Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh

Trả lời công văn số 1123/CT-KT1 đề ngày 01/8/2016 của Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh nêu vướng mắc khi xử lý hồ sơ hoàn thuế của doanh nghiệp, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ các quy định tại:

- Khoản 1 Điều 78 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/03/2015 quy định:

“Điều 78. Xử lý tài sản, hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu khi doanh nghiệp chuyển đổi loại hình từ DNCX thành doanh nghiệp không hưởng chế độ chính sách doanh nghiệp chế xuất và ngược lại

1. Trường hợp chuyển đổi loại hình từ DNCX thành doanh nghiệp không hưởng chính sách DNCX:

a) DNCX thực hiện xác định tài sản, hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu còn tồn kho và đề xuất biện pháp xử lý với cơ quan hải quan;

b) Cơ quan hải quan, DNCX thực hiện thủ tục hải quan theo từng biện pháp xử lý;

c) Thời Điểm thanh lý và xác định tài sản, hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu thực hiện trước khi doanh nghiệp được cơ quan có thẩm quyền cho phép chuyển đổi.”

- Điều 14 và Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính quy định về nguyên tắc và Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào;

- Khoản 4 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính (được sửa đổi, bổ sung tại Điểm b Khoản 12 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015) hướng dẫn về hoàn thuế GTGT.

Căn cứ các quy định trên, Tổng cục Thuế thống nhất với ý kiến đề xuất của Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh tại công văn số 1123/CT-KT1 như sau:

Trường hợp Công ty TNHH AQ Pacific thành lập theo giấy chứng nhận đầu tư số 212043.000.611 do Ban quản lý các Khu công nghiệp tỉnh Bắc Ninh cấp lần đầu ngày 15/01/2014, hoạt động theo loại hình công nghiệp chế xuất. Công ty được Ban quản lý các Khu công nghiệp tỉnh Bắc Ninh cấp Giấy chứng nhận đầu tư Điều chỉnh lần thứ 5 ngày 19/11/2015 để chuyển đổi thành loại hình công nghiệp không chế xuất 100% vốn đầu tư nước ngoài kể từ ngày 16/11/2015. Công ty đã đăng ký và được Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh chấp thuận áp dụng tính thuế theo phương pháp khấu trừ kể từ ngày 16/11/2015.

1. Trước khi chuyển đổi loại hình từ doanh nghiệp chế xuất thành doanh nghiệp không hưởng chính sách doanh nghiệp chế xuất, Công ty đã nộp thuế giá trị gia tăng đầu vào của tài sản cố định, nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị nhập khẩu để thực hiện thủ tục thanh Khoản theo yêu cầu của cơ quan Hải quan. Nếu các tài sản cố định, nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị nhập khẩu nêu trên sau đó vẫn tiếp tục phục vụ cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng của doanh nghiệp sau chuyển đổi thì Công ty được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào tương ứng với giá trị còn lại của tài sản cố định, nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị nhập khẩu nêu trên theo quy định.

2. Trường hợp Công ty có dự án đầu tư thực hiện từ năm 2014, dự án đã chính thức đi vào hoạt động và phát sinh doanh thu từ tháng 7/2014 thì kể từ ngày 16/11/2015 (thời Điểm được Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh chấp thuận áp dụng phương pháp khấu trừ theo Thông báo số 2652/TB-CT), Công ty TNHH AQ Pacific thực hiện kê khai số thuế giá trị gia tăng đầu vào có liên quan vào hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế, không kê khai vào hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư.

Tổng cục Thuế thông báo để Cục Thuế biết, thực hiện./.