Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Sơn La.

Trả lời công văn số 287/CT-THNVDT ngày 19/4/2011 của Cục thuế tỉnh Sơn La về việc xử lý trường hợp cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai thuế giá trị gia tăng (GTGT) theo phương pháp khấu trừ nhưng không đáp ứng được các điều kiện để được áp dụng phương pháp này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ tại Điểm 2.1 (b) Mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn: “2.1. Phương pháp tính trực tiếp trên GTGT áp dụng đối với các đối tượng sau đây:

a) Cá nhân, hộ kinh doanh không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật.

b) Tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh không theo Luật đầu tư và các tổ chức khác không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật.

c) Hoạt động kinh doanh mua bán vàng, bạc, đá quý, ngoại tệ”.

Căn cứ hướng dẫn nêu trên thì phương pháp tính trực tiếp trên GTGT chỉ áp dụng đối với các đối tượng là: cá nhân, hộ kinh doanh, tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh không theo Luật Đầu tư và các đơn vị sự nghiệp có thu mà các đối tượng này không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật; hoạt động kinh doanh mua bán vàng, bạc, đá quý, ngoại tệ.

Như vậy, cơ sở kinh doanh là doanh nghiệp phải kê khai thuế theo phương pháp khấu trừ, không được đăng ký, chuyển đổi sang phương pháp tính trực tiếp trên GTGT. Trường hợp doanh nghiệp thuộc đối tượng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế, qua công tác thanh tra, kiểm tra phát hiện doanh nghiệp không đáp ứng được các điều kiện quy định thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp áp dụng biện pháp ấn định thuế phải nộp và ra thông báo chuyển sang phương pháp tính thuế thích hợp theo quy định.

Cơ quan thuế phải xác định lại (ấn định) nghĩa vụ thuế GTGT của doanh nghiệp đối với thời gian đã tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ nhưng không đáp ứng đủ điều kiện quy định như nêu trên, kết quả xác định lại này thay thế cho kết quả xác định thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ mà cơ sở kinh doanh đã thực hiện. Như vậy, cơ sở kinh doanh phải hoàn trả lại số thuế GTGT đã được hoàn trong thời gian tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ (nếu có) do đã được xác định lại, và không được chuyển số thuế GTGT còn được khấu trừ (theo kê khai cũ) để bù trừ với nghĩa vụ thuế GTGT phải nộp sau khi đã chuyển đổi sang tính thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục thuế tỉnh Sơn La biết./.