Thời gian vừa qua, Bộ Tài chính nhận được phản ánh của Kho bạc Nhà nước, Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương về việc hạch toán thu ngân sách nhà nước khi thực hiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) 2% đối với các công trình xây dựng cơ bản trên địa bàn theo công văn số 17848/BTC-TCT ngày 29/12/2011 của Bộ Tài chính về việc khấu trừ thuế GTGT theo Thông tư số 28/2011/TT-BTC.

- Theo Điều 10 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 và Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010 của Chính phủ:

+ Tại khoản 1(e) quy định: "Trường hợp người nộp thuế có hoạt động kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai mà không thành lập đơn vị trực thuộc tại địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính (sau đây gọi là kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh) thì người nộp thuế phải nộp hồ sơ khai thuế cho Chi cục Thuế quản lý tại địa phương có hoạt động xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai đó."

+ Tại khoản 1(g) quy định: "Trường hợp người nộp thuế có công trình xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh liên quan tới nhiều địa phương như: xây dựng đường giao thông, đường dây tải điện, đường ống dẫn nước, dẫn dầu, dẫn khí v.v… không xác định được doanh thu của công trình ở từng địa phương cấp huyện thì người nộp thuế khai thuế GTGT của doanh thu xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh chung với hồ sơ khai thuế GTGT tại trụ sở chính."

+ Tại khoản 6(d) quy định: "Khi khai thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp, người nộp thuế phải tổng hợp doanh thu phát sinh và số thuế GTGT đã nộp của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh trong hồ sơ khai thuế tại trụ sở chính. Số thuế đã nộp (theo chứng từ nộp tiền thuế) của doanh thu kinh doanh xây dựng, lắp đặt, bán hàng vãng lai ngoại tỉnh được trừ vào số thuế GTGT phải nộp theo tờ khai thuế GTGT của người nộp thuế tại trụ sở chính".

- Theo khoản 3, Điều 24 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 và Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010 của Chính phủ quy định: "Kho bạc nhà nước trên địa bàn có trách nhiệm khấu trừ số thuế GTGT để nộp vào ngân sách nhà nước theo tỷ lệ 2% trên số tiền thanh toán khối lượng công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản trên địa bàn bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước, các dự án ODA thuộc diện chịu thuế GTGT".

- Theo công văn số 17848/BTC-TCT ngày 29/12/2011 V/v khấu trừ thuế giá trị gia tăng theo Thông tư số 28/2011/TT-BTC của Bộ Tài chính:

+ Tại điểm 2.2 đã hướng dẫn: "Về nguyên tắc, công trình xây dựng cơ bản phát sinh tại địa phương nào, thì số thuế GTGT khấu trừ sẽ được Kho bạc Nhà nước hạch toán vào thu ngân sách của địa phương đó. Đối với các công trình liên tỉnh (hoặc liên huyện) nếu xác định được doanh thu công trình chi tiết theo từng tỉnh (hoặc từng huyện), thì số thuế GTGT khấu trừ sẽ được Kho bạc Nhà nước hạch toán vào thu ngân sách của từng tỉnh (hoặc từng huyện) tương ứng với số phát sinh doanh thu công trình. Đối với các công trình liên tỉnh hoặc liên huyện mà không xác định được chính xác doanh thu công trình chi tiết theo từng địa bàn tỉnh (hoặc địa bàn huyện), thì chủ đầu tư xác định tỷ lệ doanh thu của công trình trên từng địa bàn gửi Kho bạc Nhà nước thực hiện khấu trừ thuế GTGT.

Về nguyên tắc, công trình xây dựng cơ bản phát sinh tại địa phương nào, thì số thuế GTGT khấu trừ sẽ được Kho bạc Nhà nước hạch toán vào thu ngân sách của địa phương đó. Đối với các công trình liên tỉnh (hoặc liên huyện) nếu xác định được doanh thu công trình chi tiết theo từng tỉnh (hoặc từng huyện), thì số thuế GTGT khấu trừ sẽ được Kho bạc Nhà nước hạch toán vào thu ngân sách của từng tỉnh (hoặc từng huyện) tương ứng với số phát sinh doanh thu công trình."

+ Tại điểm 3.2 đã hướng dẫn: "Đối với Kho bạc Nhà nước nơi chủ đầu tư mở tài khoản: Hạch toán thu ngân sách nhà nước theo đúng tỷ lệ quy định (trường hợp số thuế GTGT khấu trừ được hạch toán ngay vào thu ngân sách của địa phương nơi Kho bạc Nhà nước làm thủ tục khấu trừ) hoặc báo có kịp thời về Kho bạc Nhà nước nơi ngân sách địa phương được hưởng nguồn thu thuế GTGT khấu trừ (Kho bạc Nhà nước đồng cấp với cơ quan thu nơi nhà thầu làm thủ tục kê khai, quyết toán thuế)".

Căn cứ các quy định nêu trên, để thống nhất thực hiện, Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể thêm về phạm vi khấu trừ thuế GTGT, kê khai và hạch toán thu ngân sách nhà nước như sau:

1. Phạm vi khấu trừ thuế GTGT:

- Người nộp thuế có hoạt động xây dựng cơ bản được chủ đầu tư thanh toán cho khối lượng các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước, thanh toán từ nguồn ngân sách nhà nước cho các công trình xây dựng cơ bản của các dự án sử dụng vốn ODA (phần vốn đối ứng trong nước thanh toán tại Kho bạc Nhà nước cho các công trình xây dựng cơ bản của các dự án ODA), không kể có trụ sở chính hay không có trụ sở chính trên địa bàn tỉnh, thành phố hoặc quận, huyện nơi có hoạt động xây dựng công trình đều thuộc diện Kho bạc Nhà nước khấu trừ số thuế GTGT để nộp vào ngân sách nhà nước.

- Số thuế GTGT khấu trừ được xác định bằng 2% giá trị khối lượng hoàn thành công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản đã được Kho bạc Nhà nước chấp nhận trong từng lần chủ đầu tư đề nghị thanh toán được chủ đầu tư tính toán bao gồm cả giá trị tư vấn giám sát, khảo sát thiết kế lập kế hoạch dự án… ghi trên cùng hợp đồng của công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản.

- Không thực hiện khấu trừ thuế GTGT đối với các hợp đồng tư vấn, khảo sát, thiết kế, lập dự án, kiểm toán, bảo hiểm.

2. Trường hợp người nộp thuế có công trình xây dựng, lắp đặt vãng lai ngoại tỉnh liên quan tới nhiều địa phương nhưng không xác định được doanh thu của công trình ở từng địa phương cấp huyện thực hiện khai thuế giá trị gia tăng của doanh thu xây dựng, lắp đặt ngoại tỉnh chung với hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tại trụ sở chính theo quy định tại khoản 1(g) Điều 10 Thông tư số 28/2011/TT-BTC nêu trên, khi nhận được chứng từ khấu trừ do Kho bạc Nhà nước chuyển đến, cơ quan thuế nơi có công trình xây dựng, lắp đặt vãng lai không hạch toán số đã nộp của người nộp thuế mà chỉ hạch toán thu vãng lai để tổng hợp lên báo cáo thu nội địa trên địa bàn. Người nộp thuế được trừ số tiền thuế Kho bạc Nhà nước đã khấu trừ vào chỉ tiêu số 39 "Số thuế đã nộp vãng lai ngoại tỉnh" trên tờ khai thuế GTGT theo mẫu số 01/GTGT tại trụ sở chính, kèm theo chứng từ khấu trừ để chứng minh.

3. Trường hợp người nộp thuế có công trình xây dựng, lắp đặt trong cùng địa bàn tỉnh/thành phố trực thuộc trung ương nơi đóng trụ sở chính nhưng khác địa bàn quận/huyện (nhà thầu nội tỉnh): Kho bạc Nhà nước nơi ngân sách địa phương được hưởng nguồn thu thuế GTGT khấu trừ phải truyền chứng từ khấu trừ (giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước) cho cơ quan thuế đồng cấp để cơ quan thuế không hạch toán số đã nộp của người nộp thuế mà chỉ hạch toán thu vãng lai để tổng hợp lên báo cáo thu nội địa trên địa bàn; đồng thời, cơ quan thuế đồng cấp với Kho bạc Nhà nước nơi được hưởng nguồn thu thuế GTGT khấu trừ ngay sau khi nhận được chứng từ khấu trừ thuế GTGT của công trình xây dựng, lắp đặt nội tỉnh do Kho bạc Nhà nước chuyển đến, phải chuyển chứng từ cho cơ quan thuế nơi quản lý người nộp thuế để hạch toán số đã nộp cho người nộp thuế mà không tổng hợp lên báo cáo thu nội địa trên địa bàn.

Các nội dung khác không nêu tại công văn này tiếp tục thực hiện theo hướng dẫn tại công văn số 17848/BTC-TCT ngày 29/12/2011 của Bộ Tài chính về việc khấu trừ thuế GTGT theo Thông tư số 28/2011/TT-BTC.

Đề nghị Giám đốc Kho bạc Nhà nước và Cục trưởng Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương tổ chức thực hiện theo hướng dẫn tại công văn này. Trong quá trình thực hiện, nếu có khó khăn vướng mắc, kịp thời báo cáo về Bộ Tài chính để xem xét, giải quyết./.