Hướng dẫn kê khai và hạch toán thuế gia trị gia tăng (GTGT) đối với công ty phân mềm ?

Theo như bạn nói thì công ty bạn kê khai sai : dịch vụ bán ra không chịu thuế lại ghi nhầm vào cột dịch vụ bán ra chịu thuế suất 0%.Theo quy định tại khoản 5 Điều 10 Thông tư 156/2013/TT-BTC quy định:
"5. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế
a) Sau khi hết hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định, người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế.
Đối với loại thuế có kỳ quyết toán thuế năm: Trường hợp chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì người nộp thuế khai bổ sung hồ sơ khai thuế tạm nộp của tháng, quý có sai sót, đồng thời tổng hợp số liệu khai bổ sung vào hồ sơ khai quyết toán thuế năm. Trường hợp đã nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm thì chỉ khai bổ sung hồ sơ khai quyết toán thuế năm. Trường hợp hồ sơ khai bổ sung hồ sơ quyết toán thuế năm làm giảm số thuế phải nộp nếu cần xác định lại số thuế phải nộp của tháng, quý thì khai bổ sung hồ sơ khai tháng, quý và tính lại tiền chậm nộp (nếu có).
Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế; nếu cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh:
- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót nhưng không liên quan đến thời kỳ, phạm vi đã kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và phải nộp tiền chậm nộp theo quy định.
- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót liên quan đến thời kỳ đã kiểm tra, thanh tra nhưng không thuộc phạm vi đã kiểm tra, thanh tra thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và phải nộp tiền chậm nộp theo quy định.
- Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai sót liên quan đến thời kỳ, phạm vi đã kiểm tra, thanh tra dẫn đến phát sinh tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế đã được hoàn, giảm số thuế được khấu trừ, giảm số thuế đã nộp thừa thì người nộp thuế được khai bổ sung, điều chỉnh và bị xử lý theo quy định như đối với trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra phát hiện.
Trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế liên quan đến tăng, giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ thì người nộp thuế thực hiện khai điều chỉnh vào hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế nhận được kết luận, quyết định xử lý về thuế theo kết luận, quyết định xử lý về thuế của cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền (người nộp thuế không phải lập hồ sơ khai bổ sung)."

b) Hồ sơ khai bổ sung
- Tờ khai thuế của kỳ tính thuế bị sai sót đã được bổ sung, điều chỉnh;
- Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh mẫu số 01/KHBS ban hành kèm theo Thông tư này (trong trường hợp khai bổ sung, điều chỉnh có phát sinh chênh lệch tiền thuế);
- Tài liệu kèm theo giải thích số liệu trong bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh.
Về thuế giá trị gia tăng, công ty bạn cần kê khai điều chỉnh những sai sót trên tờ khai của tháng/quý có sai sót.
Về thuế thu nhập doanh nghiệp, vì hàng quý không nộp tờ khai tạm tính quý mà chỉ tính tiền tạm nộp, nếu bạn chưa đưa vào chi phí thì cuối năm bạn tiến hành khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp và đưa vào chi phí bình thường.