Tổng cục Thuế nhận được công văn của Công ty về việc thực hiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo công văn số 11648/BTC-TCT ngày 16/9/2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp theo Thông tư số 88/2004/TT-BTC ngày 1/9/2004 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 128/2003/TT-BTC của Bộ Tài chính và Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 của Chính phủ hướng dẫn thi hành Luật thuế thu nhập doanh nghiệp. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại điểm 8 Thông tư số 88/2004/TT-BTC ngày 1/9/2004 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 164/2003/NĐ-CP nêu trên hướng dẫn: "Các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài và bên nước ngoài tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh đã được cấp giấy phép đầu tư; các cơ sở kinh doanh trong nước đã được cấp giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư tiếp tục được hưởng các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp ghi trong Giấy phép đầu tư, Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư. Trường hợp mức ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp ghi trong giấy phép đầu tư, giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư thấp hơn mức ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp hướng dẫn tại Thông tư này thì cơ sở kinh doanh được hưởng các mức ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo hướng dẫn tại Thông tư này cho khoảng thời gian ưu đãi còn lại (thời gian ưu đãi về thuế theo Giấy phép đầu tư, Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư trừ (-) thời gian ưu đãi về thuế đã được hưởng đến ngày 1/1/2004".

Căn cứ vào hướng dẫn nêu trên thì kể từ năm tài chính 2004 trở đi, nếu dự án đầu tư đang trong thời gian tiếp tục được hưởng các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp trong giấy phép đầu tư, giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư mới thì được áp dụng theo điểm 8 Thông tư số 88/2004/TT-BTC nêu trên. Trường hợp đến hết năm tài chính của năm 2003 là hết thời gian ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư, giấy phép đầu tư thì không còn khoảng thời gian ưu đãi còn lại để được tiếp tục hưởng ưu đãi như đã được hướng dẫn tại Điểm 8 Thông tư số 88/2004/TT-BTC nêu trên.

Năm 2005, do có một số công văn hướng dẫn của một số Cục thuế, Tổng cục Thuế và các đơn vị thuộc Bộ Tài chính chưa phù hợp với tinh thần trên nên Bộ Tài chính đã có Công văn số 11684/BTC-TCT ngày 16/9/2005 hướng dẫn chung nhằm thống nhất thực hiện. Trong quá trình thực hiện nhiều Cục thuế còn có những vướng mắc, vì vậy, Tổng cục Thuế đã có công văn số 3889/TCT-PCCS ngày 18/10/2006 để chỉ đạo và hướng dẫn các Cục thuế, các doanh nghiệp thực hiện thống nhất theo quy định.

Tổng cục Thuế thông báo để Công ty biết và thực hiện.