Tổng cục Thuế nhận được công văn số VNACCS/VCIS-1422 đề ngày 06/10/2014 của Văn phòng dự án VNACCS/VCIS - Công ty NTT Data Nhật Bản về việc kê khai, khấu trừ hóa đơn giá trị gia tăng (GTGT) bỏ sót. Sau khi báo cáo, xin ý kiến chỉ đạo của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ các quy định của pháp luật về thuế nêu tại:

- Khoản 6 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng số 31/2013/QH13;

- Điểm a khoản 7 Điều 14 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 và khoản 8 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính quy định về nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Căn cứ các quy định của pháp luật về thuế nêu trên, trường hợp của Văn phòng dự án VNACCS/VCIS - Công ty NTT Data Nhật Bản (Văn phòng VNACCS/VCIS) sử dụng vốn ODA viện trợ không hoàn lại (Dự án triển khai thực hiện Hải quan điện tử và một cửa quốc gia phục vụ hiện đại hóa Hải quan). Tại thời điểm hoàn thành dự án, Văn phòng VNACCS/VCIS thực hiện đối chiếu công nợ và phát hiện 04 số hóa đơn GTGT đầu vào (Các hóa đơn gồm: AA/12P 0000479 ngày 23/01/2013; AA/12P 0000489 ngày 31/01/2013; AA/12P 0002272 ngày 08/01/2013; AA/12P 0002033 ngày 31/12/2012; Tổng số thuế GTGT là 538.705.976 đồng) còn sót chưa kê khai, đã quá thời hạn kê khai, khấu trừ bổ sung. Văn phòng VNACCS/VCIS trình bày nguyên nhân do thời điểm mới được cấp Giấy phép phê duyệt thầu và thành lập văn phòng dự án, nhân sự phụ trách mảng hành chính kế toán là nhân sự người Nhật không có mặt thường xuyên tại Việt Nam; và do hiểu biết chưa đầy đủ các quy định của pháp luật về thuế tại Việt Nam nên các chuyên gia người Nhật mang về lưu giữ tại trụ sở chính của nhà thầu tại Nhật Bản.

Nhằm tháo gõ khó khăn và tạo điều kiện cho các tổ chức, cá nhân triển khai các chương trình, dự án có sử dụng vốn ODA viện trợ không hoàn lại tại Việt Nam có hiệu quả, Tổng cục Thuế chấp thuận đề nghị của Văn phòng dự án VNACCS/VCIS - Công ty NTT Data Nhật Bản được kê khai, khấu trừ bổ sung 04 số hóa đơn GTGT bỏ sót nêu trên nếu việc kê khai chậm là khách quan do các nguyên nhân khách quan trên. Giao Cục Thuế thành phố Hà Nội kiểm tra thực tế và hướng dẫn Văn phòng VNACCS/VCIS thực hiện kê khai, khấu trừ bổ sung 04 số hóa đơn GTGT nêu trên theo quy định của pháp luật về thuế hiện hành.

Tổng cục Thuế trả lời để Văn phòng dự án VNACCS/VCIS - Công ty NTT Data Nhật Bản và Cục Thuế thành phố Hà Nội biết, thực hiện.