Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Nam Định

Trả lời công văn số 3592/CT-KTT2 ngày 05/08/2010 của Cục Thuế tỉnh Nam Định đề nghị hướng dẫn vướng mắc trong kê khai thuế, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Về thuế suất

Điều 21 Nghị định 29/2008/NĐ-CP của Chính phủ quy định về khu công nghiệp, khu chế xuất và khu kinh tế ban hành ngày 14/3/2008:

"Khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất được áp dụng quy định đối với khu phi thuế quan theo quy định của pháp luật. Quy định là doanh nghiệp chế xuất được ghi trong Giấy chứng nhận đầu tư; Quan hệ trao đổi hàng hóa giữa khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất với các khu vực khác trên lãnh thổ Việt Nam, trừ khu phi thuế quan, là quan hệ xuất, nhập khẩu"

Tiết 1.1 Điểm 1 Mục II Phần B Thông tư 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính quy định hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu chịu mức thuế suất 0% như sau:

"- Hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài, kể cả ủy thác xuất khẩu;

- Hàng hóa bán vào khu phi thuế quan theo quy định của Thủ tướng Chính phủ; hàng bán cho cửa hàng miễn thuế."

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp Công ty TNHH Anh Phát (doanh nghiệp nội địa) bán hàng hóa là sợi cho Công ty Minh Trí là doanh nghiệp chế xuất, thì Công ty TNHH Anh Phát được áp dụng mức thuế suất thuế GTGT 0%.

Về thủ tục hải quan đối với trường hợp bán nguyên vật liệu, hàng hóa cho doanh nghiệp chế xuất trong khu Công nghiệp được thực hiện theo quy định tại Thông tư 79/2009/TT-BTC ngày 20/4/2009 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và công văn số 7957/BTC-TCHQ ngày 18/6/2010 về việc thực hiện Thông tư số 79/2009/TT-BTC.

2. Khấu trừ thuế GTGT

Khoản 2 Điều 12 Luật thuế GTGT số 13/2008/QH12 ngày 03/6/2008 quy định về điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:

"Có hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu; Đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, ngoài các điều kiện quy định tại điểm a và điểm b khoản này phải có hợp đồng ký kết với bên nước ngoài về việc bán, gia công hàng hóa, cung ứng dịch vụ, hóa đơn bán hàng hóa, dịch vụ, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu."

Tại điểm 6, Điều 14 Nghị định 98/2007/NĐ-CP ngày 7/6/2007 của Chính phủ quy định về xử phạt đối với hành vi trốn thuế, gian lận thuế như sau:

" ………………

Các hành vi vi phạm quy định tại Điều này bị phát hiện trong thời hạn nộp hồ sơ khai thuế hoặc bị phát hiện sau thời hạn nộp hồ sơ khai thuế, nhưng không làm giảm số thuế phải nộp hoặc làm tăng số thuế được hoàn, số thuế miễn, giảm thì chỉ bị xử phạt về hành vi vi phạm về thủ tục thuế"

Căn cứ vào các quy định pháp luật về thuế, trường hợp Công ty TNHH Anh Phát trong các kỳ kê khai tháng 8, 11/2009 có phát sinh thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu theo Giấy nộp tiền vào NSNN không ghi mã hiệu, số ngày 21/8/2009 cho tờ khai hải quan số 130HQ/2002-NK ngày 21/8/2009 và Giấy nộp tiền vào NSNN không ghi mã hiệu, số ngày 2/11/2009 cho tờ khai hải quan số 172HQ/2002-NK ngày 02/11/2009. Nhưng do sơ suất, doanh nghiệp đã kê khai vào Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào bằng tờ khai hải quan thay cho chứng từ nộp thuế vào NSNN (Giấy nộp tiền vào NSNN). Tuy nhiên, việc kê khai này không làm giảm số thuế phải nộp hoặc làm tăng số thuế được khấu trừ. Cục Thuế tỉnh Nam Định căn cứ vào quy định tại Mục I, Phần B, Thông tư 61/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 thực hiện xử phạt đối với hành vi vi phạm thủ tục thuế của Công ty TNHH Anh Phát. Đối với số thuế GTGT hàng nhập khẩu công ty đã nộp vào NSNN và kê khai theo tờ khai hải quan (số 130HQ/2002-NK ngày 21/8/2009 và 172HQ/2002-NK ngày 02/11/2009) được khấu trừ thuế GTGT hàng nhập khẩu theo quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế và hướng dẫn Doanh nghiệp thực hiện.