Tổng cục Thuế nhận được công văn số 2509/FIN/2013 ngày 10/10/2013 của Công ty TNHH Nhà thép tiền chế Zamil Việt Nam về việc đề nghị khấu trừ thuế GTGT đối với hóa đơn bị mất sau đó lại tìm thấy. Tại công văn, Công ty TNHH Nhà thép tiền chế Zamil Việt Nam trình bày:

Ngày 4/7/2012, Công ty có ký kết hợp đồng số L3-12-091 với Công ty TNHH Bao Bì nước giải khát Crown Đà Nẵng về việc cung cấp và lắp đặt nhà thép tiền chế với giá trị hợp đồng là: 37.000.000.000 VNĐ, điều khoản thanh toán: Thư tín dụng (L/C) nội địa. Theo tiến độ giao hàng, Công ty đã phát hành hai (02) hóa đơn GTGT cho Công ty TNHH Bao bì nước giải khát Crown Đà Nẵng là hóa đơn số 0002404 ngày 6/10/2012 (giá trị chưa có thuế GTGT: 5.337.505.964 đ, thuế GTGT: 533.750.596 đ) và hóa đơn số 0002417 ngày 17/10/2012 (giá trị chưa có thuế GTGT: 3.071.769.036 đ, thuế GTGT: 307.176.904 đ). Do điều khoản thanh toán là thư tín dụng nên Công ty đã gửi hai hóa đơn nêu trên cùng giấy tờ giao nhận hàng ra ngân hàng của khách hàng là Ngân hàng TMCP Ngoại thương - Chi nhánh Hồ Chí Minh, do một số nguyên nhân khách quan từ phía ngân hàng, hóa đơn đã bị thất lạc và mới chỉ tìm thấy bởi Ngân hàng TMCP Ngoại thương - Chi nhánh Hồ Chí Minh và thông báo cho Công ty ngày 21/8/2013.

Về việc này, sau khi có ý kiến thống nhất của Vụ Chính sách Thuế, Vụ Pháp chế (BTC) và được sự nhất trí của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại Điều 14 và Điều 15 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn xác định thuế GTGT quy định:

"Điều 14. Nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào

1. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế giá trị gia tăng đầu vào không được bồi thường của hàng hóa chịu thuế giá trị gia tăng bị tổn thất.

…

7. Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.

a) Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ còn sót hóa đơn chưa kê khai, khấu trừ thì được kê khai, khấu trừ bổ sung; thời gian để kê khai, khấu trừ bổ sung tối đa là 6 (sáu) tháng, kể từ tháng phát sinh hóa đơn bỏ sót, trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm b khoản này.

b) Trường hợp cơ sở kinh doanh kê khai sót về số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu (kể cả số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu có chứng từ nộp thuế trước ngày 01/3/2012), số thuế GTGT đầu vào đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động thì được kê khai, khấu trừ bổ sung theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Ví dụ 44: Cơ sở kinh doanh B đã nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu theo chứng từ nộp thuế ngày 01/3/2012, do nhầm lẫn, kế toán của doanh nghiệp đã bỏ sót không kê khai chứng từ này tại Tờ khai thuế GTGT của các tháng tiếp theo thì cơ sở kinh doanh B được kê khai khấu trừ bổ sung thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu (theo chứng từ nộp thuế) theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Ví dụ 45: Cơ sở kinh doanh Y đã nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu theo chứng từ nộp thuế trước ngày 01/3/2012, do nhầm lẫn, kế toán của cơ sở kinh doanh đã bỏ sót không kê khai chứng từ này, ngày 1/3/2012 kế toán của cơ sở kinh doanh mới phát hiện ra việc khai sót chứng từ nêu trên thì cơ sở kinh doanh B được kê khai khấu trừ bổ sung thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu (theo chứng từ nộp thuế) theo quy định của pháp luật về quản lý thuế."

"Điều 15. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào

1. Có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.

2. Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT."

Căn cứ quy định trên và tình hình thực tế theo trình bày của Công ty TNHH Nhà thép tiền chế Zamil Việt Nam, Tổng cục Thuế giao Cục Thuế thành phố Đà Nẵng xem xét, trường hợp hóa đơn GTGT mua tài sản (nhà thép tiền chế) của Công ty TNHH Bao Bì nước giải khát Crown (người mua) bị thất lạc do Công ty TNHH Nhà thép tiền chế Zamil Việt Nam (người bán) gửi hóa đơn bản gốc liên 2 cho Ngân hàng thương mại cổ phần Ngoại thương - Chi nhánh Hồ Chí Minh để hai bên thực hiện thanh toán theo hình thức thư tín dụng (L/C) - Ngân hàng làm thất lạc hóa đơn sau đó tìm lại được (có xác nhận của Ngân hàng về việc thất lạc hóa đơn và tìm lại được) và Công ty TNHH Nhà thép tiền chế Zamil Việt Nam (người bán) đã xác nhận kê khai, nộp đủ tiền thuế GTGT đầu ra của 02 hóa đơn nêu trên thì Cục Thuế thành phố Đà Nẵng hướng dẫn Công ty TNHH Bao Bì nước giải khát Crown kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đối với 02 hóa đơn này nếu tài sản (nhà thép tiền chế) được phục vụ hoạt động kinh doanh chịu thuế GTGT của Công ty TNHH Bao Bì nước giải khát Crown theo quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục thuế TP. Hà Nội, Cục Thuế TP. Đà Nẵng và Công ty TNHH Nhà thép tiền chế Zamil Việt Nam được biết./.