Điều 45 Thông tư 196/2012/TT-BTC quy định thủ tục hải quan điện tử đối với hàng hóa xuất, nhập khẩu thương mại do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành

a) Doanh nghiệp làm thủ tục hải quan để nhập khẩu hàng hóa tại Chi cục Hải quan nơi có hàng nhập khẩu hoặc Chi cục Hải quan nơi xây dựng dự án đầu tư;

b) Thủ tục hải quan thực hiện như hướng dẫn đối với hàng xuất khẩu, nhập khẩu theo hợp đồng mua bán hàng hóa tại Chương III Thông tư này và thực hiện thêm việc đăng ký danh mục hàng hóa nhập khẩu được miễn thuế với cơ quan Hải quan theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều này. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế và chế độ báo cáo, kiểm tra, quyết toán việc nhập khẩu, sử dụng hàng hóa miễn thuế theo hướng dẫn tại Điều 103, Điều 104 Thông tư số 194/2010/TT-BTC ngày 06/12/2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

a) Các hình thức thanh lý, hàng hóa thuộc diện thanh lý, điều kiện thanh lý, hồ sơ thanh lý hàng hóa nhập khẩu được miễn thuế thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 04/2007/TT-BTM ngày 04/04/2007 của Bộ Thương mại hướng dẫn hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, gia công, thanh lý hàng nhập khẩu và tiêu thụ sản phẩm của doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài.

Đối với hàng hóa nhập khẩu miễn thuế của doanh nghiệp đầu tư trong nước khi thanh lý được áp dụng theo hướng dẫn tại Thông tư số 04/2007/TT-BTM ngày 04/04/2007 của Bộ Thương mại.

b) Địa điểm làm thủ tục thanh lý thực hiện tại cơ quan Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan điện tử;

c) Thủ tục thanh lý:

c1) Doanh nghiệp có văn bản nêu rõ lý do thanh lý, hình thức thanh lý; danh mục hàng hóa đề nghị thanh lý (gồm tên gọi, ký mã hiệu, lượng hàng cần thanh lý, thuộc tờ khai nhập khẩu số, ngày, tháng, năm) và quyết định thành lập Hội đồng thanh lý gửi cơ quan Hải quan nơi đăng ký danh mục hàng nhập khẩu được miễn thuế;

c2) Trường hợp thanh lý theo hình thức xuất khẩu thì doanh nghiệp mở tờ khai xuất khẩu; trường hợp thanh lý theo hình thức nhượng bán tại thị trường Việt Nam, cho, biếu, tặng thì việc kê khai, tính thuế thực hiện theo quy định và không phải mở tờ khai mới;

c3) Trường hợp tiêu hủy, doanh nghiệp chủ động tổ chức việc tiêu huỷ và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tác động của toàn bộ quá trình tiêu huỷ đối với môi trường. Cơ quan Hải quan giám sát quá trình tiêu huỷ, sau khi kết thúc tiêu huỷ các bên tiến hành lập biên bản xác nhận việc tiêu huỷ. Biên bản phải có chữ ký của giám đốc doanh nghiệp có hàng hóa tiêu huỷ (hoặc người được uỷ quyền), đóng dấu của doanh nghiệp; chữ ký, ghi rõ họ tên công chức hải quan và các bên liên quan giám sát tiêu huỷ.