Kính gửi: Cục thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương

Bộ Tài chính nhận được công văn số 2006/CV-THNVDT ngày 02/7/2009 của Cục Thuế tỉnh Gia Lai hỏi về quyền khai bổ sung quyết toán thuế khi xử lý kiến nghị của cơ quan Kiểm toán nhà nước (KTNN). Căn cứ vào kiến nghị của KTNN tại các Cục Thuế về xử lý thuế tại các doanh nghiệp, để các Cục Thuế và doanh nghiệp nghiêm túc chấp hành kiến nghị của KTNN, Bộ Tài chính hướng dẫn việc chấp hành kiến nghị của KTNN như sau:

- Căn cứ điểm b khoản 2, khoản 3 Điều 9 Luật Kiểm toán nhà nước số 37/2005/QH11 ngày 14/6/2005 của Quốc hội quy định giá trị của báo cáo kiểm toán:

“2. Báo cáo kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước là một trong những căn cứ để:

…

b) Chính phủ, cơ quan quản lý nhà nước và tổ chức, cơ quan khác của Nhà nước sử dụng trong công tác quản lý, điều hành và thực thi nhiệm vụ của mình;

...

3. Cơ quan, người có thẩm quyền sử dụng kết luận kiểm toán quyết định việc chấp nhận kết luận kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước và chịu trách nhiệm trước pháp luật về quyết định của mình.

Kết luận kiểm toán đã được cơ quan, người có thẩm quyền chấp nhận có giá trị bắt buộc thực hiện. ”

- Căn cứ Điều 106 Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 ngày 29/11/2006 của Quốc hội quy định xử phạt đối với hành vi chậm nộp tiền thuế:

“2. Người nộp thuế khai sai dẫn đến làm thiếu số tiền phải nộp hoặc không khai thuế nếu tự giác khắc phục hậu quả bằng cách nộp đủ số tiền thuế phải nộp trước khi cơ quan có thẩm quyền phát hiện thì bị xử phạt chậm nộp thuế theo quy định tại Điều này, nhưng không bị xử phạt vi phạm thủ tục hành chính thuế, thiếu thuế, trốn thuế.”

- Căn cứ Điều 107 Luật Quản lý thuế quy định xử phạt đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn:

“Người nộp thuế đã phản ánh đầy đủ, trung thực các nghiệp vụ kinh tế làm phát sinh nghĩa vụ thuế trên sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ nhưng khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn hoặc khai sai nhưng không thuộc các trường hợp quy định tại khoản 6 và khoản 7 Điều 108 của Luật này dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn thì phải nộp đủ số tiền thuế khai thiếu, nộp lại số tiền thuế được hoàn cao hơn và bị xử phạt 10% số tiền thuế khai thiếu, số tiền thuế được hoàn cao hơn và phạt tiền thuế chậm nộp trên số tiền thuế thiếu hoặc số tiền thuế được hoàn cao hơn.”

- Căn cứ Điều 13 Nghị định số 98/2007/NĐ-CP ngày 7/6/2007 quy định về xử lý vi phạm pháp luật về thuế và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế; Mục III Phần B Thông tư số 61/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện xử lý vi phạm pháp luật về thuế quy định xử phạt đối với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn:

”1. Các trường hợp khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn bị xử phạt thiếu thuế bao gồm:

1.1. Hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, tăng số thuế được miễn, giảm, nhưng người nộp thuế đã ghi chép kịp thời, đầy đủ, trung thực các nghiệp vụ kinh tế làm phát sinh nghĩa vụ thuế trên sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ khi lập báo cáo tài chính, quyết toán thuế;

1.2. Hành vi khai sai của người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, số thuế được giảm, người nộp thuế chưa điều chỉnh, ghi chép đầy đủ vào sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ kê khai thuế, nhưng khi bị cơ quan có thẩm quyền phát hiện, người vi phạm đã tự giác nộp đủ số tiền thuế khai thiếu vào Ngân sách Nhà nước trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền lập biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế.

1.3. Hành vi khai sai của người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, số thuế được giảm đã bị cơ quan có thẩm quyền lập biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế xác định là có hành vi khai man, trốn thuế, nhưng nếu người nộp thuế vi phạm lần đầu, có tình tiết giảm nhẹ và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế vào Ngân sách Nhà nước trước thời điểm cơ quan có thẩm quyền ra quyết định xử lý thì cơ quan thuế lập biên bản ghi nhận để xử phạt theo mức tiền phạt đối với hành vi khai thiếu thuế.

…

2. Mức xử phạt đối với các hành vi vi phạm quy định tại điểm 1 Mục này là 10% tính trên số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm cao hơn so với mức quy định của pháp luật về thuế.

3. Cơ quan thuế xác định tiền thuế thiếu, số tiền phạt thiếu thuế; số ngày chậm nộp tiền thuế, tiền phạt chậm nộp tiền thuế và ra quyết định xử phạt đối với người nộp thuế.”

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp:

1. Trước khi cơ quan KTNN phát hiện, có kiến nghị truy thu đối với doanh nghiệp do có hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn mà doanh nghiệp đã tự giác kê khai bổ sung và nộp đủ số thuế thiếu vào NSNN thì doanh nghiệp chỉ bị xử phạt chậm nộp đối với số thuế nộp thiếu hoặc số thuế GTGT đã được hoàn tăng so với quy định nhưng không bị xử phạt vi phạm về hành vi khai thiếu thuế, trốn thuế.

2. Trường hợp các doanh nghiệp đã khai thuế GTGT, khai quyết toán thuế TNDN với cơ quan thuế nhưng chưa được các cơ quan có chức năng thanh kiểm tra, sau đó KTNN thực hiện kiểm toán tại Cục Thuế có tiến hành đối chiếu tại các doanh nghiệp này và lập biên bản xác nhận số liệu với doanh nghiệp, ra kiến nghị đối với Cục Thuế xử lý truy thu số thuế doanh nghiệp kê khai thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế GTGT được hoàn, khi đó xử lý như sau:

- Cơ quan Thuế trực tiếp quản lý doanh nghiệp căn cứ vào hành vi vi phạm của doanh nghiệp đã được KTNN phát hiện và kiến nghị xử lý để lập biên bản với doanh nghiệp về các hành vi vi phạm của doanh nghiệp, ra quyết định xử lý vi phạm hành chính về thuế đối với doanh nghiệp. Việc lập biên bản với doanh nghiệp về các hành vi vi phạm nêu trên thực hiện tại trụ sở cơ quan Thuế.

- Nếu doanh nghiệp vi phạm kê khai thiếu các loại thuế liên quan hoặc kê khai sai số tiền thuế đã được hoàn thì doanh nghiệp phải nộp đủ số thuế kê khai thiếu, số thuế đã được hoàn do khai sai. Ngoài ra, doanh nghiệp vi phạm còn bị xử phạt chậm nộp tiền thuế và phạt 10% số tiền thuế khai thiếu, số tiền thuế đã được hoàn do khai sai.

3. Việc xử lý vi phạm pháp luật về thuế nêu trên áp dụng đối với các hành vi vi phạm phát sinh từ 01/7/2007 (ngày Luật Quản lý thuế có hiệu lực).

4. Trường hợp doanh nghiệp không đồng ý với kiến nghị của KTNN, thì doanh nghiệp phải báo cáo giải trình với KTNN. Sau khi có báo cáo giải trình của doanh nghiệp, KTNN đã có kết luận về giải trình của doanh nghiệp thì doanh nghiệp phải thực hiện theo kiến nghị của KTNN.

5. Đối với doanh nghiệp đã được cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra, sau đó KTNN có kiến nghị khác so với kết luận, quyết định xử lý sau thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế, thì xử lý như sau:

- Trường hợp cơ quan thuế trực tiếp quản lý doanh nghiệp nhận thấy kiến nghị của Kiểm toán là đúng và phù hợp với các quy định của pháp luật thì thực hiện theo kiến nghị của KTNN.

- Trường hợp cơ quan thuế trực tiếp quản lý doanh nghiệp nhận thấy kiến nghị của Kiểm toán là chưa phù hợp với các quy định của Pháp luật thì phải có trách nhiệm báo cáo giải trình lại với KTNN. Trường hợp KTNN đồng ý với báo cáo giải trình của cơ quan thuế, điều chỉnh lại kết luận tại biên bản KTNN thì thực hiện theo các kết luận của cơ quan KTNN. Trường hợp KTNN không đồng ý với ý kiến giải trình của cơ quan thuế thì cơ quan thuế thực hiện theo kết luận của cơ quan KTNN và cơ quan thuế có trách nhiệm báo cáo Bộ Tài chính về vấn đề này.

Bộ Tài chính hướng dẫn các Cục Thuế được biết và thực hiện./.