Trả lời công văn số 1490/CT-TT&HT ngày 25/9/2014 của Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp về việc đề nghị hướng dẫn chính sách thuế liên quan đến hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với dự án đầu tư của Công ty TNHH TMDV Thiên Nhiên, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ hướng dẫn tại Khoản 3(c) Điều 10 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 và Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010 của Chính phủ;

Căn cứ hướng dẫn tại Khoản 3 Điều 18 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT, hướng dẫn thi hành Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 08/12/2008 và Nghị định số 121/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ; Khoản 3(c) Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế GTGT.

Căn cứ các hướng dẫn nêu trên, trường hợp Công ty TNHH TMDV Thiên Nhiên (Công ty) có trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, thành lập Chi nhánh hạch toán phụ thuộc tại tỉnh Đồng Tháp vào tháng 4/2012. Chi nhánh đã hoàn tất thủ tục đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế, số thuế GTGT đầu vào phát sinh tại Chi nhánh từ tháng 8/2011 đến tháng 3/2014 được kê khai tại Chi cục Thuế Quận 1, thành phố Hồ Chí Minh. Các hóa đơn GTGT đầu vào của Chi nhánh Đồng Tháp mang tên và mã số thuế Công ty thì đề nghị Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp, Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh kiểm tra tình hình của dự án đầu tư phát sinh thực tế tại Chi nhánh Công ty:

- Nếu dự án đầu tư chưa kết thúc, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu đủ điều kiện hoàn thuế cho dự án đầu tư thì lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế tại trụ sở chính theo quy định tại Khoản 3 Điều 18 Thông tư số 06/2012/TT-BTC (nay là Khoản 3(c) Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC).

- Nếu dự án đầu tư đã kết thúc đi vào hoạt động, dự án đầu tư đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế thì Công ty phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn (có xác nhận của Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh) và bàn giao lại cho Chi nhánh để thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp, Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh được biết./.