Kính gửi: Cục Hải quan các tỉnh, thành phố

Thời gian qua có phát sinh vướng mắc trong việc nộp lệ phí hải quan, để việc thực hiện được thống nhất, bảo đảm cải cách hành chính, tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp hoạt động xuất nhập khẩu, Bộ Tài chính hướng dẫn việc thu nộp lệ phí hải quan như sau:

1. Doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu thường xuyên hàng tháng bao gồm cả các doanh nghiệp gia công cho thương nhân nước ngoài; doanh nghiệp sản xuất hàng xuất khẩu; doanh nghiệp kinh doanh tạm nhập tái xuất, tạm xuất tái nhập; doanh nghiệp kinh doanh hàng chuyển cửa khẩu; doanh nghiệp thực hiện thủ tục Hải quan điện tử; doanh nghiệp khai báo hải quan từ xa; doanh nghiệp bưu chính, chuyển phát nhanh thực hiện nộp lệ phí hải quan theo nguyên tắc tự khai, tự nộp, theo tháng. Tem lệ phí hải quan không sử dụng trong trường hợp này.

Chậm nhất trong thời gian 10 ngày đầu của tháng tiếp theo, doanh nghiệp lập danh mục các tờ khai đã đăng ký trong tháng trước và nộp đủ số tiền lệ phí hải quan phải nộp vào tài khoản thu lệ phí hải quan tại kho bạc nhà nước của cơ quan Hải quan nơi đăng ký tờ khai. Doanh nghiệp quyết toán lệ phí Hải quan vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế với cơ quan thuế nội địa theo chứng từ của ngân hàng, kho bạc nhà nước.

Cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan kiểm tra, đối chiếu danh mục các tờ khai hải quan thuộc diện phải nộp lệ phí hải quan mà doanh nghiệp kê khai; hạch toán kế toán số lệ phí hải quan phải thu và đã thu theo quy định hiện hành.

Riêng trường hợp hàng hóa qua dịch vụ bưu chính chuyển phát nhanh, theo nguyên tắc lệ phí hải quan thu theo đầu tờ khai, thì khi một tờ khai hải quan được mở cho nhiều chủ hàng (thuộc một hay nhiều vận đơn), công chức hải quan sẽ kiểm tra danh sách các tờ khai đã nộp lệ phí Hải quan theo báo cáo của doanh nghiệp chuyển phát nhanh, bưu chính (kèm bảng kê tên từng chủ hàng, số lệ phí hải quan đã nộp theo phân bổ của doanh nghiệp chuyển phát nhanh, bưu chính). Cơ sở để chủ hàng quyết toán lệ phí hải quan với cơ quan thuế nội địa là xác nhận của cơ quan hải quan về số tiền lệ phí Hải quan đã nộp của từng chủ hàng.

2. Trường hợp là người khai hải quan vãng lai tại một Chi cục Hải quan thì thực hiện nộp phí hải quan bằng tiền mặt trực tiếp cho cơ quan hải quan trước khi thông quan hàng hóa.

Cơ quan Hải quan cấp tem lệ phí hải quan thay cho chứng từ thu lệ phí hải quan để dán vào tờ khai (Bản lưu hải quan). Công chức hải quan đóng dấu “Đã thu lệ phí hải quan” tại tiêu chí “Lệ phí hải quan” trên tờ khai (bản lưu người khai hải quan) và hạch toán kế toán số lệ phí phải thu theo đầu tờ khai và số lệ phí đã thu theo tem lệ phí hải quan.

Người khai hải quan được tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế với cơ quan thuế nội địa theo mức 200.000 đồng/tờ khai hàng hóa phương tiện vận tải quá cảnh Việt Nam hoặc 20.000 đồng/tờ khai hoàn chỉnh có dấu xác nhận đã hoàn thành thủ tục hải quan (bản lưu người khai hải quan).

Bộ Tài chính hướng dẫn để các đơn vị  biết và tổ chức thực hiện.