Bộ Tài chính nhận được văn bản số 19/CV-IDI ngày 18/7/2017 của Công ty Cổ phần Đầu tư và Phát triển đa quốc gia I.D.I (sau dây gọi tắt là Công ty) và công văn số 1241/CT-KTT ngày 17/5/2017 của Cục thuế tỉnh Đồng Tháp đề nghị hướng dẫn về chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hoạt động chuyển nhượng dự án đầu tư và việc phân bổ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

1. Đối với việc chuyển nhượng nhà máy tinh luyện dầu cá:

- Tại khoản 2 Điều 3 Luật Đầu tư số 67/2014/QH13 ngày 26/11/2014 có quy định về dự án đầu tư như sau:

“2. Dự án đầu tư là tập hợp đề xuất bỏ vốn trung hạn hoặc dài hạn để tiến hành các hoạt động đầu tư kinh doanh trên địa bàn cụ thể, trong khoảng thời gian xác định.”

- Tại Điều 45 Luật Đầu tư có quy định về chuyển nhượng dự án đầu tư:

“1. Nhà đầu tư có quyền chuyển nhượng toàn bộ hoặc một phần dự án đầu tư cho nhà đầu tư khác khi đáp ứng các điều kiện sau đây:

a) Không thuộc một trong các trường hợp bị chấm dứt hoạt động theo quy định tại khoản 1 Điều 48 của Luật này;

b) Đáp ứng điều kiện đầu tư áp dụng đối với nhà đầu tư nước ngoài trong trường hợp nhà đầu tư nước ngoài nhận chuyển nhượng dự án thuộc ngành, nghề đầu tư có điều kiện áp dụng đối với nhà đầu tư nước ngoài;

c) Tuân thủ các điều kiện theo quy định của pháp luật về đất đai, phép luật về kinh doanh bất động sản trong trường hợp chuyển nhượng dự án gắn với chuyển nhượng quyền sử dụng đất;

d) Điều kiện quy định tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc theo quy định khác của pháp luật có liên quan (nếu có).

2. Trường hợp chuyển nhượng dự án thuộc diện cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, nhà đầu tư nộp hồ sơ theo quy định tại khoản 1 Điều 33 của Luật này kèm theo hợp đồng chuyển nhượng dự án đầu tư để điều chỉnh nhà đầu tư thực hiện dự án.”

- Tại Điều 37 Nghị định số 118/2015/NĐ-CP ngày 12/11/2015 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đầu tư có quy định về thủ tục thay đổi nhà đầu tư trong trường hợp chuyển nhượng dự án đầu tư;

- Tại khoản 4 Điều 5 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật thuế GTGT và Nghị định sá 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế GTGT có quy định về các trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT như sau:

“4. Tổ chức, cá nhân chuyển nhượng dự án đầu tư để sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng cho doanh nghiệp, hợp tác xã.”

Căn cứ quy định nêu trên và hồ sơ của doanh nghiệp, trường hợp: Năm 2011, Công ty Cổ phần Đầu tư và Phát triển đa quốc gia I.D.I tiến hành đầu tư nhà máy tinh luyện dầu cá (sản phẩm đầu ra thuộc đối tượng chịu thuế GTGT thuế suất 10%). Đến năm 2014 Công ty đã cơ bản hoàn thành một phần của dự án và tiến hành chạy thử, phát sinh doanh thu của sản phẩm chạy thử, đồng thời Công ty tiếp tục đầu tư thêm dây chuyền chiết rót đóng chai cho sản phẩm. Năm 2015 Công ly ký hợp đồng chuyển nhượng toàn bộ dự án nhà máy sang cho Công ty cổ phần Đầu tư Du lịch và phát triển thủy sản (Công ty TRISEDCO) và Công ty TRISEDCO đã được cấp giấy chứng nhận đầu tư số 1657658612 ngày 29/12/2015, theo giấy chứng nhận đầu tư mới thì đến tháng 10/2016 sẽ hoàn thành toàn bộ dự án. Tại thời điểm chuyển giao, dự án đã hoàn thành được phần tháp tinh luyện dầu cá và các hệ thống nhà xưởng, nhà kho, bồn chứa..., riêng hệ thống dây chuyền chiết rót đóng chai thì đang trong giai đoạn đầu tư chưa hoàn thiện (hệ thống dây chuyền chiết rót đóng chai không phải là đầu tư mở rộng mả ta một phần của dự án), thì đây là chuyển nhượng dự án đầu tư thuộc đối tượng không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.

Thủ tục chuyển nhượng dự án đầu tư, thay đổi nhà đầu tư trong trường hợp chuyển nhượng dự án đầu tư thực hiện theo quy định của pháp luật về đầu tư.

2. Đối với việc phân bổ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu:

- Tại khoản 1 và 2 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC có quy định về nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:

“1. Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn hộ, kể cả thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hoá chịu thuế GTGT bị tổn thất.”

"2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra không hạch toán riêng được.”

- Tại khoản 4 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế có quy định như sau:

“a) Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng, quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng quý; trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng quý tiếp theo.

Cơ sở kinh doanh trong tháng/quý vừa có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế giá trị gia tăng tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.”

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp Công ty vừa có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hóa, dịch vụ bán trong nước (thuộc đối tượng chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT) thì Công ty phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào phục vụ cho hoạt động xuất khẩu, hoạt động bán trong nước thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT và hoạt động bán trong nước thuộc đối tượng chịu thuế GTGT. Trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế GTGT đầu vào phục vụ cho hoạt động xuất khẩu không hạch toán riêng được xác định như sau:

Công ty thực hiện xác định số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ phục vụ cho hoạt động chịu thuế GTGT không hạch toán riêng được (phục vụ cho hoạt động xuất khẩu và hoạt động bán trong nước chịu thuế GTGT) theo quy định tại khoản 2 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC. Khi xác định số thuế GTGT đầu vào của hoạt động xuất khẩu không hạch toán riêng được, Công ty thực hiện phân bổ theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT (bao gồm doanh thu hàng hóa, dịch vụ chịu thuế bán trong nước, và doanh thu xuất khẩu) của các kỳ khai thuế GTGT tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.

Bộ Tài chính trả lời Cục thuế và doanh nghiệp để biết và thực hiện./.