Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp

Tổng cục Thuế nhận được Công văn số 2745/CT-TTr ghi ngày 28/11/2018 của Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp, Công văn không số ghi ngày 26/11/2018 của Công ty CP Thủy HS An Phú về việc xin ý kiến xử lý sau khi có kết quả giải quyết khiếu nại lần hai tại Quyết định số 1208/QĐ-TCT ngày 19/7/2018 của Tổng cục Thuế. Về việc này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại Khoản 1, Điểm a; Khoản 9, Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính (sửa đổi khoản 1 Điều 4 và khoản 2 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC) quy định:

“1. Sửa đổi khoản 1 Điều 4 như sau:

“1. Sản phẩm trồng trọt (bao gồm cả sản phẩm rừng trồng), chăn nuôi, thủy sản, hải sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.

…

9. Sửa đổi, bổ sung Điều 14 như sau:

a) Sửa đổi khoản 2 Điều 14 như sau:

“2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT, doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra bao gồm cả doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế không hạch toán riêng được.””

Tại khoản 5 Điều 3 Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn: “Điều 3. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:

“…

5. Bổ sung ví dụ số 58a tại khoản 4 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:

“Ví dụ số 58a: Doanh nghiệp A đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất khép kín từ khâu nuôi trồng (bao gồm cả thuê gia công nuôi trồng mà doanh nghiệp A đầu tư toàn bộ giống, ao, hồ, hàng rào, hệ thống tưới tiêu, tàu thuyền và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y…), đến khâu chế biến phi-lê cá tra đông lạnh để xuất khẩu và bán trong nước. Trong quá trình sản xuất doanh nghiệp A đã mua thêm cá tra của các doanh nghiệp khác hoặc của các hộ nông dân. Cá tra mua ngoài trước khi đưa vào nhà máy đều được tập trung nuôi tại ao hồ của doanh nghiệp A cùng cá tra do doanh nghiệp A tự nuôi. Cá tra do doanh nghiệp tự nuôi và cá tra mua ngoài được đưa vào nhà máy chế biến thành sản phẩm cá tra phi-lê (cá fillet) qua công đoạn và theo quy trình: Cá nguyên liệu - làm sạch - cắt đầu, lột da - bỏ nội tạng - cắt phi-lê - ướp muối - đông lạnh - xuất bán. Doanh nghiệp A được thực hiện kê khai khấu trừ thuế GTGT như sau:

- Doanh nghiệp A được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại nhà máy phục vụ khâu sơ chế cá tra phi-lê theo quy trình nêu trên.

- Cá tra phi-lê có nguồn gốc do doanh nghiệp A tự nuôi để xuất khẩu được áp dụng thuế suất 0% và doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào có liên quan đến hoạt động xuất khẩu cá tra phi-lê. Trường hợp doanh nghiệp nuôi cá tra sau đó chế biến thành cá tra phi-lê vừa để xuất khẩu vừa để bán trong nước thì thuế GTGT đầu vào được phân bổ theo tỷ lệ % doanh thu xuất khẩu/Tổng Doanh thu (doanh thu xuất khẩu và doanh thu bán trong nước).””

Căn cứ quy định nêu trên, Tổng cục Thuế đã ban hành Quyết định giải quyết khiếu nại lần hai số 1208/QĐ-TCT ngày 19/7/2018 đối với Công ty CP Thủy Hải sản An Phú. Theo đó việc phân bổ thuế GTGT đầu vào được khấu trừ tại vùng nuôi được xác định trên nguyên tắc tại vùng nuôi nếu doanh nghiệp hạch toán riêng được thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ thì số thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ sẽ được tính vào chi phí. Trường hợp doanh nghiệp không hạch toán riêng được thì số thuế GTGT không được khấu trừ được xác định theo tỷ lệ Doanh thu cá bán ra tại vùng nuôi/Tổng doanh thu cá nuôi x Thuế GTGT tại vùng nuôi.

Cụ thể:

- Năm 2015: Trường hợp công ty không hạch toán riêng được thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ tại vùng nuôi thì số thuế GTGT không được khấu trừ được xác định theo tỷ lệ Doanh thu cá bán ra tại vùng nuôi/Tổng doanh thu cá nuôi x Thuế GTGT tại vùng nuôi.

- Năm 2016: Trường hợp công ty đã tự hạch toán riêng và tính trực tiếp vào chi phí mà không kê khai khấu trừ toàn bộ thuế GTGT phát sinh tại vùng nuôi thì số thuế GTGT nêu trên sẽ được tính vào chi phí.

Yêu cầu Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp căn cứ Quyết định giải quyết khiếu nại lần hai số 1208/QĐ-TCT của Tổng cục Thuế, kiểm tra xác định công ty có hạch toán riêng được thuế GTGT đầu vào tại vùng nuôi hay không để xử lý theo quy định Pháp luật và Quyết định giải quyết khiếu nại.

Đối với các trường hợp khác trên địa bàn, đề nghị Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp căn cứ tình hình thực tế và giải quyết theo đúng quy định pháp luật từng thời kỳ./.