Kính gửi: Trung tâm bảo vệ môi trường và ứng phó biến đổi khí hậu
(Địa chỉ: Số 375A, đường Trường Chinh phường Khương Trung, quận Thanh Xuân, TP Hà Nội-MST: 0104326447-002)

Trả lời công văn số 02/CV-TTNDN ngày 24/01/2024 của Trung tâm bảo vệ môi trường và ứng phó biến đổi khí hậu vướng mắc về chính sách ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp khoa học công nghệ. Cục Thuế TP Hà Nội có ý kiến như sau:

- Căn cứ Điều 18 Luật số 32/2013/QH13 ngày 19/6/2013 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp, quy định:

“Điều 18. Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế

...4. Trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất.”

1. Ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp khoa học công nghệ:

- Căn cứ Nghị định 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính Phủ về doanh nghiệp Khoa học và Công nghệ:

+ Tại Khoản 1 Điều 2 giải thích một số từ ngữ:

“1. Sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ (bao gồm: công nghệ sau ươm tạo, hàng hóa, dịch vụ và các hình thức khác) là kết quả của quá trình sản xuất hoặc cung ứng dịch vụ dựa trên việc áp dụng, ứng dụng hoặc phát triển kết quả khoa học và công nghệ.

...”

+ Tại Điều 4 quy định về Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ:

“Điều 4. Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ

1. Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ là căn cứ thực hiện các chính sách ưu đãi, hỗ trợ đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ và có hiệu lực trên toàn quốc.

2. Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ đồng thời là Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động khoa học và công nghệ.

3. Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ là căn cứ áp dụng ưu đãi đầu tư đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ.”

+ Tại Điều 12 quy định miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp:

“Điều 12. Miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp

1. Thu nhập của doanh nghiệp khoa học và công nghệ từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp như doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư mới thuộc lĩnh vực nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, cụ thể: được miễn thuế 04 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 09 năm tiếp theo.

2. Doanh thu, thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ theo quy định tại khoản 1 Điều 2 Nghị định này. Doanh thu, thu nhập được tạo ra từ dịch vụ có ứng dụng kết quả khoa học và công nghệ trong lĩnh vực công nghệ thông tin phải là doanh thu, thu nhập từ dịch vụ mới.

3. Doanh nghiệp khoa học và công nghệ không được ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với năm tài chính không đáp ứng được điều kiện về doanh thu của sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ đạt tỷ lệ tối thiểu 30% trên tổng doanh thu của doanh nghiệp.

4. Điều kiện, thủ tục thực hiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp và quản lý thuế.”

- Căn cứ Thông tư 03/2021/TT-BTC ngày 11/01/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn về miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với Doanh nghiệp Khoa học và Công nghệ quy định tại Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ về Doanh nghiệp Khoa học và Công nghệ quy định:

+ Tại Điều 1 quy định:

“Điều 1. Phạm vi điều chỉnh và đối tượng áp dụng

1. Phạm vi điều chỉnh: Thông tư này hướng dẫn về ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ quy định tại Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ về doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

2. Đối tượng áp dụng: Doanh nghiệp khoa học và công nghệ theo quy định tại Luật Khoa học và công nghệ và Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ về doanh nghiệp khoa học và công nghệ và các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan.”

+ Tại Điều 2 quy định về điều kiện áp dụng:

“Điều 2. Điều kiện áp dụng

Doanh nghiệp khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Khoản 1 Điều 12 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ phải đáp ứng các điều kiện sau:

1. Được cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

2. Doanh thu hàng năm từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ đạt tỷ lệ tối thiểu 30% trên tổng doanh thu hàng năm của doanh nghiệp.

a) Doanh thu hàng năm từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ là doanh thu của toàn bộ các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học công nghệ theo quy định tại Khoản 1 Điều 2 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ.

b) Tổng doanh thu hàng năm của doanh nghiệp là toàn bộ doanh thu từ hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ, doanh thu từ hoạt động tài chính và thu nhập khác của doanh nghiệp (tổng doanh thu bao gồm cả doanh thu từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ trong năm đó).

3. Doanh thu được tạo ra từ dịch vụ có ứng dụng kết quả khoa học và công nghệ trong lĩnh vực công nghệ thông tin là doanh thu từ dịch vụ mới, không bao gồm các dịch vụ đã có trên thị trường.

Tiêu chí, cơ sở xác định dịch vụ có ứng dụng kết quả khoa học và công nghệ trong lĩnh vực công nghệ thông tin là dịch vụ mới thực hiện theo quy định của Bộ Khoa học và Công nghệ.

4. Doanh nghiệp khoa học và công nghệ phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ trong kỳ để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Trường hợp doanh nghiệp không hạch toán riêng được thì thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện phân bổ theo quy định tại Khoản 2 Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12.

Để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, doanh nghiệp khoa học và công nghệ phải thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật và nộp thuế theo kê khai.”

+ Tại Điều 3 quy định, về ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp:

“Điều 3. Ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp

1. Mức và thời gian ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp

a) Doanh nghiệp khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Khoản 1 Điều 12 Nghị định số 13/2019/NĐ-CP ngày 01/02/2019 của Chính phủ, cụ thể: được miễn thuế 04 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 09 năm tiếp theo.

b) Thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ được tính liên tục kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ. Trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ thì năm đầu tiên tính thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư.

...2. Một số trường hợp áp dụng

a) Trường hợp doanh nghiệp khoa học và công nghệ đã hoặc đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo điều kiện ưu đãi khác (ngoài điều kiện ưu đãi doanh nghiệp khoa học và công nghệ) mà được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ thì thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo điều kiện doanh nghiệp khoa học và công nghệ được xác định bằng thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp áp dụng cho doanh nghiệp khoa học và công nghệ trừ đi thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đã hưởng theo điều kiện ưu đãi khác.”

2. Ưu đãi thuế TNDN đối với dự án đầu tư mới thuộc lĩnh vực nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ:

- Căn cứ Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp:

“Điều 18. Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

1. Các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo kê khai.

...

Điều 19. Thuế suất ưu đãi (sửa đổi bổ sung bởi Điều 11 Thông tư 96/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính)

“1. Thuế suất ưu đãi 10% trong thời hạn mười lăm năm (15 năm) áp dụng đối với:

a) Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới tại: địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn quy định tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 218/2013/NĐ-CP, Khu kinh tế, Khu công nghệ cao kể cả khu công nghệ thông tin tập trung được thành lập theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ.

b) Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới thuộc các lĩnh vực: nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ; ứng dụng công nghệ cao thuộc danh mục công nghệ cao được ưu tiên đầu tư phát triển theo quy định của Luật Công nghệ cao; ươm tạo công nghệ cao, ươm tạo doanh nghiệp công nghệ cao; đầu tư mạo hiểm cho phát triển công nghệ cao thuộc danh mục công nghệ cao được ưu tiên phát triển theo quy định của pháp luật về công nghệ cao; đầu tư xây dựng - kinh doanh cơ sở ươm tạo công nghệ cao, ươm tạo doanh nghiệp công nghệ cao; đầu tư phát triển nhà máy nước, nhà máy điện, hệ thống cấp thoát nước; cầu, đường bộ, đường sắt; cảng hàng không, cảng biển, cảng sông; sân bay, nhà ga và công trình cơ sở hạ tầng đặc biệt quan trọng khác do Thủ tướng Chính phủ quyết định; sản xuất sản phẩm phần mềm; sản xuất vật liệu composit, các loại vật liệu xây dựng nhẹ, vật liệu quý hiếm; sản xuất năng lượng tái tạo, năng lượng sạch, năng lượng từ việc tiêu hủy chất thải; phát triển công nghệ sinh học.

... 6. Thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi quy định tại Điều này được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp có doanh thu từ dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế. ...”

- Căn cứ Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính, hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp:

+ Tại khoản 3 Điều 10 sửa đổi, bổ sung Khoản 5 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung tại Điều 5 Thông tư số 151/2014/TT-BTC) hướng dẫn như sau:

“5. Về dự án đầu tư mới:

a) Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại Điều 15, Điều 16 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP là:

- Dự án được cấp Giấy chứng nhận đầu tư lần đầu từ ngày 01/01/2014 và phát sinh doanh thu của dự án đó sau khi được cấp Giấy chứng nhận đầu tư.

- Dự án đầu tư trong nước gắn với việc thành lập doanh nghiệp mới có vốn đầu tư dưới 15 tỷ đồng Việt Nam và không thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp từ ngày 01/01/2014.

- Dự án đầu tư độc lập với dự án doanh nghiệp đang hoạt động (kể cả trường hợp dự án có vốn đầu tư dưới 15 tỷ đồng Việt Nam và không thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện) có Giấy chứng nhận đầu tư từ ngày 01/01/2014 để thực hiện dự án đầu tư độc lập này.

...”

+ Tại Điều 12 sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Điều 20 Thông tư số 78/2014/TT-BTC như sau:

“1. Sửa đổi, bổ sung điểm a Khoản 1 Điều 20 Thông tư số 78/2014/TT-BTC như sau:

“1. Miễn thuế bốn năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong chín năm tiếp theo đối với:

a) Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư quy định tại khoản 1 Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 1 Điều 11 Thông tư này)”.

+ Tại khoản 2 Điều 12 hướng dẫn:

“Điều 12. Sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Điều 20 Thông tư số 78/2014/TT-BTC như sau:

...2. Sửa đổi, bổ sung Khoản 4 Điều 20 Thông tư số 78/2014/TT-BTC như sau:

“4. Thời gian miễn thuế, giảm thuế quy định tại Điều này được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế. Trường hợp doanh nghiệp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án đầu tư mới thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư dự án đầu tư mới phát sinh doanh thu.”

Căn cứ các quy định nêu trên, Cục Thuế TP Hà Nội có ý kiến như sau:

Trường hợp Trung tâm bảo vệ môi trường và ứng phó biến đổi khí hậu đáp ứng các điều kiện là doanh nghiệp khoa học công nghệ theo quy định tại Điều 2 Thông tư 03/2021/TT-BTC ngày 11/01/2021 của Bộ Tài chính thì được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ (miễn thuế 04 năm và giảm 50% số thuế TNDN phải nộp trong 09 năm tiếp theo đối với thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh các sản phẩm hình thành từ kết quả khoa học và công nghệ theo quy định tại khoản 1 Điều 3 Thông tư 03/2021/TT-BTC). Thời gian miễn thuế, giảm thuế TNDN đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ được tính liên tục kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ.

Trường hợp Trung tâm bảo vệ môi trường và ứng phó biến đổi khí hậu thực hiện dự án đầu tư mới thuộc lĩnh vực về khoa học, công nghệ quy định tại tiết b khoản 1 Điều 19 Thông tư 78/2014/TT-BTC và dự án đầu tư mới đáp ứng điều kiện tại khoản 3 Điều 10 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính thì được áp dụng ưu đãi thuế TNDN (thuế suất ưu đãi 10% trong 15 năm kể từ năm đầu tiên doanh nghiệp có doanh thu từ dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế; miễn thuế bốn năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong chín năm tiếp theo kể từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế, trường hợp doanh nghiệp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án đầu tư mới thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư dự án đầu tư mới phát sinh doanh thu) theo quy định tại khoản 1 Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC và tiết a Khoản 1 Điều 12 Thông tư số 96/2015/TT-BTC.

Trong cùng một thời gian, nếu Trung tâm được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập thì Trung tâm được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất.

Các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo kê khai.

Đề nghị đơn vị căn cứ tình hình thực tế đáp ứng tại đơn vị và đối chiếu với các quy định tại văn bản pháp luật nêu trên để kê khai hưởng ưu đãi thuế TNDN theo đúng quy định.

Trong quá trình thực hiện chính sách thuế, trường hợp còn vướng mắc, đơn vị có thể tham khảo các văn bản hướng dẫn của Cục Thuế TP Hà Nội được đăng tải trên website http://hanoi.gdt.gov.vn hoặc liên hệ với Phòng Thanh tra Kiểm tra số 3 để được hỗ trợ giải quyết.

Cục Thuế TP Hà Nội trả lời để Trung tâm bảo vệ môi trường và ứng phó biến đổi khí hậu được biết và thực hiện./.