Tổng cục Thuế nhận được đơn khiếu nại đề ngày 29/6/2017 của Doanh nghiệp tư nhân Minh Sáng (Công ty) về việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) mặt hàng mì lát (sắn lát khô) năm 2014 do Văn phòng Chính phủ chuyển tại công văn số 7323/VPCP-V.I ngày 13/7/2017. Về việc này, sau khi báo cáo Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Căn cứ khoản 5 Điều 5, khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính;

- Điểm a khoản 1 Điều 49 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa sau khi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa;

- Khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính;

- Công văn số 18304/BTC-TCHQ ngày 16/12/2014 của Bộ Tài chính về việc hoàn trả thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa.

Về hướng dẫn xử lý tiền thuế GTGT và hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu từ tháng 01/2014 và tháng 02/2014 của DNTN Minh Sáng, Bộ Tài chính đã có các công văn số: 5165/BTC-TCHQ ngày 21/4/2014, công văn 1414/BTC-TCHQ ngày 03/01/2017; Tổng cục Thuế đã có công văn số 2088/TCT-KK ngày 19/5/2017, theo đó đã hướng dẫn:

- Trường hợp doanh nghiệp đã nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu đối với mặt hàng nông sản làm thức ăn chăn nuôi từ tháng 01/2014 và tháng 02/2014 và đã kê khai, khấu trừ số tiền thuế GTGT đã nộp đối với hàng hóa nhập khẩu với cơ quan thuế thì không xử lý điều chỉnh lại.

- Trường hợp doanh nghiệp tư nhân Minh Sáng đã khai số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết (537.469.800đ) trong kỳ vào chỉ tiêu chuyển khấu trừ kỳ sau chỉ tiêu (43) - Thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau và không khai chỉ tiêu đề nghị hoàn thuế (chỉ tiêu 42) trên tờ khai thuế GTGT chính thức quý 2/2016 mà khai chỉ tiêu đề nghị hoàn thuế (chỉ tiêu 42) trên tờ khai thuế GTGT chính thức quý 3/2016 thì Doanh nghiệp tư nhân Minh Sáng không đủ điều kiện hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính

Như vậy, tại kỳ kê khai quý 2/2016, Công ty không đề nghị hoàn thuế GTGT. Đến ngày 1/10/2017, Công ty đề nghị hoàn trên tờ khai thuế GTGT quý 3/2016 và lập Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước số tiền 537.469.800 đồng với lý do hoàn số thuế GTGT chưa khấu trừ hết lũy kế 12 tháng của số thuế GTGT còn khấu trừ tại thời điểm trước 1/7/2017.

Từ ngày 01/7/2017, theo quy định tại khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính thì Công ty không được hoàn thuế đối với trường hợp lũy kế âm liên tục 12 tháng hoặc 4 quý tại Cơ quan Thuế. Tổng cục Thuế đã có công văn số 2088/TCT-KK ngày 19/5/2017, Cục thuế tỉnh Tây Ninh đã có công văn số 712/CT-KK trả lời đơn vị là đúng quy định.

Đối với số tiền thuế 537.469.800 đồng, Công ty đã nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu đối với mặt hàng mì lát (sắn lát khô) thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT khâu nhập khẩu theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC thì số thuế GTGT hàng nhập khẩu này được xác định là số thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa. Công ty đã kê khai, chuyển khấu trừ kỳ sau kể từ kỳ tính thuế tháng 2/2014 đến Quý 1/2017 số tiền thuế nộp thừa khâu nhập khẩu và không phát sinh số thuế GTGT đầu ra phải nộp, do đó bản chất số thuế còn được khấu trừ đến nay vẫn là số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa nhập khẩu nộp thừa và chưa được hoàn thuế GTGT tại cơ quan thuế thì:

- Công ty thực hiện thủ tục hoàn trả thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa tại cơ quan Hải quan theo hướng dẫn tại Điều 49 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 và công văn số 18304/BTC-TCHQ ngày 16/12/2014 của Bộ Tài chính.

- Công ty thực hiện điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã kê khai, khấu trừ với cơ quan thuế theo quy định.

Tổng cục Thuế thông báo để các đơn vị biết và thực hiện./.