Ngày 29/5/2013, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 826/QĐ-TTg sửa đổi bổ sung một số điều của Quyết định số 2406/QĐ-TTg ngày 18/12/2011 của Thủ tướng Chính phủ ban hành danh mục các Chương trình mục tiêu quốc gia giai đoạn 2012-2015 và các Quyết định ban hành Chương trình mục tiêu quốc gia giai đoạn 2012-2015. Theo đó, nội dung hoạt động của Dự án 5 thuộc Chương trình MTQG VSATTP giao Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì thực hiện đã điều chỉnh, loại bỏ các nội dung, cụ thể như sau:

- Hỗ trợ hoàn thiện hệ thống quy định, quy chuẩn kỹ thuật phục vụ quản lý chất lượng, an toàn thực phẩm nông lâm thủy sản;

- Tuyên truyền, phổ biến pháp luật;

- Đào tạo, tập huấn nguồn nhân lực;

- Tăng cường năng lực kiểm nghiệm phục vụ quản lý chất lượng, an toàn thực phẩm nông lâm thủy sản;

Lý do là các nội dung nêu trên đã được phê duyệt trong nội dung các Dự án 1, 2, 3 do Bộ Y tế chủ trì (Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Công thương phối hợp) theo Quyết định số 1228/QĐ-TTg ngày 7/9/2012 của Thủ tướng Chính phủ.

Năm 2013, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn được Bộ Y tế phân bổ 500.000.000 đ (năm trăm triệu đồng) từ Dự án 2 - Thông tin giáo dục truyền thông đảm bảo chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm để triển khai hoạt động về truyền thông và 270.000.000 đ (hai trăm bảy mươi triệu đồng) từ Dự án 1 - Nâng cao năng lực quản lý chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm (do Bộ Y tế chủ trì) để hỗ trợ mua sắm trang thiết bị kiểm tra. Tuy nhiên, kinh phí này là rất hạn chế để Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn 63 tỉnh/thành phố triển khai các trách nhiệm quản lý nhà nước được quy định tại Điều 63 Luật An toàn thực phẩm và Nghị định số 38/2012/NĐ-CP của Chính phủ.

Theo quy định tại Luật An toàn thực phẩm (Điều 63) và Nghị định số 38/2012/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật An toàn thực phẩm (Điều 21), Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn được giao trách nhiệm quản lý toàn bộ quá trình sản xuất ban đầu nông, lâm, thủy sản, muối và quản lý an toàn thực phẩm trong suốt quá trình sản xuất, thu gom, giết mổ, sơ chế, chế biến, bảo quản, vận chuyển, xuất khẩu, nhập khẩu, kinh doanh của các nhóm ngành hàng (ngũ cốc, thịt và các sản phẩm từ thịt, thủy sản và sản phẩm thủy sản, rau, củ, quả và sản phẩm rau, củ, quả, trứng và các sản phẩm từ trứng, sữa tươi nguyên liệu, mật ong và các sản phẩm từ mật ong, thực phẩm biến đổi gen, muối, gia vị, đường, chè, cà phê, cacao, hạt tiêu, điều và các nông sản thực phẩm, dụng cụ, vật liệu bao gói chứa đựng thực phẩm thuộc lĩnh vực được phân công). Theo đó, một khối lượng lớn nhiệm vụ trước đây do Bộ Y tế, Bộ Công Thương chủ trì thực hiện nay được chuyển giao cho Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

Để nhanh chóng triển khai các nhiệm vụ cấp bách được giao theo phân công tại Luật An toàn thực phẩm và Nghị định số 38/2012/NĐ-CP ngày 25/4/2012, cũng như triển khai đầy đủ các nội dung nhằm đạt được mục tiêu của Chương trình MTQG ATTP nói chung và Dự án 5 nói riêng (theo Quyết định số 1228/QĐ-TTg và Quyết định số 826/QĐ-TTg), đề nghị Bộ Y tế sớm chủ trì, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Bộ Công Thương xây dựng và phê duyệt nguyên tắc, cơ chế và tiêu chí phân bổ vốn đối với từng dự án thành phần, đặc biệt là các Dự án 1, 2, 3 do Bộ Y tế chủ trì thuộc Chương trình MTQG VSATTP sau khi xin ý kiến của Bộ Kế hoạch và Đầu tư và Bộ Tài chính theo đúng quy định tại Điểm d Khoản 7 Điều 1 Quyết định 1228/QĐ-TTg ngày 07/9/2012 của Thủ tướng Chính phủ.

Thực hiện Thông tư liên tịch số 31/2009/TTLT-BNNPTNT-BNV ngày 5/6/2009 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn - Bộ Nội vụ hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, tổ chức và biên chế của Chi cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản trực thuộc Sở Nông nghiệp và PTNT, 61/63 Sở Nông nghiệp và PTNT tỉnh/thành phố đã hình thành Chi cục Quản lý Chất lượng nông lâm sản và thủy sản. Để xây dựng và tăng cường năng lực quản lý nhà nước về chất lượng, an toàn thực phẩm cho hệ thống các Chi cục Quản lý Chất lượng nông lâm sản và thủy sản địa phương mới được hình thành, đề nghị Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính, Bộ Y tế xem xét và phân bổ kinh phí hàng năm cho các nội dung hoạt động thuộc Dự án số 5 "Bảo đảm vệ sinh an toàn thực phẩm trong sản xuất nông, lâm, thủy sản" Chương trình MTQG VSATTP tương ứng với nhiệm vụ quản lý ATTP nông lâm thủy sản đã được phân công cho Bộ NN&PTNT chủ trì thực hiện, đặc biệt là nội dung "đầu tư xây dựng trụ sở làm việc và cung cấp các trang thiết bị thiết yếu cho các Chi cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản" nêu tại Khoản 6 Điều 1 Quyết định số 826/QĐ-TTg, đồng thời xem xét phân bổ kinh phí phù hợp từ các nguồn vốn đầu tư khác cho hoạt động đầu tư xây dựng trụ sở làm việc và cung cấp trang thiết bị kiểm tra, kiểm nghiệm cho các Chi cục Quản lý chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản.