Kính gửi: Tổng cục Hải quan.

Tổng cục Thuế được văn bản số số 6356/TCHQ-GSQL ngày 14/7/2015 của Tổng cục Hải quan vướng mắc về thuế GTGT của doanh nghiệp chế xuất (DNCX) khi thanh lý, mua bán hàng hóa, đồng thời Tổng cục Thuế cũng nhận được công văn số 3482/CT-TTHT ngày 17/6/2015 của Cục Thuế tỉnh Đồng Nai về vướng mắc liên quan đến điều kiện khấu trừ, hoàn thuế đầu vào của doanh nghiệp nội địa đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu cho doanh nghiệp chế xuất. Về nội dung này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Đối với hoạt động quyền xuất khẩu (mua hàng hóa từ nội địa để xuất khẩu theo quyền xuất khẩu):

Theo các quy định hiện nay, Doanh nghiệp chế xuất (DNCX) không phải là người nộp thuế GTGT đối với hoạt động sản xuất để xuất khẩu. Riêng đối với hoạt động quyền xuất nhập khẩu của DNCX thì tại Khoản 6, Điều 3 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính đã hướng dẫn: Doanh nghiệp chế xuất có hoạt động mua bán hàng hóa và các hoạt động liên quan trực tiếp đến mua bán hàng hóa tại Việt Nam thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.

Tại Thông tư số 38/2015/TT-BTC (Điều 77) ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn: Doanh nghiệp chế xuất được thực hiện mua bán hàng hóa và các hoạt động liên quan trực tiếp đến hoạt động mua bán hàng hóa tại Việt Nam theo quy định tại Nghị định số 23/2007/NĐ-CP ngày 12/2/2007 của Chính phủ phải thực hiện hạch toán riêng, không hạch toán chung vào hoạt động sản xuất.

Tại Điều 6 Thông tư số 08/2013/TT-BCT ngày 22/4/2013 của Bộ Công thương hướng dẫn: Doanh nghiệp chế xuất chịu trách nhiệm thực hiện nghĩa vụ thuế và các nghĩa vụ tài chính khác đối với việc thực hiện hoạt động mua bán hàng hóa và các hoạt động liên quan trực tiếp đến mua bán hàng hóa theo quy định của pháp luật. Các ưu đãi đầu tư; ưu đãi về thuế và các ưu đãi tài chính khác áp dụng đối với việc sản xuất để xuất khẩu của doanh nghiệp chế xuất có vốn đầu tư nước ngoài không áp dụng đối với hoạt động mua bán hàng hóa và các hoạt động liên quan trực tiếp đến mua bán hàng hóa của doanh nghiệp chế xuất có vốn đầu tư nước ngoài.

Căn cứ các quy định trên:

- Doanh nghiệp chế xuất (DNCX) phải hạch toán riêng giao dịch mua hàng từ nội địa để xuất khẩu (hoặc giao dịch nhập khẩu hàng để bán vào nội địa - gọi chung là quyền XNK) và thực hiện đăng ký thuế với cơ quan thuế nội địa để kê khai nộp thuế GTGT riêng đối với hoạt động này (quyền XNK).

- Khi DNCX mua hàng hóa từ doanh nghiệp nội địa thì doanh nghiệp nội địa thực xuất hóa đơn GTGT cho DNCX, trên hóa đơn ghi rõ thuế suất thuế GTGT (5% hoặc 10%).

- Khi DNCX xuất khẩu thì DNCX thực hiện thủ tục như các doanh nghiệp nội địa khác có hàng hóa xuất khẩu và được áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%, được hoàn thuế GTGT đầu vào nếu đảm bảo đủ 4 điều kiện (Tờ khai hải quan, hóa đơn thương mại, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, hợp đồng ngoại).

2. Đối với hoạt động thanh lý máy móc, thiết bị, phương tiện vận chuyển tạo TSCĐ của DNCX

Tại Điều 4, Thông tư số 219/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn:

“Hàng hóa thuộc diện không chịu thuế GTGT khâu nhập khẩu theo quy định tại Điều này nếu thay đổi mục đích sử dụng phải kê khai, nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu theo quy định với cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan. Tổ chức, cá nhân bán hàng hóa ra thị trường nội địa phải kê khai, nộp thuế GTGT với cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo quy định.”

Quy định này đã được áp dụng thống nhất từ năm 2009 đến nay (Tại Thông tư 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 cũng đã có nội dung này).

Căn cứ quy định trên:

- Trường hợp DNCX thanh lý máy móc, thiết bị, phương tiện vận chuyển tạo TSCĐ nếu máy móc, thiết bị, phương tiện vận chuyển (MM, TB, PTVC) có nguồn gốc nhập khẩu và khi nhập khẩu chưa nộp các loại thuế ở khâu nhập khẩu thì khi thanh lý:

DNCX phải kê khai nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu đối với cơ quan ở hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan (DNCX đăng ký tờ khai hàng hóa nhập khẩu chuyển mục đích sử dụng theo quy định tại Điều 79 Thông tư số 38/2015/TT-BTC).

Khi bán ra thị trường nội địa thì đề nghị DNCX liên hệ với cơ quan thuế nội địa để cơ quan thuế nội địa cấp 01 hóa đơn lẻ GTGT (theo quy định tại Điều số 13 Thông tư số 39/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính), DNCX sử dụng hóa đơn GTGT lẻ để xuất bán MM, TB, PTVC vào nội địa. Số thuế GTGT phải nộp đối với hoạt động thanh lý MM, TB, PTVC được xác định bằng (=) Số thuế GTGT ghi trên hoa đơn lẻ bán thanh lý MM, TB, PTVC trừ (-) Số thuế GTGT nộp ở khâu nhập khẩu khi chuyển đổi mục đích sử dụng.

Tuy nhiên xử lý theo phương án trên thì sẽ tăng thủ tục cho DNCX (là phải mua lẻ hóa đơn GTGT của cơ quan thuế) do đó nếu xử lý như ý kiến của Tổng cục Hải quan là: DNCX không phải đăng ký Tờ khai chuyển đổi mục đích sử dụng, doanh nghiệp nội địa đăng ký tờ khai theo loại hình tương ứng thì đề nghị trình Bộ có hướng dẫn chung và hướng dẫn rõ giá tính các loại thuế ở khâu nhập khẩu khi DN nội địa mở Tờ khai nhập khẩu đối với MM, TB, PTVC mua của DNCX, trường hợp này DNCX sử dụng hóa đơn loại “Dành cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan” để xuất giao cho doanh nghiệp nội địa.

Riêng đối với phương tiện vận chuyển (PTVC), đề nghị làm rõ nếu phương tiện vận chuyển là xe ôtô mua từ nội địa, khi mua DNCX đã không làm thủ tục hải quan, DNCX đã chịu nghĩa vụ thuế như doanh nghiệp trong nội địa thì: Khi DNCX bán thanh lý PTVC cho doanh nghiệp trong nội địa thì không phải làm thủ tục hải quan. Trường hợp này DNCX sử dụng hóa đơn loại “Dành cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan” để xuất giao cho DN nội địa.

Đồng thời Tổng cục Thuế xin chuyển công văn số 3482/CT-TTHT ngày 17/6/2015 của Cục thuế tỉnh Đồng Nai để Tổng cục Hải quan nghiên cứu báo cáo Bộ có văn bản hướng dẫn chung./.