Khoản 2 Điều 13, Điều 14, khoản 3 Điều 15, Điều 16 của Nghị định này thay thế các quy định về xử phạt vi phạm hành chính về hoá đơn tại các điểm b, c, d và đ khoản 1 Điều 6, điểm a khoản 3 Điều 9 Nghị định số 49/1999/NĐ-CP ngày 08 tháng 7 năm 1999 của Chính phủ về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực kế toán.