Tổng cục Thuế nhận được công văn số 215/CT-TTr ngày 05/01/2012, công văn số 10154/CT-HTr ngày 7/5/2012 của Cục Thuế thành phố Hà Nội về việc trả lời chính sách thuế, công văn số 110/CV-DIC.TB ngày 25/10/2012 của Công ty cổ phần đầu tư phát triển xây dựng Thanh Bình v/v hoàn thuế GTGT, công văn số 974/CT-KTr2 ngày 7/2/2013 và công văn số 8638/CT-KTr2 ngày 21/8/2013 của Cục Thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu v/v thuế giá trị gia tăng như sau:

Ngày 5/1/2012, Cục Thuế thành phố Hà Nội có công văn số 215/CT-TTr đề nghị Tổng cục cho ý kiến chỉ đạo về vướng mắc liên quan đến Tổng công ty Vật tư nông nghiệp về Hợp đồng bồi thường Dự án nằm trên địa bàn tỉnh Đồng Nai (Hợp đồng số 05/HĐKT/VTNN-KNP-TB giữa Tổng công ty vật tư nông nghiệp và Liên doanh (Công ty đầu tư phát triển xây dựng Thanh Bình và Công ty dịch vụ đầu tư Kim Ngân Phát), có thuộc đối tượng chịu thuế GTGT hay không và hướng dẫn đơn vị thực hiện việc điều chỉnh hóa đơn (nếu có) theo đúng quy định của pháp luật. Tại công văn số 215/CT-TTr, Cục Thuế thành phố Hà Nội đã có ý kiến đề xuất như sau:

“Trường hợp Tổng công ty Vật tư nông nghiệp được UBND tỉnh Đồng Nai chấp nhận chủ trương và giới thiệu địa điểm cho lập thủ tục đầu tư Dự án khu dân cư theo quy hoạch tại xã Hiệp Phước, huyện Nhơn Trạch, tỉnh Đồng Nai. Tổng công ty đã thực hiện triển khai các chi phí đầu tư cho dự án, nay ký hợp đồng kinh tế, chuyển nhượng cho Liên doanh gồm: Công ty cổ phần đầu tư phát triển Thanh Bình và Công ty cổ phần dịch vụ đầu tư Kim Ngân Phát thì khi nhận được 25,5 tỷ đồng từ Liên doanh, Tổng công ty vật tư nông nghiệp phải xuất hóa đơn GTGT với thuế suất 10% và kê khai, nộp thuế GTGT với khoản thu này.

Trường hợp khoản tiền mà Tổng công ty vật tư nông nghiệp đã chi gồm cả chi phí bồi thường giải phóng mặt bằng thì Tổng công ty vật tư nông nghiệp sẽ được trừ chi phí bồi thường giải phóng mặt bằng khi xác định doanh thu tính thuế GTGT theo quy định.

Trường hợp Tổng công ty vật tư nông nghiệp đã xuất hóa đơn GTGT với thuế suất thuế GTGT là 10% (bao gồm cả khoản chi phí bồi thường giải phóng mặt bằng) thì Tổng công ty vật tư nông nghiệp và Công ty cổ phần đầu tư phát triển Thanh Bình phải lập biên bản hoặc có thỏa thuận bằng văn bản ghi rõ sai sót, đồng thời Tổng công ty vật tư nông nghiệp lập hóa đơn điều chỉnh sai sót. Hóa đơn ghi rõ điều chỉnh (tăng, giảm) số lượng hàng hóa, giá bán, thuế suất thuế GTGT …, tiền thuế giá trị gia tăng cho hóa đơn số …, ký hiệu …. Căn cứ vào hóa đơn điều chỉnh, Tổng công ty Vật tư nông nghiệp và Công ty cổ phần đầu tư phát triển Thanh Bình kê khai điều chỉnh doanh số mua, bán, thuế đầu ra, đầu vào. Hóa đơn điều chỉnh không được ghi số âm (-)."

Để có cơ sở xử lý vướng mắc nêu trên, Tổng cục Thuế đã có công văn số 4150/TCT-CS ngày 21/11/2012 đề nghị Cục Thuế tỉnh Đồng Nai báo cáo một số nội dung liên quan.

Ngày 14/12/2012, Cục Thuế tỉnh Đồng Nai có công văn số 6343/CT-THNVDT báo cáo về nội dung nêu trên. Theo quan điểm của Cục Thuế tỉnh Đồng Nai thì:

"Việc thỏa thuận giữa Tổng công ty vật tư Nông nghiệp và Liên doanh tại Hợp đồng số 05/HĐKT/VTNN-KNP-TB về thực chất là Hợp đồng thỏa thuận quyền được tiếp tục đầu tư vào Dự án; đây không phải là hoạt động chuyển nhượng quyền sử dụng đất theo quy định của pháp luật đất đai/ không phải chuyển nhượng toàn bộ dự án theo quy định của pháp luật về kinh doanh bất động sản, vì hoạt động này chưa đảm bảo được các điều kiện quy định tại Điều 62 Luật đất đai năm 2003 và Điều 7 Luật kinh doanh bất động sản năm 2006".

"Việc Tổng công ty vật tư nông nghiệp xuất 02 hóa đơn giá trị gia tăng, thực hiện khai thuế đầu ra tại Cục Thuế thành phố Hà Nội và Công ty cổ phần đầu tư phát triển xây dựng Thanh Bình kê khai khấu trừ thuế đầu vào tại Cục Thuế tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu là phù hợp với quy định của pháp luật."

Ngày 7/2/2013, Cục Thuế tỉnh Bà Rịa-Vũng Tàu có công văn số 974/CT-KTr đề nghị giải đáp vướng mắc liên quan đến nội dung nêu trên và đề xuất quan điểm xử lý như sau: "Căn cứ vào điểm 2.18, mục IV phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC, hai hóa đơn GTGT của Tổng công ty vật tư Nông nghiệp xuất cho Công ty cổ phần Đầu tư phát triển xây dựng Thanh Bình với nội dung: Bồi thường dự án xây dựng khu dân cư tại xã Hiệp Phước, huyện Nhơn Trạch, tỉnh Đồng Nai thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT nên Công ty cổ phần đầu tư Phát triển xây dựng Thanh Bình không được khấu trừ, hoàn thuế GTGT của 02 hóa đơn này."

Tại điểm 3, Mục II và tiết b điểm 1 mục III phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế GTGT và hướng dẫn thi hành Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 08/12/2008 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế GTGT quy định:

"Mức thuế suất 10% áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ không được quy định tại Mục II, Phần A, điểm 1,2 Mục II, Phần B Thông tư này."

Tại khoản 3, Điều 18, Thông tư số 64/2013/TT-BTC ngày 15/5/2013 hướng dẫn thi hành Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 của Chính phủ quy định về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ quy định:

"3. Trường hợp hóa đơn đã lập và giao cho người mua, đã giao hàng hóa, cung ứng dịch vụ, người bán và người mua đã kê khai thuế, sau đó phát hiện sai sót thì người bán và người mua phải lập biên bản hoặc có thỏa thuận bằng văn bản ghi rõ sai sót, đồng thời người bán lập hóa đơn điều chỉnh sai sót. Hóa đơn ghi rõ điều chỉnh (tăng, giảm) số lượng hàng hóa, giá bán, thuế suất thuế giá trị gia tăng …, tiền thuế giá trị gia tăng cho hóa đơn số ..., ký hiệu …. Căn cứ vào hóa đơn điều chỉnh, người bán và người mua kê khai điều chỉnh doanh số mua, bán, thuế đầu ra, đầu vào. Hóa đơn điều chỉnh không được ghi số âm (-)."

Căn cứ quy định nêu trên, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Trường hợp chuyển nhượng theo Hợp đồng số 05/HĐKT/VTNN-KNP-TB ngày 17/4/2007 giữa Tổng công ty vật tư nông nghiệp và Liên doanh (Công ty đầu tư phát triển xây dựng Thanh Bình và Công ty dịch vụ đầu tư Kim Ngân Phát) về việc thỏa thuận bồi thường Dự án xây dựng Khu dân cư tại xã Hiệp Phước, huyện Nhơn Trạch, tỉnh Đồng Nai nếu việc thực hiện đảm bảo phù hợp với quy định của pháp luật thì Tổng cục Thuế thống nhất với ý kiến xử lý của Cục Thuế thành phố Hà Nội tại công văn số 215/CT-TTr ngày 05/1/2012 nêu trên.

Tổng cục Thuế trả lời Cục Thuế được biết và căn cứ quy định, tình hình thực tế của doanh nghiệp để hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện theo quy định.