Kính gửi: Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương

Tổng cục Thuế nhận được ý kiến phản ảnh của một số Cục Thuế về việc thực hiện một số điểm của Quy trình hoàn thuế ban hành kèm theo Quyết định số 1458/QĐ/TCT ngày 14/10/2009 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế (dưới đây viết tắt là Quy trình hoàn thuế 1458).

Hiện nay, Tổng cục Thuế đang tổng hợp trình Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn về quản lý thuế theo hướng đơn giản hoá thủ tục hành chính thuế quy định tại Nghị quyết số 25/NQ-CP ngày 02/6/2010 của Chính phủ, trong đó có giảm thủ tục hồ sơ hoàn thuế và giảm thời gian giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau; qua đó sẽ sửa đổi, bổ sung Quy trình hoàn thuế 1458 cho phù hợp. Trong khi chờ văn bản hướng dẫn, Tổng cục Thuế hướng dẫn tạm thời thực hiện một số nội dung tại Quy trình hoàn thuế 1458 như sau :

1. Về nội dung phân tích hồ sơ hoàn thuế trong trường hợp hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau:

Nội dung phân tích hồ sơ hoàn thuế quy định tại gạch đầu dòng thứ nhất Điểm 1(a) Bước 3 Mục I/A Phần Hai Quy trình hoàn thuế 1458 là phù hợp và thực hiện được đối với trường hợp kiểm tra trước, hoàn thuế sau (kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế); còn trường hợp hoàn thuế trước, kiểm tra sau thực hiện được khi tổ chức tin học hoá, hiện đại hoá công tác quản lý thuế một cách đồng bộ, đầy đủ. Do vậy, Tổng cục Thuế hướng dẫn thực hiện phân tích hồ sơ hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế trước, kiểm tra sau, như sau:

+ Đối chiếu thông tin trên hồ sơ hoàn thuế với dữ liệu đăng ký thuế trên hệ thống tin học của CQT, như mã số thuế, địa chỉ, người đại diện theo pháp luật, ngành nghề kinh doanh...;

+ Đối chiếu thuế đề nghị hoàn và các số liệu liên quan đến số thuế hoàn trên hồ sơ hoàn thuế với dữ liệu trên hệ thống tin học của cơ quan thuế (chương trình ứng dụng QLT,...) như số thuế đầu ra, số thuế đầu vào, số thuế đã nộp, số thuế còn được khấu trừ, số thuế đề nghị hoàn, số thuế đề nghị hoàn kỳ này (chỉ tiêu [42] trên Tờ khai thuế GTGT có liên quan);

+ Xem xét số thuế trên các tờ khai với số thuế của các tháng trong kỳ hoàn thuế (số thuế xét hoàn phải bằng hay nhỏ hơn số thuế chưa được khấu trừ hết do CQT đang quản lý trên hệ thống tin học);

+ Đối chiếu phân bổ số thuế đầu vào được khấu trừ.

2. Về nội dung đối chiếu nợ thuế làm căn cứ bù trừ với số thuế được hoàn trong trường hợp người nộp thuế còn nợ tiền thuế, tiền phạt:

- Thời hạn bộ phận Quản lý nợ và Chi cục Thuế phải chuyển kết quả đối chiếu nợ cho bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế có liên quan nêu tại gạch đầu dòng thứ hai Điểm 1(a) Bước 3 Mục I/A Phần Hai Quy trình hoàn thuế 1458 chậm nhất không quá 02 (hai) ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị đối chiếu nợ.

- Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, trong quá trình thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, nếu người nộp thuế có chứng từ chứng minh đã nộp số thuế còn nợ vào ngân sách nhà nước (NSNN) thì đoàn kiểm tra của cơ quan thuế phải thể hiện chứng từ nộp thuế đó trên biên bản kiểm tra của cơ quan thuế làm căn cứ loại trừ số nợ thuế tương ứng cơ quan thuế đang theo dõi (nếu có) khi thực hiện bù trừ nợ thuế quy định tại Điểm 2(c) Bước 3 Mục I/A Phần Hai Quy trình hoàn thuế 1458.

Tổng cục Thuế ghi nhận ý kiến phản ảnh của các Cục Thuế về việc đối chiếu nợ thuế tại cấp Chi cục Thuế trong trường hợp Cục Thuế ra lệnh hoàn trả để nghiên cứu trình Bộ Tài chính xem xét sửa đổi, bổ sung Điểm 6.4.1 Mục I Phần B Thông tư số 128/2008/TT-BTC ngày 24/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thu và quản lý các khoản thu NSNN qua Kho bạc Nhà nước cho phù hợp. Trong khi chưa có hướng dẫn khác, đề nghị Cục Thuế tăng cường công tác quản lý nợ thường xuyên, kịp thời, đầy đủ, nhất là các Chi cục Thuế để báo cáo số nợ kịp thời, chính xác với Cục Thuế theo chế độ quy định, tạo thuận lợi cho công tác giải quyết hoàn thuế kịp thời, đúng quy định.

3. Về việc xác nhận nợ thuế và thẩm định hồ sơ hoàn thuế trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế thu nhập cá nhân quy định tại Điểm 1 Mục II/A Phần Hai Quy trình hoàn thuế 1458, đề nghị các Cục Thuế thực hiện theo nội dung hướng dẫn tại Điểm 2 Mục V Công văn số 1700/TCT-TNCN ngày 21/5/2010 của Tổng cục Thuế về việc hướng dẫn bổ sung quyết toán thuế thu nhập cá nhân năm 2009.

4. Về thời hạn giải quyết các bước công việc trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế:

Thời hạn giải quyết hoàn thuế và thời hạn cơ quan thuế phải thực hiện thông báo thủ tục hồ sơ hoàn thuế chưa đầy đủ đã được quy định, hướng dẫn cụ thể tại Khoản 2 Điều 47 Luật Quản lý thuế; các Điểm 1.6, 2.1 và 2.2 Mục II Phần G Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thì hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Khoản 3 Điều 4 Thông tư số 94/2010/TT-BTC ngày 30/6/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá xuất khẩu; Công văn số 4283/BTC-TCT ngày 08/4/2010 của Bộ Tài chính về việc bù trừ thuế, hoàn thuế theo quyết toán thuế của tổ chức trả thu nhập. Tại Quy trình hoàn thuế 1458, Tổng cục Thuế chỉ phân bổ thời hạn giải quyết theo quy định nêu trên phù hợp từng bước công việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế.

Trường hợp Cục Thuế xác định thời hạn thực hiện các bước công việc để giải quyết hồ sơ hoàn thuế quy định tại Quy trình hoàn thuế 1458 chưa phù hợp với đặc thù của Cục Thuế thì có thể điều chỉnh thời gian giải quyết từng bước công việc cho phù hợp nhưng phải đảm bảo đúng thời gian thực hiện theo các quy định, hướng dẫn tại các văn bản nêu trên cũng như thực hiện đúng chức năng nhiệm vụ của từng bộ phận có liên quan thuộc cơ quan thuế.

5. Về việc biểu mẫu thủ tục hoàn thuế trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế:

Quy trình hoàn thuế 1458 đã quy định cụ thể từng bước công việc, từng bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế. Việc quy định này là phù hợp với các quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn hiện hành; chức năng nhiệm vụ, thẩm quyền giải quyết hồ sơ hoàn thuế của cơ quan thuế các cấp. Tuy nhiên, theo chức năng, nhiệm vụ của cơ quan Thuế hiện hành, việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế có thể do một Phòng/Đội thuộc Cục Thuế/Chi cục Thuế thực hiện toàn bộ các bước công việc từ phân loại hồ sơ, giải quyết hồ sơ đến khi trình đề nghị thủ trưởng cơ quan thuế quyết định hoàn thuế hoặc trình cấp có thẩm quyền quyết định hoàn thuế, trường hợp này Phòng/Đội chỉ phải lập đầy đủ các nội dung, in và ký Phiếu đề nghị hoàn thuế (mẫu số 07/QTr-HT ban hành kèm theo Quy trình hoàn thuế 1458).

Trường hợp việc thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế và giải quyết hồ sơ hoàn thuế thuộc diện “hoàn thuế trước, kiểm tra sau” do một Phòng/Đội thực hiện, trong quá trình giải quyết hồ sơ nếu Phòng/Đội xác định hồ sơ hoàn thuế thuộc diện “hoàn thuế trước, kiểm tra sau” phải chuyển sang diện “kiểm tra trước, hoàn thuế sau” phải chuyển cho Phòng/Đội khác thực hiện thì Phòng/Đội chỉ phải lập đầy đủ các nội dung, in và ký Phiếu nhận xét hồ sơ hoàn thuế (mẫu số 03/QTr-HT ban hành kèm theo Quy trình hoàn thuế 1458) làm căn cứ trình thủ trưởng cơ quan thuế ra thông báo hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế và chuyển kèm hồ sơ đến Phòng/Đội có liên quan.

Trường hợp hồ sơ hoàn thuế thuộc diện “kiểm tra trước, hoàn thuế sau” thì thực hiện theo đúng quy định tại Quy trình hoàn thuế 1458.

6. Về lưu trữ hồ sơ hoàn thuế:

Việc lưu trữ hồ sơ hoàn thuế ở Cục Thuế và Chi cục Thuế được thực hiện theo quy định tại Điểm 2 Mục V/A Phần Hai Quy trình hoàn thuế 1458. Trường hợp do đặc thù của Cục Thuế không thể lưu trữ toàn bộ hồ sơ hoàn thuế do Chi cục Thuế chuyển lên trình Cục Thuế quyết định hoàn thuế thì Cục Thuế có thể hướng dẫn việc lưu trữ hồ sơ hoàn thuế trong nội bộ Cục Thuế (bao gồm cả các Chi cục Thuế trực thuộc) cho phù hợp nhưng phải tuân thủ đúng quy định về lưu trữ hồ sơ thuế hiện hành.

7. Về kiểm tra sau hoàn thuế:

- Đối với doanh nghiệp được hoàn thuế trước kiểm tra sau, cơ quan thuế phải tổ chức kiểm tra sau hoàn thuế theo chế độ quy định. Số lượng hồ sơ đã giải quyết hoàn thuế trước, kiểm tra sau phải kiểm tra sau hoàn (bao gồm cả trường hợp cơ quan thuế kết hợp kiểm tra số thuế đã hoàn trong thanh tra thuế) trong năm không dưới 50% (năm mươi phần trăm), trong đó phải kiểm tra sau hoàn 100% (một trăm phần trăm) đối với hồ sơ hoàn thuế trước, kiểm tra sau của doanh nghiệp đang báo cáo kết quả kinh doanh lỗ; Số 50% hồ sơ đã giải quyết hoàn thuế trước, kiểm tra sau còn lại được kiểm tra sau hoàn trong năm tiếp theo.

- Hàng tháng, các Cục Thuế, Chi cục Thuế có trách nhiệm tổng hợp Báo cáo chi tiết kết quả kiểm tra sau hoàn thuế và Báo cáo tổng hợp kết quả kiểm tra sau hoàn thuế theo các mẫu số 01/KTSH và số 02/KTSH (ban hành kèm Công văn này) của toàn cơ quan thuế.

Chi cục Thuế, Cục Thuế gửi các báo cáo nêu trên bằng văn bản về cơ quan thuế cấp trên trực tiếp căn cứ thời hạn gửi báo cáo quy định tại Điểm 1(d) Mục A/V Phần Hai Quy trình hoàn thuế 1458, cụ thể:

+ Chi cục Thuế gửi các báo cáo về Cục Thuế trước ngày 15 của tháng sau kỳ báo cáo;

+ Cục Thuế gửi Báo cáo tổng hợp kết quả kiểm tra sau hoàn thuế bằng văn bản về Tổng cục Thuế (và theo đường truyền về hộp thư điện tử: btbhanh01@gdt.gov.vn và ptpthuy@gdt.gov.vn) trước ngày 20 của tháng sau kỳ báo cáo.

Trong quá trình thực hiện, nếu có vướng mắc, đề nghị các Cục Thuế phản ánh về Tổng cục Thuế để nghiên cứu hướng dẫn kịp thời./.