Trả lời công văn số 685/CT-KK ngày 04/6/2012 của Cục Thuế thành phố Hải Phòng về việc hoàn thuế GTGT đối với BQL dự án DAP Hải Phòng, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ Điểm 3 Phần C Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng và hướng dẫn thi hành Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 08/12/2008 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng;

Căn cứ Khoản 3 Điều 18 Mục II Chương III Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, hướng dẫn thi hành Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 8/12/2008 và Nghị định số 121/2011/NĐ-CP ngày 27/12/2011 của Chính phủ;

Căn cứ Điểm 1.3 Mục II Phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế;

Căn cứ Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 và Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010 của Chính phủ;

Căn cứ hướng dẫn nêu trên, trường hợp Tập đoàn công nghiệp hóa chất Việt Nam thành lập ban quản lý dự án DAP Hải Phòng để quản lý dự án đầu tư Nhà máy sản xuất phân bón DAP tại khu  kinh tế Đình Vũ - Hải Phòng. Đến tháng 7/2008 Tập đoàn Hóa chất Việt Nam thành lập Công ty TNHH MTV DAP Vinachem để tiếp quản lý dự án đầu tư và vận hành đưa vào sản xuất. Ban quản lý và Công ty TNHH MTV DAP Vinachem tuy cùng quản lý dự án nhà máy sản xuất phân bón DAP nhưng lại là 02 đơn vị được giao nhiệm vụ khác nhau. Ban Quản lý được giao ký kết hợp đồng thực hiện nhiệm vụ đầu tư xây dựng của dự án trong khi đó Công ty TNHH MTV DAP Vinachem được thành lập để tiếp nhận và vận hành nhà máy sau khi đã hoàn hành đầu tư. Tuy nhiên, do dự án chưa hoàn thành nên Ban quản lý dự án vẫn hoạt động mà chưa bàn giao cho Công ty TNHH MTV DAP Vinachem. Do vậy:

- Trước ngày 01/7/2011, căn cứ Điểm 3 Phần C Thông tư số 129/2008/TT-BTC thì Tập đoàn công nghiệp hóa chất kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với dự án DAP tại cơ quan thuế nơi đặt trụ sở chính (Cục Thuế thành phố Hà Nội); hồ sơ thủ tục hoàn thuế theo hướng dẫn tại Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính nêu trên và hướng dẫn tại công văn số 3139/TCT-KK ngày 18/8/2010 của Tổng cục Thuế.

- Từ ngày 01/7/2011, căn cứ Điều 10 Thông tư số 28/2011/TT-BTC thì trường hợp Ban quản lý dự án DAP có con dấu theo đúng quy định của pháp luật, có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh, lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế phụ thuộc thì thực hiện kê khai, hoàn thuế tại cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế (Cục Thuế Hải Phòng). Số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư Nhà máy sản xuất phân bón DAP phải kê khai bù trừ cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện của Công ty TNHH MTV DAP Vinachem.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế thành phố Hải Phòng được biết.