TNDN và thuế GTGT đã kê khai nộp theo hình thức khoán thấp hơn số thuế thu nhập từ hoạt động chuyển quyền sử dụng đất phải nộp đã được xác định lại theo phương pháp kê khai thuế. Trường hợp số thuế đã nộp lớn hơn số thuế phải nộp thì xử lý theo quy định tại Mục VII Phần C Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/7/2007 của Bộ Tài chính.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục thuế biết./.