Kính gửi: Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 1407/CT-KT1 ngày 13/2/2018 của Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh về hoàn thuế GTGT tại Công ty TNHH MTV Nhà máy Trang thiết bị y tế USM Healthcare. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung Điều 13 của Luật thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 đã được sửa đổi, bổ sung một số Điều theo Luật số 31/2013/QH13 quy định:

“3. Khoản 1 và Khoản 2 Điều 13 được sửa đổi, bổ sung như sau:

“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.””

Tại điểm 2(a) Khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế và sửa đổi một số điều tại các Thông tư về thuế quy định:

“Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế đối với dự án đầu tư như sau:

a) Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.”

Tại khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính quy định: “2. Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp hướng dẫn tại điểm c Khoản 3 Điều này. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.”

Tại khoản 3 Điều 11 Thông tư số 156/2016/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ như sau: “3. Khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ

…

b) Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng tháng, quý áp dụng phương pháp khấu trừ thuế

- Tờ khai thuế giá trị gia tăng theo mẫu số 01/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này;

…

Hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư bao gồm:

- Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư theo mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này;”

Tại công văn, Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh có nêu: Cục Thuế đã hoàn thuế (02 kỳ hoàn) cho Công ty CP nhà máy trang thiết bị y tế USM Healthcare (được chuyển đổi từ Công ty TNHH MTV Nhà máy United Healthcare)-MST: 0312041033 với trường hợp hoàn thuế là dự án đầu tư, tên dự án “Đầu tư xây dựng nhà xưởng, mua sắm máy móc thiết bị (theo giấy chứng nhận đầu tư của BQL khu CN cao thành phố HCM-Dự án xây dựng Nhà máy United Healthcare) .Tuy nhiên, qua kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế tại Công ty, Cục Thuế phát hiện việc hoàn thuế trong giai đoạn đầu tư nêu trên có bao gồm khoản hỗ trợ kinh phí dự án nghiên cứu khoa học có mua máy móc thiết bị phục vụ cho việc nghiên cứu (dự án “Nghiên cứu phát triển và làm chủ quy trình công nghệ sản xuất bóng nong mạch và stent phủ thuốc bằng công nghệ nano”) theo hợp đồng Nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ số 01/2013/HĐ-CTCNC ngày 1/10/2013 với Ban chủ nhiệm Chương trình nghiên cứu, đào tạo và xây dựng hạ tầng kỹ thuật công nghệ cao-Bộ Khoa học Công nghệ thuộc Chương trình quốc gia phát triển công nghệ cao.

Tuy nhiên, Cục Thuế không nêu rõ về vấn đề vướng mắc cần giải quyết: vướng mắc về điều kiện và thủ tục khấu trừ, hoàn thuế đối với dự án đầu tư hay vướng mắc liên quan đến kinh phí từ ngân sách nhà nước do Bộ Khoa học Công nghệ đại diện dành cho dự án nghiên cứu khoa học có liên quan đến số thuế GTGT kê khai và hoàn thuế trong 2 kỳ hoàn cụ thể như thế nào? Cục Thuế cũng không có đề xuất xử lý cụ thể.

Do đó, đề nghị Cục Thuế căn cứ chế độ quy định nêu trên và tình hình thực tế để giải quyết theo quy định.

Tổng cục Thuế có ý kiến để Cục Thuế được biết./.