Trả lời công văn số 2824/CT-TTr1 ngày 24/07/2013 và công văn số 3509/CT- TTr1 ngày 30/08/2013 của Cục thuế tỉnh Hải Dương; công văn số 139/CV-ĐA ngày 12/08/2013 của Công ty cổ phần Đại An đề nghị hướng dẫn việc truy thu thuế và xử phạt đối với trường hợp của Công ty cổ phần Đại An, sau khi đã báo cáo và xin ý kiến chỉ đạo của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Về xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp:

- Tại Điểm 3.6, Mục II, Phần B, Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003 của Bộ Tài chính có hướng dẫn về xác định doanh thu đối với trường hợp cho thuê tài sản:

"3.6 ...

Trường hợp cơ sở kinh doanh trong thời gian ưu đãi thuế lựa chọn phương pháp xác định doanh thu để tính thu nhập chịu thuế là toàn bộ số tiền thuê bên thuê trả trước cho nhiều năm thì thu nhập chịu thuế được miễn thuế, giảm thuế bằng (=) tổng thu nhập chịu thuế chia (:) cho số năm bên thuê trả tiền trước nhân (x) với số năm được miễn thuế, giảm thuế".

- Tại Tiết h, Khoản 3, Mục II, Phần B, Thông tư số 134/2007/TT-BTC của Bộ Tài chính có hướng dẫn về xác định doanh thu đối với một số trường hợp:

"h....

Trường hợp cơ sở kinh doanh đang trong thời gian ưu đãi thuế lựa chọn phương pháp xác định doanh thu để tính thu nhập chịu thuế là toàn bộ số tiền thuê bên thuê trả trước cho nhiều năm thì việc xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp từng năm miễn thuế, giảm thuế căn cứ vào tổng số thuế thu nhập doanh nghiệp của số năm trả tiền trước chia (:) cho số năm bên thuê trả tiền trước".

- Tại Khoản 3.5, Mục III, Phần c, Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính quy định về doanh thu để tính thu nhập chịu thuế trong một số trường hợp quy định:

"Đối với hoạt động cho thuê tài sản là số tiền bên thuê trả từng kỳ theo hợp đồng thuê. Trường hợp bên thuê trả tiền thuê trước cho nhiều năm thì doanh thu để tính thu nhập chịu thuế được phân bổ cho số năm trả tiền trước".

Theo các hướng dẫn nêu trên, trường hợp trong niên độ thanh tra (năm 2007 đến năm 2009) Công ty cổ phần Đại An thực hiện kê khai ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp một lần cho cả thời gian thuê thì phải tính lại số thuế được ưu đãi miễn giảm và số thuế phải nộp theo từng năm. Số thuế còn phải nộp còn lại thực hiện nộp Ngân sách Nhà nước theo từng năm phát sinh theo quy định tại từng thời điểm tương ứng.

Việc Công ty cổ phần Đại An đã thực hiện thu tiền cho thuê đất trong Khu công nghiệp Đại An nhưng sau đó, các đơn vị này có thực hiện trả lại đất và thu lại tiền thì Công ty cổ phần Đại An thực hiện theo quy định tại Luật Quản lý thuế.

2. Về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế:

Trường hợp năm 2006, Cục thuế tỉnh Hải Dương đã thực hiện thanh tra việc chấp hành nghĩa vụ thuế tại Công ty cổ phần Đại An, tại Biên bản thanh tra năm 2006 không đề cập đến việc xác định ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh thu thu tiền thuê đất một lần cho cả giai đoạn nên không xử phạt vi phạm hành chính đối với hành vi chậm nộp và không xử phạt về hành vi khai sai dẫn đến thiếu thuế.

Tổng cục Thuế trả lời để các đơn vị được biết và đề nghị Công ty cổ phần Đại An căn cứ vào tình hình thực tế của đơn vị liên hệ với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để được hướng dẫn thực hiện theo quy định.