Kính gửi: Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh.

Trả lời công văn số 9564/CT-TTHT ngày 20/11/2013 của Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh v/v hoàn thuế GTGT, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Khoản 1, Điều 47 Luật Đầu tư số 59/2005/QH11 ngày 29/11/2005 của Quốc hội Khóa 11 quy định thẩm tra dự án đầu tư:

"Đối với dự án đầu tư trong nước, dự án có vốn đầu tư nước ngoài có quy mô vốn đầu tư từ ba trăm tỷ đồng Việt Nam trở lên và dự án thuộc Danh mục dự án đầu tư có điều kiện thì phải thực hiện thủ tục thẩm tra để được cấp Giấy Chứng nhận đầu tư".

Khoản 10 Điều 1 Thông tư số 65/2013/TT-BTC ngày 17/5/2013 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT quy định như sau:

"10. Sửa đổi Khoản 3, Khoản 4 Điều 18 Mục 2 Chương III như sau:

"3. Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.

Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Trường hợp số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh và dự án đầu tư dưới 200 triệu đồng và 3 tháng chưa được khấu trừ hết thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này.

Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này. Trường hợp có ban quản lý dự án thì ban quản lý dự án thực hiện đăng ký, kê khai lập hồ sơ hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế (trừ ban quản lý dự án cùng địa bàn tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính do doanh nghiệp trụ sở chính lập hồ sơ hoàn thuế GTGT). Khi dự án đầu tư thành lập doanh nghiệp mới đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp."

Căn cứ quy định nêu trên, giao Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh kiểm tra cụ thể trường hợp Công ty Hoàng Phát nếu do đặc thù của dự án mà Công ty thực hiện là sử dụng đất quốc phòng để xây dựng công trình mà pháp luật không quy định phải thực hiện thủ tục thẩm tra dự án để cấp giấy phép đầu tư theo quy định tại Điều 47 Luật Đầu tư thì Tổng cục Thuế thống nhất với ý kiến của Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh tại công văn số 9564/CT-TTHT ngày 20/11/2013./.