Trả lời văn bản số 25/LT-TCKT ngày 24/03/2012 của Công ty về hóa đơn, chứng từ, Cục thuế TP có ý kiến như sau:

- Căn cứ Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về Thuế Giá trị gia tăng (GTGT) ;

- Căn cứ Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 11/01/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn về Luật quản lý thuế;

- Tại điểm 1 và 2 công văn số 1366/BTC-TCT ngày 03/02/2012 của Bộ Tài chính V/v hoàn thuế đối với các đơn vị xuất khẩu hàng hoá là nông, lâm, thuỷ sản xuất khẩu có chỉ đạo các Cục Thuế:

 “Tổ chức hướng dẫn việc thực hiện hoá đơn, chứng từ, kê khai nộp thuế GTGT đối với các đối tượng là đơn vị hạch toán phụ thuộc có trụ sở cùng địa phương với trụ sở chính của doanh nghiệp muốn đăng ký kê khai nộp thuế GTGT riêng theo phương pháp khấu trừ với Văn phòng trụ sở chính của doanh nghiệp theo quy định tại điểm 1b, Điều 10 Thông tư số 28/2011-TT-BTC như sau:

Điểm 1b Điều 10 Thông tư 28/2011/TT-BTC hướng dẫn:

“ Trách nhiệm nộp hồ sơ khai thuế GTGT cho cơ quan thuế:

 a) Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế GTGT cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

b) Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cùng nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì người nộp thuế thực hiện kê khai thuế GTGT chung cho cả đơn vị trực thuộc.

Nếu đơn vị trực thuộc có con dấu, tài khoản tiền gửi ngân hàng, trực tiếp bán hàng hoá, dịch vụ, kê khai đầy đủ thuế GTGT đầu vào, đầu ra có nhu cầu kê khai nộp thuế riêng phải đăng ký nộp thuế riêng và sử dụng hoá đơn riêng”.

Như vậy quy định này chỉ áp dụng cho các đơn vị hạch toán phụ thuộc kê khai nộp thuế GTGT đối với hàng hoá, dịch vụ do đơn vị trực tiếp bán cho người mua ngoài doanh nghiệp. Khi xuất bán hàng hoá, dịch vụ đơn vị sử dụng hoá đơn GTGT để tính thuế GTGT đầu ra, làm căn cứ kê khai thuế GTGT đầu ra. Đối với hàng hoá điều chuyển về doanh nghiệp, đơn vị sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ, không tính và kê khai thuế GTGT đầu ra.”

“ Cục Thuế tổ chức kiểm tra năm 2011 trở về trước đối với các đơn vị hạch toán phụ thuộc có trụ sở cùng địa phương (tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương) với trụ sở chính của doanh nghiệp, đã đăng ký, thực hiện kê khai nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, có mua hàng hoá là nông, lâm, thuỷ sản của người bán không có hoá đơn GTGT điều chuyển về doanh nghiệp để bán trong nước hoặc xuất khẩu (kể cả trường hợp mua hàng hoá là nông, lâm, thủy sản về để làm nguyên liệu sản xuất, chế biến sau đó xuất điều chuyển về doanh nghiệp để bán hoặc để xuất khẩu), đã sử dụng hoá đơn GTGT khi xuất điều chuyển hàng hoá về doanh nghiệp và kê khai, nộp thuế GTGT đối với hàng hoá điều chuyển nội bộ tại đơn vị hạch toán phụ thuộc không đúng quy định để yêu cầu đơn vị thực hiện điều chỉnh lại cho đúng chế độ quy định về việc sử dụng hoá đơn, chứng từ, kê khai, nộp thuế và hoàn thuế GTGT tại các đơn vị này từ năm 2011 trở về trước theo hướng dẫn tại điểm 1 công văn này.”

- Căn cứ công văn số 825/TCT-PC ngày 9/03/2012 của Tổng Cục Thuế V/v Hướng dẫn bổ sung công văn số 1366/BTC-TCT ngày 03/02/2012 của Bộ Tài chính.

Trường hợp của Công ty, theo trình bày có 3 đơn vị trực thuộc có trụ sở cùng địa phương với trụ sở chính của Công ty hạch tóan phụ thuộc kê khai thuế GTGT trực tiếp tại Cục thuế TP thì khi thực hiện việc điều động, luân chuyển hàng hóa ( hàng nông, lâm, thủy sản và các loại hàng hoá khác) giữa Công ty và 3 đơn vị trực thuộc, giữa các đơn vị trực thuộc với nhau phải sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ kèm theo Lệnh điều động nội bộ ( nếu điều chuyển để tiêu dùng nội bộ thì vẫn sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ, đơn vị nhận điều chuyển khi xuất tiêu dùng lập hoá đơn GTGT theo quy định). Trường hợp từ ngày 01/01/2012 khi điều chuyển hàng hoá, Công ty và các đơn vị phụ thuộc sử dụng hoá đơn GTGT thay vì Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ thì hai bên lập Biên bản thu hồi hoá đơn GTGT, lập lại Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ thực hiện kê khai điều chỉnh theo quy định.

Về xử lý đối với hàng hoá là nông, lâm, thuỷ sản đơn vị phụ thuộc mua của người bán không có hoá đơn, từ ngày 01/07/2007 đến hết ngày 31/12/2011 khi điều chuyển hàng hoá về Công ty để bán hoặc xuất khẩu đã sử dụng hoá đơn GTGT, kê khai và nộp thuế GTGT, Công ty đã kê khai khấu trừ (hoàn thuế) thì hai bên thực hiện điều chỉnh lại về hoá đơn, chứng từ kê khai, nộp thuế và hoàn thuế theo quy định. Trường hợp sau khi điều chỉnh, đơn vị phụ thuộc có số thuế GTGT phải nộp ít hơn số thuế đã kê khai, đã nộp dẫn đến nộp thừa Ngân sách thì được kết chuyển bù trừ vào số thuế GTGT phải nộp của lần sau hoặc được hoàn trả trực tiếp từ Ngân sách theo quy định hiện hành, đơn vị phụ thuộc không được bù trừ số thuế GTGT nộp thừa với số thuế GTGT phải truy hoàn (nếu có) tại Công ty.

Cục Thuế TP trả lời để Công ty biết ./.