Kính gửi: Công ty TNHH Phần mềm FPT.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 65/2012/CV/F80FT của Công ty TNHH Phần mềm FPT (sau đây gọi là Công ty FPT) ngày 23/5/2012 đề nghị hướng dẫn về thủ tục hoàn thuế nhà thầu theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần (sau đây gọi là Hiệp định). Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Về thủ tục khấu trừ thuế, hoàn thuế

Để được hoàn số thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đã nộp tại Malaysia theo Hiệp định, Công ty FPT có nghĩa vụ thực hiện các thủ tục theo hướng dẫn tại Điều 47, Chương VII, Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính.

2. Về thời hạn nộp hồ sơ đề nghị áp dụng Hiệp định

Mục VII, Phần D, Thông tư số 133/2004/TT-BTC ngày 31/12/2004 của Bộ Tài chính hướng dẫn:

“1. Trường hợp đối tượng cư trú của Nước ký kết cho rằng cơ quan thuế Việt Nam xác định nghĩa vụ thuế của mình không phù hợp với quy định của Hiệp định có thể khiếu nại theo trình tự quy định của luật thuế hoặc các văn bản về giải quyết khiếu nại của Việt Nam.

2. Người khiếu nại có thể không tiến hành khiếu nại theo trình tự nêu tại điểm 1 trên đây mà trực tiếp khiếu nại lên Nhà chức trách có thẩm quyền của Nước ký kết nơi đối tượng đó là đối tượng cư trú thuế.

3. Để tiến hành khiếu nại, người khiếu nại phải thực hiện đúng các quy định dưới đây:

3.1. Thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ đã được thông báo tại các quyết định xử lý của cơ quan thuế trước khi khiếu nại.

3.2. Việc khiếu nại phải được tiến hành trong vòng 3 năm kể từ khi có thông báo đầu tiên của cơ quan thuế dẫn đến việc xử lý thuế mà đối tượng nộp thuế cho là không đúng với Hiệp định. Đối với các loại thuế khấu trừ tại nguồn, thời hạn 3 năm kể từ khi khoản chi trả có liên quan đến nghĩa vụ thuế được thanh toán hoặc phát sinh - tùy theo từng Hiệp định.”

Hướng dẫn nêu trên chỉ áp dụng đối với đối tượng cư trú của Nước ký kết Hiệp định với Việt Nam, không áp dụng đối với đối tượng cư trú của Việt Nam (trong trường hợp này là Công ty FPT).

Đồng thời, tại các văn bản quy phạm pháp luật hiện nay chưa có quy định khống chế thời gian khấu trừ số thuế TNDN đã nộp ở nước ngoài vào số thuế TNDN phải nộp tại Việt Nam của đối tượng cư trú của Việt Nam. Do đó, Công ty FPT được xem xét khấu trừ số thuế TNDN đã nộp tại Malaysia vào số thuế TNDN phải nộp tại Việt Nam trong toàn bộ giai đoạn đề nghị (từ năm 2006 đến năm 2008) theo nguyên tắc quy định tại Khoản 2, Điều 24 (Xóa bỏ việc đánh thuế hai lần) của Hiệp định giữa Việt Nam và Malaysia.

Tổng cục Thuế thông báo Công ty FPT biết để thực hiện theo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật đã được trích dẫn tại văn bản này./.